사업인정고시일 이전에 협의매수계약을 체결하고 대체취득한 경우의 취득세비과세 여부

당 (합자)○○산업은 ○○도 ○○시 ○○동 569-1번지에 소재하는 회사로서, ○○도 ○○시의 도시계획시설(학교)결정(2002.1.16.) 및 ○○도 ○○교육청의 학교용지보상계획공고(2002.3.30.)에 의하여 가칭 “○○초등학교신설사업”에 당사 소유의 토지가 편입되었으며, ○○도 ○○교육청에서는 가칭
“○○초등학교신설사업” 사업인정고시를 고시번호2002-117호(2002.10.21.로 고시하였음.
이에 따라 당 ○○산업은 2002.9.18. 및 ○○도 ○○교육청과 협의매매계약을 체결하고, 당사가 이전할 대체토지를 2002.10.23. 계약하고 2002.10.30. 대체토지에 대한 매매대금지급을 완료하였음. 이에 대하여 지방세법 제109조 제1항의 “계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산을 취득할 때에는 그 취득에 관한 취득세를 부과하지 아니한다”라고 되었는바, 당사의 경우 ○○도 ○○시에서 사업인정고시일 이전에 ○○교육청과 협의 매매가 되었다 하여 비과세대상이 아니라는 통보(세정13430-13291, 2002.11.4.)가 있었는 바, 다음과 같이 양설이 있어 질의함.

<갑설> 사업인정고시일 이전에 보상계약 및 보상금이 전액 수령된 후, 대체토지를 취득한 경우에는 취득세감면대상이 아니다. (이후 사업인정고시)

<을설> 사업인정고시일 이전이라 하더라도 공공용지취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산을 당해 공공사업의 시행자(○○도 교육감, 위임받은 공무원: ○○도 ○○교육청 교육장)에게 매도되어 계약일 이후 1년 이내에 대체토지를 취득한 경우에는 취득세 감면대상이다.당사로서는 공공용지취득및손실보상에관한특례법에 의거한 협의매수계약체결이든, 토지수용법에 근거한 사업인정고시일 이후의 강제취득이든 간에 공공사업에 편입됨에 따른 특별한 희생이며, 1995.12.6. 개정된 지방세법(법률 제4995호) 제109조 제1항에서 규정한 바와 같이, “을설”에 따른 계약일 이후 대체취득하였으므로 감면됨이 타당함.

[세정] 13407-1149, 2002.12.03.
1. 지방세법 제109조 제1항의 규정에 의거 토지수용법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업을 인정받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업의 인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체취득할 부동산을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으므로,

2. 귀문의 경우 학교용지로 편입될 것으로 결정된 토지를 사업인정받은 자와 협의매수계약체결일 이후 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년 내에 대체취득할 부동산의 매매계약을 체결하고 당해 부동산을 대체취득한 경우로서 다른 비과세요건을 충족하는 경우에 한해 취득세 등이 비과세되는 것이나 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항임.