중소기업통합으로 과점주주가 된 경우 납세의무 및 창업중소기업의 취득세 등 추징사유

제조섬유가공업을 영위코자 2000년 12월 창업하여 부동산 취득(공장)시 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에 의한 지방세 면제를 받은 사실이 있으며, 이후 동종업의 중소 ‘갑’ 법인과 본인의 사업체 간에 조세특례제한법 제31조의 규정에 의하여 통합하고자 할 때 의문점이 있어 질의함.

1) 중소기업 통합에 의해 본인이 과점주주가 성립되었을 경우, 본인이 상기 ‘갑’ 법인의 기존 주주로부터 주식을 취득하지 아니하고 통합으로 인한 주식증자로 과점주주가 되었을 때에 지방세법시행령 제78조제1항에 의한 증자등 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 과점주주로 보아 취득세등을 부과하는지의 여부

2) 중소기업 통합시 기왕에 본인의 당해 사업에 공한 부동산에 대한 지방세 면제의 추징사유 여부- 조세특례제한법 제119조제3항 및 동법 제120조제3항 단서의 규정에 의하면 “등기일로부터 2년내 ‘정당한 사유없이’ 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”는 규정에서 여러 설이 있어 질의함.

<갑설>
통합은 개인 사업체가 사업을 폐지 및 처분함으로 인하여 개인이 직접 사용하지 아니하므로 당연히 추징사유에 해당됨.

<을설>
통합은 개인 사업체가 사업을 폐지 및 처분함으로 인하여 개인이 직접 사용하지 아니하므로 당연히 추징사유에 해당됨.

<병설>
중소기업간의 통합은 정부지원 성격인 기업 구조조정을 위한 특례조항으로 볼 때 합목적성에 부합하고 동종업체간의 통합은 사업의 동질성이 계속 유지되므로 해당 과세물건은 변함없이 통합존속법인 사업에 직접 사용하고 있으므로 추징사유로 볼 수 없음.

【세정】 13407-459(2001.10.24)
1. 조세특례제한법 제120조제1항제2호의 규정에 의거 중소기업간 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 양수하는 당해 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제하며, 동법 제119조제3항 및 제120조제3항 단서규정에서 등기 또는 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제 받은 세액을 추징한다고 규정되어 있음.
2. 따라서, 귀문과 같이 조세특례제한법 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합 이후에 주식증자로 새로이 과점주주가 된 경우 그 과점주주는 지방세법 제105조제6항의 규정에 의한 취득세 납세의무가 있으며, 통합 이전에 창업중소기업에 해당되어 취득세등을 면제받은 법인이 당해 부동산을 그 취득일로부터 일정기간 동안 당해 사업에 직접 사용하다가 타 법인과 통합된 경우라면 기 면제된 취득세등이 추징되지 아니함.