수용농지에 대한 대체취득시 취득세 비과세 질의회신

<질의>
의뢰인은 위와 같이 보상금 수령후 1년 이내에 농지를 대체취득하여 지방세법 제109조 제1항 및 동법 제127-2의 제2호에 의하여 관할 ○○군청에 별첨 토지수용(협의매수) 확인서를 첨부하여 등록세, 취득세 면세신청을 하였던 바 ○○구청은 수용된 농지와 의뢰인의 주민등록지인 △△시 △△구와는 동일 및 연접된 지역에 속하지 아니함으로 비과세대상이 아니라고 반려함으로 의뢰인은 이에 해당되는 등록세 9,306,000원, 교육세 1,861,200원, 합계금 11,167,200원과 취득세 18,612,000원, 농특세 1,861,200원, 합계금 20,473,200원, 도합 31,640,000원을 모두 납부하고 소유권이전등기를 경료하였습니다.
그런데 지방세법시행령 제79-3 제2항 제1호에 의하면 수용된 농지소재지와 연접 지역이나 또는 농지의 소재지로부터 20㎞이내의 지역에 사업인정고시일 현재 1년전부터 주민등록을 하고 계속 거주한 자는 지방세법 제109조 제2항에 의한 부재 부동산 소유자가 아니라고 규정하고 있습니다.
○○구청은 시행령 제79-3의 제2항 제1호 규정 중 수용농지의 소재지로부터 소유자의 주민등록지가 연접하지 않는다는 한 가지 이유로 부재부동산 소유자로 간주하여 등록세, 취득세를 부과한 것은 부당하다고 사료됩니다. 왜냐하면 시행령 제79-3 제2항 제1호에는 수용된 농지의 소재지나 그 연접한 시·군 또는 농지의 소재지로부터 20㎞이내에 주민등록을 필하고 거주한 자는 제109조 제2항의 부재동산 소유자가 아니라고 규정하고 있음으로 이는 비과세 대상이 명백하다고 생각됩니다.
의뢰인은 20㎞를 입증하기 위하여 컴퓨터와 본인의 차량으로 확인결과 수용농지 소재지로부터 의뢰인의 주민등록지인 △△시 △△구 △△동과의 직선 거리는 13.4㎞이고 현 도로상의 거리도 14.7㎞에 불과합니다.

<답변>
세정-3999, 2004. 11. 09
지방세법 제109조 제1항에서 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률ㆍ도시계획법ㆍ도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체 취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고, 동법시행령 제79조의3 제2항에서 법 제109조 제2항에서 “대통령령이 정하는 부재부동산 소유자”라 함은 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록을 한 경우에도 사실상 거주하고 있지 아니한 거주자를 말한다고 한 다음, 그 제1호에서 매수 또는 수용된 부동산등이 농지인 경우에는 그 소재지 구·시·군 및 그와 연접한 구·시·군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역을 규정하며, 동법 제127조의2 제2항에서 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세 되는 부동산 등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있습니다.
귀 문의 경우 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등이 수용된 자가 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산 등의 계약을 체결하고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득하며, 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록을 하고 사실상 거주한 거주자로서 그 주민등록지가 농지의 소재지로부터 직선거리로 20킬로미터 이내의 지역인 경우라면 부동산 대체취득에 따른 취득세 등이 비과세되는 것이나, 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.