과점주주 취득세 납세의무

〈사실관계〉
(1) 현재 甲법인을 금융감독위원회의 인가를 받은 금융지주회사법에 의한 금융지주회사이고 乙법인은 갑법인의 100% 子 회사입니다.
(2) 甲법인이 금융감독위원회의 인가를 받아 乙법인을 子회사로 편입하기 전에는 乙법인과의 관계에 있어 지방세법 제22조제1항 및 동법시행령 제6조의 규정에 의한 특수관계인의 범위에 들지 않습니다.
(3) 甲법인과 乙법인과의 사이에 母회사 및 子회사로 성립되기 전에 이미 甲법인은 丙법인의 주식을 3%를 소유하고 있었고, 乙법인 역시 49%를 소유하고 있어 乙법인이 甲법인의 子회사로 편입됨과 동시에 丙법인의 과점주주로 되었습니다.
(4) 향후 乙법인이 丙법인의 주식을 추가로 3%를 더 취득하려고 합니다.
〈질의내용〉
위 사실내용처럼 乙법인이 丙법인의 주식을 추가로 취득하는 경우 乙법인이 부담하여야 할 과점주주취득세에 대하여 다음과 같이 양설이 있어 질의합니다. 어떤 설이 맞는 것인지 답변하여 주시기 바랍니다.
〈갑 설〉
과점주주취득세는 甲법인이 추가로 취득하는 3%에 해당하는 세액이다.
〈이 유〉
乙법인이 甲법인의 子회사로 편입되는 시점에서 이미 과점주주가 형성되었음으로 추가로 취득하는 증가분(3%)에 대해서만 취득세를 부담하는 것이 타당하다. 왜냐하면 시행령 제78조제2항에서 과점비율이 증가된 경우에 그 증가된 분을 취득으로 보아 과세하도록 하고 있기 때문이다.
〈을 설〉
과점주주취득세는 전체 과점비율 55%에 해당하는 세액이다.
〈이 유〉
甲법인과 乙법인이 한번도 과점주주취득세를 부담한 사실이 없기 때문에 丙법인의 주식을 추가로 취득할 때에는 전체 비율에 대하여 부담하는 것이 타당하다.

[답변]
세정-2970, 2004. 9. 9
지방세법 제105조 제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보되, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 등에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고, 동조 제2항에서는 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과하되, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있습니다.
귀문의 경우와 같이 丙법인의 주식을 소유한 甲법인(3%)과 乙법인(49%)이 각각 별개로 운영되다가 乙법인이 甲법인의 子회사로 편입되면서 丙법인의 과점주주가 된 후 乙법인이 丙법인의 주식(3%)을 추가로 취득하는 경우라면, 지방세법시행령 제78조 제2항의 규정에 의거 증가된 분(3%)을 취득으로 보아 취득세를 부과하는 것입니다.