사립대학이 학교내에서 운영하는 창업보육센터용 부동산에 대한 재산세 감면여부

최근 정부에서는 경제부양책 등으로 중소기업청을 통하여 창업중소기업및벤처기업육성에관한특별조치법에 의거하여 창업보육센터, 실험실공장 등을 설치·운영하고 있으며, 또한 2003년도부터 대학의 학과실습과 연계된 “학교기업”의 설립을 적극적으로 추진하고 있는 실정입니다. 또한 창업보육센터, 실험실공장, 학교기업 등과 관련된 행위는 교육사업을 수행하고 있는 학교내의 교지 및 교사에서 대부분 이루어지고 있습니다. 따라서 학교의 교지와 교사(사립학교법 제28조, 대학설립·운영규정)는 교육용기본재산으로 지방세법상 용도구분에 의한 비과세로 취득세, 등록세 등이 과세되지 않고 있습니다.
그러나 정부의 시책에도 불구하고 창업보육센터, 실험실공장, 학교기업 등의 행위를 수익사업으로 간주하여 재산세 등을 과세할 수 있는지, 아니면 특별법에 의한 고유목적인 교육사업을 지원하는 차원에서 비과세로 보아야 하는지 여부를 질의합니다.

<갑설> : 용도 구분에 의한 비과세로 볼 수 없음.
창업보육센터, 실험실공장, 학교기업 등의 행위자체를 수익사업으로 보아 용도 구분에 의한 비과세로 볼 수 없는 것임.
단 창업보육센터는 취득세, 등록세, 재산세, 종합토지세의 100분의 50을 경감한다(지방세법 제280조 중소기업등의 지원을 위한 감면)

<을설> : 용도구분에 의한 비과세로 보아야 함.
사립학교의 교사와 교지는 고유목적인 교육사업을 수행하기 위한 교육용기본재산으로 사립학교법, 사학기관재무회계규칙, 정관등의 법률적으로 수익사업을 할 수 없게 되어 있다. 따라서 교지와 교사가 취득시부터취득세(제107조), 등록세(제127조), 재산세(제184조) 등이 용도구분에 의한 비과세로 적용되어 왔으며, 정부의 교육정책 지원차원에서 이루어진 현실적인 특별조치법규로 보아 납세자를 보호하는 입장에서 소급과세금지의 원칙을 준용하여 기존에 취득한 교육용재산에 대해서는 계속하여 용도구분에 의한 비과세로 적용해야 할 것임.

세정 2002. 11. 5 (13407-1045)
지방세법 제107조제1항의 규정에 의거 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득세 대하여는 취득세 등이 비과세되나 귀문의 경우 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 창업보육센터 등을 취득하는 경우에는 학교용 부동산을 취득하는 것이 아니므로 취득세 등이 비과세되지 아니합니다.