벤처기업집적시설용 부동산에 대한 감면 및 추징

당사(벤처기업)는 당사 건물에 대하여 1999년 1월에 벤처기업집적시설로 지정을 받아 운영해오고 있음. 최초 지정시에는 자가 사용분에 대해서는 취득세 및 등록세를 납부하고 임대분에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제받았고, 현재까지 위 건물에 대하여 벤처기업집적시설의 지정요건을 충족해 왔음당사는 국내외 경제상황의 변화에 대처하기 위해 구조조정의 일환으로 2000년 2월에 건물 매각을 계획하고 진행중에 있음 이런 이유로 2002년 12월 29일에 신설된 지방세법 제276조제3항 단서 후단의 “부동산의 취득일로부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다”는 규정에 따라 감면받은 취득세 및 등록세가 추징되는지?

<갑설>
감면된 취득세 및 등록세는 추징되어야 함
(이유)
2000년 12월 29일 개정된 지방세법 제276조제3항의 단서 규정이 적용됨

<을설>
감면된 취득세 및 등록세는 추징되지 않음
(이유)
2000년 12월 29일에 신설된 지방세법 제276조제3항 단서 후단의 규정은 부칙 제1조에 따라 2001년 1월 1일부터 시행되며, 당사의 벤처기업집적시설의 지정은 그 시행일 이전이었으며 또한, 부칙 제10조에 의하면 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 감면받은 부분에 대해서는 예에 의하도록 규정하고 있음

【세정】 13407-39(2002. 1. 10)
구 지방세법(법률 제6260호, 2000. 12. 29 개정 전의 것) 제276조제4항의 규정에 의거 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양·임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대햐여는 취득세등을 면제하나 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세등을 추징토록 규정하고 있음귀문의 경우 벤처기업집적시설의 사업시행자가 부동산을 벤처기업집적시설로 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 후 벤처기업집적시설로 개발·조성할 경우라면 기 감면된 취득세등은 추징되지 아니하나 이에 해당 여부는 과세권자가 사실 조사하여 판단할 사항임 아울러 변도의 소급적용 규정을 두고 있지 아니하는 한 취득세등의 감면·추징은 당해 물건의 취득시점에 적용되는 법령에 의해 판단되어야 함