벤처기업이 취득한 아파트형 공장에 대한 감면 및 추징

(주)○○산업은 프라스틱 포장재를 제조하는 중소기업으로서 제품은 주로 전자부품 포장재, 전자기기 포장재로 쓰이며 국내 굴지의 S전자 및 일본 ×××× 그리고 동남아지역으로 수출(납품)을 하며, 연간 수출실적 450만불을 상회하는 수출제조업체임.
당사는 ISO9002인증 및 ○○지방중소기업청으로부터 벤처기업으로 인증을 받고 있음.
당사는 2001.8.에 제품연구개발실과 외국바이어와 영업세일을 위한 사무실로 ○○공항과 가까운 곳에 있는 ○○시에 소재한 아파트형공장을 취득하였으며, 취득시 취득세·등록세 등 지방세를 감면받았는데, 취득 후 영업장으로 계속 사용을 하고는 있으나 연구개발에 관한 시설들을 아직 갖추지 못한 상황에서 ○○시 관할구청 건축물 사용현황조사시 공장이 아니고 사무실로 사용한다 하여 기 감면받은 지방세를 ○○시 관할구청에서 추징한다고 함.
당사는 이 아파트형 공장을 임대 또는 다른 용도로 사용하지 않고 있으며, 비록 현재 제조시설은 없다 하여도 벤처기업 연구개발실 목적에는 변함이 없으며, 현재 직접 서울사무실로 사용하고 있으므로 ○○시 관할구청의 기 감면분 추징은 부당하다고 생각됨.
당사 소재지인 ○○도에 벤처기업 등록이 되어 있지만 벤처기업에 대한 세제감면 등에 대한 조세특례제한법의 벤처기법이 사업용 재산을 취득시 취득세·등록세를 감면해 준다는 조항은 전국 어느 지역 소재지에 관계없이 적용되는 것은 아닌지.

[세정] 13407-1214, 2002. 12. 23
감면조례 제18조 제2항의 규정에 의거 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하나 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로귀문의 경우 벤처기업으로 확인받은 기업이 아파트형공장 설립자로부터 아파트형공장을 최초로 취득하여 벤처기업용 사무실로 사용하는 경우라면 기 감면된 취득세 등이 추징되지 아니하나 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항임.