벤처기업용으로 사용하기 위해 임대중인 건물을 취득하였다가 임대기간 만료후 재 임대시 취득세·등록세 추징여부

【질의】
▶ 현황
당사는 1998년 2월에 법인을 설립하여 1999년 10월 중소기업청으로부터 벤처기업으로 확인을 받았고 2000년 6월 사옥으로 사용하기 위한 건물(6개층, 연건평 1,124㎡)을 매입하였던 바, 그 당시 1층(201㎡)과 2층(221㎡) 5층(116㎡)은 임대되어 임차인을 그대로 승계받고 당사는 잔여 3개층(586㎡)을 사용하고 있음.
당사는 취득 당시 조세특례제한법 제119조제3항 및 동법 제120조제3항에 의해 등록세 및 취득세를 감면받은 바 있음.
▶ 질의
취득 당시 승계된 임차인의 임대기간이 만료되어 임대기간을 연장하여 재계약을 하였을 시
① 갑설에 의하면 조특법 제119조제3항 및 동법 제120조제3항 단서의 2년 이내의 자가사용 유예기간은 현행 임대차보호법등의 규정을 준용하여 법 형평상 임대기간의 연장시 등록세, 취득세 감면이 유효하다고 보고 있고,
② 을설에 의하면 전자의 2년 이내의 유예기간에 관한 규정은 재임대를 제한하고자 하는 취지로 보아 등록세, 취득세를 추징하여야 한다고 주장하는 바, 어떠한 논리가 타당한지 회신하여 주시기 바람.

【회신】 세정13407-334(2001.9.14)
조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 취득·등기하는 재산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하되 취득 또는 등기일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는 바,
귀 법인이 창업벤처중소기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업용으로 취득·등기한 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하도록 규정하고 있음.
따라서 귀 문과 같이 종교단체가 아닌 개인이 종교용으로 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 실제 당해 부동산을 종교용으로 사용한 경우라도 당해 부동산은 제사·종교를 목적사업으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산이라고 볼 수 없어 취득세와 등록세가 비과세되지 아니함.