교회담임목사 사택으로 매입한 부동산의 비과세 감면 여부

【질의】
저는 ○○구 ○○동에 소재한 대한예수교장로회중앙교회 ○○○ 담임목사입니다.
조그마한 교회에서 목회를 하고 있던 중 교회에서 한뜻이 되어 목사사택을 매입하기로 결정함에 따라 주택(부동산) 매입에 관련된 세금인 부동산 취득세 및 등록세에 관하여 문의하고자 합니다.
교회 제직회의 결의로 담임목사의 사택용도로 사용하기 위하여 부동산을 매수하는 과정에서 아파트 전소유자인 매도자(개인)와 기존세입자가 잔급지급일전(잔금지급일 1일전)에 임대차계약을 다시 체결한 부동산을 교회 명의로 매수하여 등기할 경우에 부동산 취득세 및 등록세가 감면 비과세 되는지요?
참고로 임대차보호법 규정에 따라 임대차기간 동안 매수한 부동산소재지에 거주하고 있습니다.
이에 본 교회에서는 빠른 시일 안에 사택으로 사용하고자 기존 세입자와 계약기간 만기 전이라도 이사비용을 드리겠으니 이사해 주시기를 요청했었습니다. 그러나 기존세입자의 자녀들 학교문제로 당분간 계약기간동안은 살아야 한다고 하니 본 교회에서도 어쩔 수 없이 기다리고 있습니다. 그래서 계약만기 전이라도 언제든지 기존 세입자가 이사할 경우에 본 교회에서는 담임목사 사택으로 사용할 것입니다.
위와 같이 본 교회에서는 수익을 얻고자 하는 목적에서 목사사택을 구입한 것이 결코 아님을 말씀드리오니 조속한 시일 내에 정확한 회신바랍니다.

【회신】세정-428, 2004, 1, 31
지방세법 제107조 제1호의 규정에 의거 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 비과세 하도록 규정하고 있으므로,
귀 질의의 경우 종교단체가 담임목사의 사택으로 사용할 목적으로 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 한 후 잔금지급일 하루 전에 전 소유주가 당해 주택에 거주하던 기존의 임차인과 임대차계약을 체결함에 따라 주택을 취득하여 담임목사의 사택으로 사용하지 못한 경우라면 당해 주택을 취득하여 임대용으로 사용하였으므로 취득세 등이 비과세되지 아니하나 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.