국민주택규모 이하 주택의 농어촌특별세 비과세

<질의>

분양을 목적으로 토지를 취득한 후 85제곱미터 이하인 공동주택을 신축·분양한 경우 토지 및 건물에 대한 농어촌특별세가 비과세된다는 귀 기관의 예규(세정-2915, 2004. 09. 07 세정 13407-1097, 2002. 11. 18 세정 13407-866, 2002. 09. 14)에 의해 기 납부한 농어촌특별세를 환급받기 위해 관계기관을 찾았으나 세무공무원은 대법원판례(대법원 2002두12984, 2004. 08. 20)를 근거로 환급이 불가능하다고 하니 본 내용과 무관한 판례라 생각되는데 환급이 불가능한지 답변 부탁드립니다.

<회신>
세정-4623, 2004. 12. 18

농어촌특별세법 제4조제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 취득세에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조제4항에서 법 제4조제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택이라 함은 주택법시행령 제3조제1항의 규정에 의한 규모이하의 주거용건물과 이에 부수되는 토지(국가·지방자치단체 또는 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사와 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정하고 있습니다.
귀 문의 경우 농어촌특별세가 비과세되는 “국민주택에 부수되는 토지”라 함은 원칙적으로 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고, 그렇지 않은 경우에는 국가·지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지만을 의미한다(대법원 2002두129884, 2004. 8. 20 참조) 하겠으므로 주택건설사업자 등이 토지를 취득한 후 그 지상에 국민주택 규모 이하의 주택을 신축하였다 하더라도 당초 토지 취득에 따른 농어촌특별세가 비과세되지 아니합니다.