종교용으로 취득한 부동산을 3년간 교회교육관으로 사용한 후에 임대한 경우에는 비과세한 취득세와 등록세를 추징할 수 없음.

【질의】
당 법인은 민법 제32조에 의하여 설립된 비영리종교법인으로서 전도, 교육, 구호 등의 목적사업을 수행하기 위하여 1997년 10월 13일 고양시 ○○구 ○동 부활교육센타 401호와 403호를 취득하여 취득한 날로부터 즉시 403호는 ○○교회의 예배당으로, 401호는 동 교회의 교육관으로 각각 사용하였습니다.
○○교회는 당초의 예상과는 달리 IMF 이후 교회자립을 하지 못하고 재정적 어려움이 계속되는 가운데 건물관리유지비를 감당할 수 없어 취득일로부터 만 3년간 교회교육관으로 사용하던 401호(이하 “이건 부동산”이라 함)를 2000년 10월 15일 계약존속기간을 2년으로 정하고 학원이 사용하도록 한 바, 취득일로부터 만 3년간 종교 고유목적사업에 사용하던 이건 부동산을 임대했다는 이유로 비과세 받았던 취득세와 등록세가 추징되는지?

[회신] 세정13407-391(2001.4.10)
구지방세법(2000년 12월 29일 법률 제6312호 개정 이전의 것) 제107조 본문 단서 및 제127조제1항 단서 규정에서 취득세와 등록세가 추징되는 경우는 종교법인이 법인세법 제3조제2항의 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우이므로, 질문과 같이 종교용으로 취득한 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 사용한 사실이 있는 경우라면 사용 이후 임대 등을 하더라도 취득세와 등록세가 추징되지 아니함(행정자치부 심사 제2001-126호 참조)이 타당하나 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사후 판단할 사함임.