임대사업자의 취득세 등록세 감면관련 질의

<질의>
1. 2000. 8. 23. 18평형 아파트를 분양 받은 임대사업자가 2001. 3월에 분양대금을 완납하고 건축물만 2월 이내에 이전등기하고 취득세 및 등록세를 감면받음.(토지는 지적정리가 완료되지 아니하여 대지권 등기가 되지 아니함)
2. 건축물 부속토지에 대한 지적정리가 2003. 4. 21 완료되고 토지에 대한 소유권이전등기를 신청하라고 통보하였으나 2월 이내에 이전등기를 하지 아니하였음.
3. 서울특별시세감면조례 제15조 제2항에서 “임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택(그 부속토지를 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 감면한다”고 규정하고, 제3항에서 “제1항 및 제2항에서 규정한 공동주택을 취득한 날(건축한 경우에는 사용승인서 교부일)부터 2월(보존등기가 되지 아니한 공동주택을 취득한 자는 건축주가 보존등기한 날부터 2월, 법령의 규정이나 천재ㆍ지변ㆍ사변ㆍ화재 그밖에 이와 유사한 사유로 소유권 이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전 등기가 가능한 날부터 2월) 이내에 보존등기 또는 이전등기를 하지 아니하거나, 그 취득일부터 5년 이내에 임대주택법시행령 제9조 제2항 제2호 및 제3호의 규정에서 정한 사유가 아닌 사유로 임대 이외의 용도로 사용하거나 매각하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있음.

< 갑 설 >
감면대상이 아니다.
- 이 유
조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유츄해석은 허용되지 않는다 할 것이며, 감면조례상 이전등기가 가능한 날부터 2월 이내에 이전등기를 하지 아니하는 경우는 감면하였던 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고 이는 감면을 받기 위한 최소한의 요건이라 할 것으로 감면 대상이 되기 위한 요건을 충족하지 못한 경우 감면대상에서 배제하는 것은 타당하다 할 것으로 지적정리가 완료되어 이전 등기가 가능한 2003. 4. 21부터 2월 이내에 이전등기를 하지 아니한 사실이 명백하므로 감면대상이 아니며, 이전등기를 하지 아니한 정당한 사유 유무에 불구하고 감면하였던 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있으므로 감면대상이 아니다(참조 행정자치부 심사 2003-239, 2003. 11. 24)

< 을 설 >
감면대상이다.
- 이 유
부동산등기법에서 아파트 등 집합건물의 경우 소유자의 편의와 등기사무의 간소화를 위하여 건물등기를 완료한 후라도 대지지분에 대한 특례를 두어 분양자가 대지사용권을 후일 취득하여 이전하기로 한 경우 대지권변경등기를 할 수 있도록 규정하고 있고(부동산등기법시행규칙 제60조의2), 토지와 그 지상물을 일체로 하여 하나의 거래목적물로 거래하면서 그 대금 역시 하나로 정하여 거래되는 아파트 등 집합건물에 대하여는 주물인 건물에 대한 소유권이전등기가 완료되고, 대지권변경등기가 지연되었다 하더라도 미등기전매 등 탈법의 소지가 없는 것으로 보아 과태료를 부과하지 아니하고(등기선례 3-818)있으며, 사회 통념상 건축물은 이미 이전등기를 하고 취득세 등을 감면 받았음에도 그 부속토지에 대한 이전 등기가 지연되었다 하여 토지에 대한 감면을 배제하는 것은 법감정에 맞지 아니하고, 건축물에 대한 이전등기 전에 토지에 대한 취득금액을 이미 지급한 점 등을 미루어 판단하여야 하고 이러한 사항은 정당한 사유로 보아 등록세 등을 감면하여야 한다.

< 우리시 의견 >
갑설이 타당함.

<회신> 세정-4791, 2004.12 30

서울특별시세감면조례 제15조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양 받은 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택(그 부속토지를 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 감면한다고 한 후 그 제3항에서 제1항 및 제2항에서 규정한 공동주택을 취득한 날(건축한 경우에는 사용승인서 교부일)부터 2월(보존등기가 되지 아니한 공동주택을 취득한 자는 건축주가 보존 등기한 날부터 2월, 법령의 규정이나 천재ㆍ지변ㆍ사변ㆍ화재 그밖에 이와 유사한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월)이내에 보존등기 또는 이전등기를 하지 아니하거나 그 취득일부터 5년 이내에 임대주택법시행령 제9조 제2항 제2호 및 제3호 규정에서 정한 사유가 아닌 사유로 임대 이외의 용도로 사용하거나 매각하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바,
주택임대사업자가 아파트를 분양 받은 후 취득세와 등록세를 감면 받았으나 대지분에 대한 지적정리가 완료되지 않아 대지권등기를 하지 못하고 있던 중 지적정리가 완료되어 건축주가 보존등기를 하였으나 보존등기일부터 2월 이내에 소유권이전등기를 하지 않았다면 기 감면 받은 토지분에 대한 취득세와 등록세는 추징하는 것이 타당합니다.