도시형업종의 공장내에 본점이 설치된 경우, 그 본점용에 해당하는 부분은 취득세와 등록세가 중과세 됨.

【질의】
당사는 1995.10.1. 설립된 법인으로 경기도 ○○시에서 ××시로 2000.4.에 신축이전하였음.
법인 또는 지점 등의 설립, 설치, 전입 이후 5년 이내에 취득하는 사무용, 비사무용 또는 사업용, 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 한 법인은 토지, 건물의 연면적에 대한 취득세, 등록세가 중과세에 해당된다는 규정이 있으나 지방세법시행규칙 제47조 및 제55조 규정에 의하여 공업배치및공장설립에관한법률 제28조 규정에 의한 도시형업종과 동법시행령 제84조 제2항 규정에 의한 공장의 승계취득의 경우에는 중과대상에서 제외되는 것이라는 관련법에 의거 중과세에 해당되지 않는 것으로 판단됨.
현재 당사는 도시형업종(산업분류코드: 33119), 부지면적: 1643.3 연면적: 3455.36임.
관할시청에서는 취득토지 중 본점 해당분(사무실: 229㎡), 등록토지 중 본점 해당분(사무실＋식당: 96.25㎡), 취득건물 중 본점 해당분(사무실), 등록건물 중 본점 해당분(사무실＋식당) 중과세에 해당된다고 함.
이 점이 중과세에 해당이 되는지 여부?

[회신] 세정13407-347(2001.3.29)
지방세법 제112조 제3항의 규정에 의거 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용부동산(본점 또는 주사무소용건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지)을 취득하는 경우와 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 경우에는 취득세를 중과세하는 것이나 동법시행규칙 제47조 제1항에 규정된 공장 중 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장은 중과세대상에서 제외됨. 질문의 경우 도시형공장을 영위하는 본점용사무실을 신축하여 본점용으로 사용하는 부분(본점의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용부동산)에 대하여는 취득세가 중과세됨.
또한 지방세법 제138조 제1항 제4호의 규정에 의거 대도시 안에서 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하나 대도시 내에서 법인설립 후 5년 이내 신설법인이 취득하는 일체의 부동산등기 중 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 도시형공장에 대하여는 등록세가 중과세되지 아니함(지방세법운용세칙 제138-4 참조).
질문의 경우 도시형공장용부동산이 아닌 “본점용부동산”은 동법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의거 그 부분에 대하여 등록세가 중과세됨.