지방세 중복 감면 여부 질의

【질의】
당 법인은 ○○○도 ○○시 산정농공단지 내에서 제조업을 하고 있는 주식회사로 이번에 건물을 증축함에 따라 소유권 보존등기를 하고자 하는데 지방세 감면의 중복적용 여부에 대하여 문의드리고자 합니다.
당 법인은 2001년 12월 13일에 법인을 설립하고 2001년 말에 대지와 건물을 취득하고 당시 조세특례제한법 제119조 제3항 및 동법 제120조 제3항에 의거 창업중소기업 감면을 받은 바 있고,
이번 2004년 1월 15일에 공장을 증축하고 소유권보존등기를 하고자 하는데 당 법인이 소재한 지역은 농공단지로 지방세법 제276조(산업단지 등의 감면)의 요건을 충족하여 증축한 건물의 소유권보존등기시 지방세 감면을 받고자 합니다.

〈질의사항〉
당 법인이 이번에 증축한 공장용 건물에 대하여 지방세법 제276조(산업단지 등의 감면)에 의거 감면이 가능한지요?
당초 법인설립 후 조세특례제한법 제119조 및 제120조 제3항에 의거 창업중소기업에 의하여 감면을 받은 바 있기에 이번에 증축한 공장용건물에 대하여는 지방세법 제276조를 적용시 중복적용이 되므로 감면을 받을 수 없다는 의견도 있는데 지방세법 제294조(중복적용의 배제)에 의하면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어서 2이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만 적용한다라고 되어 있는데 명쾌한 답변을 바랍니다.


【회신】세정-122, 2004. 2. 20
지방세법 제276조 제1항의 규정에 의거 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제토록 규정하고 있으므로,
귀 질의의 경우 창업중소기업이 법인설립 후 2년 이후에 산업단지 내에서 공장용건축물을 증축한 경우라면 증축한 부분에 대한 취득세 등의 감면대상에 해당하는 것이나 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.