대지권 사후 등기 관련 등록세 납세의무 질의

<질의>

본인은 ○○도 ○○시 소재 ○○택지개발지구내에 지역주택조합의 조합원 자격을 취득하여 동 아파트가 2004년 5월 말경 사용 검사되고 2004년 6월 본인 명의로 구분건물에 대한 소유권보존등기를 경료하여 소유권을 취득하였습니다.
그리고 토지에 대해서는 당 택지개발지구는 2006년 12월 말경 구획정리사업(이하 “사업”이라 한다)을 완료하여 2007년 초 사업권자인 한국토지공사가 토지에 대한 사업완료에 의한 환지등기를 하고 매매계약을 체결한 조합 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 하여 대지에 대한 대지사용권을 취득하면서 금전신탁한 조합원들은 신탁등기를 병행하여 등기하고 각 조합원(이하 “A”라고 한다)에게는 대지변경신청을 하게 될 것입니다.
그런데 질의할 내용은 아래의 같은 대지권변경신청시 등록세 납세의무에 대한 이견이 있어 아래와 같이 질의하오니 답변 부탁드립니다.
1. 건물등기만 경료하고 구획정리가 완료되기 전인 2005년에 대지권등기를 하지 못한 “A”로부터 동 아파트를 매수한 매수인(이하 “B”라고 한다)이 건물만 이전등기를 하는 경우(아파트 매매대금을 토지와 건물에 대한 구분을 하였습니다)등기하지 않는 대지권에 대한 등록세 납세의무가 있는지 여부?
2. 질의 1의 경우 “B”에 대하여 대지권에 대한 등록세 납세의무가 없을 경우 구분건물만 소유권이전등기를 필한 “B”가 2007년 이후 대지권등기 가능한 시점임에도 불구하고 “B”가 대지권을 취득하지 않은 상태에서 제3의 매수인(이하 “C”라고 한다)과 매매가 이루어져 구분건물만 등기하고 “C”가 다시 한번 매매를 하여 최종소유자(이하 “D”라 한다)에게도 구분건물에 대한 소유권이전등기만 경료한 상태에서 “D”가 조합으로부터 대지권을 취득한다면 이때 “D”는 등록세의 납세의무가 있다고 사료되나 중간생략된 “C”의 대지권에 대한 등록세 납부세의무가 있는지 여부?
3. 위 질의 2의 경우 “C”에 대한 등록세납세 의무가 있다면 “D”의 대지권 등기시 “C”에 등록세 영수필증을 함께 첨부하여 대지권등기를 해야 하는지 여부?


<회신>
세정-280, 2005. 1. 17

지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다”라고 규정하고 있으므로 귀문의 경우와 같이 토지에 대한 구획정리사업이 완료되어 대지사용권 사후 취득 후 공동주택에 대한 대지권 표시등기가 되기 전에 매매가 이루어질 경우에는 대지권 등기를 하지 않는 중간 매수인은 등록세 납세의무가 발생하지 않음을 알려드립니다.