조세특례제한법상 취득세·등록세 면제에 대한 질의

[질의]

(사실관계)
甲법인(○○도 ○○소재)은 1995년 설립 및 건설사업을 하고 있습니다. 1997년도에 丁법인(레미콘사업이 주업임. 인천 ○구 ○○동 소재)을 인수합병 하였으며 사업악화 등으로 2000년도 회사 정리절차 등에 들어갔으나 법원에서 2001년 정리절차 폐지확정을 하였습니다. 1995년부터 현재까지 휴업 등을 한 적은 없습니다.
현재 乙법인(인천 ○구 ○○동 소재)이 甲법인의 레미콘사업부문을 인수하려고 합니다. 乙법인은 2001년 설립하였고 현재까지 정상적인 사업을 하고 있습니다.

(질문사항)
조세특례제한법(제119조, 제120조)에 따르면 법인세법 제46조 제1항(제47조 제1항) 요건을 갖추는 분할·분할합병 등은 취득세·등록세가 면제된다고 합니다.
1. 인적분할 추진 시 법인세법상 46조 1항에 요건이 맞는지요?
- 甲법인이 분할등기하고 ○○소재 건설부분과 ○○소재 레미콘사업부분으로 독립된 사업임.
- 레미콘부분을 乙법인이 합병함 인수시 포괄승계함
- 乙법인이 甲법인의 주주에게 분할대가로 전액 분할합병법인인 乙법인의 주식을 줌. 지분율에 따라 줌.
- 乙법인(분할합병법인 임)은 앞으로 계속 사업을 영위함.
2. ○○ ○서구는 등록세 3배 중과 지역인데 조세특례제한법상 요건에 해당시 중과세 또한 면제되는지요?
3. 조특법의 신청 및 승인은 자치단체에 하는지 아니면 국세청에 하는지요?

[회신] No. 4
세정-1080, 2004. 5. 8

조세특례제한법 제119조 제1항 제10호의 규정에 의하면 “법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다.
이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다라고 규정하고 있으므로,
인적분할 등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인(갑법인)이 ①분리 가능한 독립된 사업부문(레미콘 사업부문)을 분할하고 ②분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되며 ③분할법인만의 출자에 의하여 분할되고 ④분할 등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 분할합병의 상대방법인(을법인)에게 포괄적으로 승계되면서 법인세법 제46조 제1항 제2호 및 제3호의 요건을 충족한다면 취득세 등이 면제된다고 사료되나 이는 과세권자가 사실관계를 확인하여 결정할 사안임을 양지하여 주시기 바랍니다.
※법인세법 제46조 ①다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
(1) 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것.
(2) 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할 합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것.
(3) 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계 받은 사업을 계속 경위할 것.