창업중소기업의 감면세액 추징 및 과점주주의 납세의무

당사는 서울소재의 비공개 중소법인이며 2001.11.에 ○○광역시 ○○군에 소재하는 ○○산업단지에서 창업한 모 창업중소법인(제조업)에 출자(19%)를 하였으나, 금번 창업중소법인의 사정으로 인하여 나머지 주주들(개인)의 지분 81%를 당사에서 전량 인수를 할 예정이었으나, 일설에 의하면 창업 후 2년 내 창업중소법인의 지분변동이 있을 경우 조세특례제한법 제119조 제3항에 의하여 사업용재산(공장건물 및 대지)을 취득시 면제받은 취득세 및 등록세를 추징당하게 된다고 하는데 그 설이 맞는지의 여부와 또 다른 법률과 해당 시 자체의 조례 등에 의해 불이익을 당할 수 있는지.

[세정] 13407-1194, 2002.12.17.
1. 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있으므로 귀문의 경우 창업 후 당해 창업중소기업주주의 지분변동이 있는 경우라도 당해 창업중소기업이 기 감면된 취득세 등이 추징되지 아니함.

2. 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의거 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로 귀문의 경우 창업중소기업의 지분을 취득함으로서 과점주주(당해 법인의 주식을 51% 이상 소유한 주주)된 경우라면 당해 법인장부상의 취득세 과세대상물건 총가액에 세율(2%)을 곱하여 산정한 과점주주 취득세를 과점주주가 된 날로부터 30일 이내에 신고납부하여야 함.