감     사     원

심  사  결  정

결 정  번 호     2011년 감심 제50호

제        목     등록세 등 부과에 관한 심사청구

청   구   인     주식회사 △△△△

                 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□

                 대표이사 ○○○

                 대리인 △△회계법인 담당 공인회계사 ○○○

처   분   청     △△△△시 △△구청장

주        문     처분청은 2009. 9. 16.자로 청구인에게 한 등록세 802,147,320원, 지방교육세 149,371,460원의 부과처분에 대하여 그 납세의무 성립시기를 2007. 4. 27.로 보아 각 세액을 경정하여야 한다.

이        유

1. 원 처분의 요지

    가. 청구인은 2001. 6. 12. 그 본점을 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. ｢주택법｣ 제9조에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 같은 구 □□동 □□□-□ 등 4필지의 부동산(토지 1,224.20㎡, 건물 2,306.91㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 9,215,000,000원에 취득하고 같은 날 이를 등기하면서 등록세 중과의 예외를 적용하여 표준세율(1,000분의 30)로 산정한 등록세 276,450,000원, 지방교육세 55,290,000원 계 331,970,690원을 신고․납부하였다가 2007. 4. 27. 이 사건 부동산을 △△△△△△주식회사에 매각하였다.

    나. 처분청은 등록세 중과의 예외를 적용받은 이 사건 부동산을 취득한 후   3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각하였다는 사유로 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 이 사건 부동산의 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 그 취득가액에 등록세 중과세율(30/1,000×300/100)을 적용하여 산정한 세액에서 기납부세액을 차감한 등록세 802,147,320원, 지방교육세 149,371,460원 계 951,518,780원(가산세 288,038,780원 포함)을 2009. 9. 16. 부과․고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

 가. 청구 취지

    이 사건 부과처분을 경정하게 해 달라는 것이다.

 나. 청구 이유

    이 사건 부동산을 ｢지방세법｣(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 ｢지방세법｣”이라 한다) 제138조 제1항 단서 및 ｢지방세법 시행령｣(2007. 7. 23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 ｢지방세법 시행령｣”이라 한다) 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외대상인 주택건설사업용으로 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고․납부하였다가 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각함으로써 등록세 중과대상에 해당하게 되었는데 이 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기는 매각한 때로 보아야 하는데도 등기한 때로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하므로 경정하여야 한다.

3. 우리 원의 판단

 가. 다툼

    이 사건의 다툼은 구 ｢지방세법｣ 제138조 제1항 단서 및 구 ｢지방세법 시행령｣ 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외를 적용받은 주택건설사업용 부동산을 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고․납부하였다가  취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각한 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 언제로 보아야 하는지 여부이다.

 나. 인정 사실

    이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

    ⑴ 청구인은 2001. 6. 12. 그 본점을 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. ｢주택법｣ 제9조에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 이 사건 부동산을 9,215,000,000원에 취득하고, 같은 날 이를 등기하면서 구 ｢지방세법｣ 제138조 제1항 단서 및 구 ｢지방세법 시행령｣ 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외를 적용하여 표준세율(1,000분의 30)로 산정한 등록세 276,450,000원, 지방교육세 55,290,000원 계 331,970,690원을 신고․납부하였다. 

    ⑵ 청구인이 2004. 7. 6. 이 사건 부동산을 등기하고 등록세를 신고하면서 제출한 공동주택건설 사업계획서의 주요 내용은 다음과 같다.

    ⑶ 이 사건 부동산의 일반건축물대장에 따르면 1차 사업부지 1필지와 2차 사업부지 2필지의 지상 건물은 2004. 11. 17. 철거 말소되어 있고, 나머지 1차 사업부지 1필지의 지상 건물은 2005. 5. 11. 철거 말소되어 있다.

    ⑷ 청구인은 2차 사업에 대하여는 2006. 1. 25., 1차 사업에 대하여는 같은 해 4. 26. 각각 건축허가를 받고, 1차 사업에 대하여는 2007. 1. 23. 착공연기 신청을 하여 같은 달 29. 처분청으로부터 착공연기 확인을 받은 후 같은 해 4. 27. 이 사건 부동산을 △△△△△△주식회사에 매각하였다.

    ⑸ 처분청은 등록세 중과의 예외를 적용받은 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각하였다는 사유로 2009. 9. 16. 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 이 사건 부동산의 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

    ⑹ 청구인과 처분청 사이에 청구인이 2007. 4. 27. 이 사건 부동산을 매각함에 따라 등록세 중과대상에 해당하게 되었다는 데 대하여는 다툼이 없다.

 다. 관계 법령

    이 건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세법｣ 제29조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

 라. 판단

    청구인은 이 사건 부동산을 등록세 중과의 예외대상인 주택건설사업용으로 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고․납부하였다가 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각함에 따라 등록세 중과대상에 해당하게 되었는데 이 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기는 이 사건 부동산을 매각한 때로 보아야 하는데도 등기한 때로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보고자 한다.

    구 ｢지방세법｣ 제138조 제1항 단서, 구 ｢지방세법 시행령｣ 제101조 제1항 제5호 및 제2항을 종합해 보면 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후에 ｢주택법｣ 제9조의 규정에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득․등기하는 부동산은 등록세 중과의 예외 대상으로 보아 표준세율을 적용하되, 취득 후 3년의 유예기간을 두어 정당한 사유없이 그 기간을 경과할 때까지 착공하지 아니하는 경우에는 등록세를 중과하도록 되어 있다.

    또한 유상으로 취득한 부동산(농지 제외)의 등록세 표준세율은 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 ｢지방세법｣(이하 “개정법률”이라 한다) 제131조 제1항 제3호에 따르면 1,000분의 20, 종전의 규정에 따르면 1,000분의 30으로 되어 있고, 위 개정법률 부칙 제1항에 따르면 개정법률(단서 일부 규정 제외)은 공포한 날(2005. 1. 5.)부터 시행하도록 되어 있고, 같은 부칙 제6조에 의하면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다”고 되어 있다.

    한편 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성한 때 즉, 각 법령에 정한 바에 따라 과세표준을 계산하고 세율을 적용하여 과세할 수 있는 상태가 되었을 때 성립하고 세금의 부과는 납세의무의 성립시 즉, 과세요건의 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이다.

    이상의 내용을 종합해 보면 위 개정법률 부칙 제6조에서 말하는 “종전의 규정에 의하여 부과하여야 할 지방세”라 함은 그 시행일인 2005. 1. 5. 현재 그 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립한 지방세를 뜻하는 것으로 보아야 할 것이고, 그 이후 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립되는 경우에는 개정 전의 규정은 적용될 여지가 없고 이에 대하여는 개정 후의 규정을 적용하여야 할 것이며, ｢주택법｣ 제9조의 규정에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득하고 등록세 중과의 예외를 적용받은 부동산에 대하여 정당한 사유없이 그 유예기간 3년을 경과할 때까지 착공하지 아니하는 경우 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하기 위한 과세요건에는 ‘부동산의 취득’과 ‘유예기간의 경과’를 그 요건으로 한다고 보아야 한다.

    살피건대, 청구인이 2001. 6. 12. 그 본점을 ｢지방세법｣상 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. 이 사건 부동산을 ｢주택법｣에 따른 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득․등기함에 따라 구 ｢지방세법｣ 제138조 제1항 단서 및 구 ｢지방세법 시행령｣ 제101조 제1항 제5호에 따른 등록세 중과의 예외를 적용받아 표준세율로 산정한 등록세를 신고․납부하고, 그 지상의 건물(4개동)은 2004. 11. 17.부터 2005. 5. 11.까지 철거 완료하였으며, 2차 사업은 2006. 1. 25., 1차 사업은 같은 해 4. 26. 각각 건축허가를 받아 착공을 준비하던 중 등록세 중과의 유예기간 내인 2007. 4. 27. 매각하였으므로 그 유예기간의 경과를 기다릴 필요 없이 이 사건 부동산을 매각한 때인 2007. 4. 27.에 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하기 위한 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립되었다고 보아야 할 것이고, 이 때 적용할 중과세율은 매각 당시 표준세율(1,000분의 20)의 100분의 300으로 하여야 할 것이다.

    그런데 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 그 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 중과세율을 등기 당시의 표준세율(1,000분의 30)의 100분의 300을 적용하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다. 

4. 결론

    그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 있고, 심사청구는 이유있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 

2011. 3. 24.

[별지]                       관계 법령

□ 지방세법(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것)

○ 제29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.   

    1. (생략)

    2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

    3.～12. (생략)

    12의2. 지방교육세 : 그 과세표준이 되는 세목의 납세의무가 성립하는 때

    (이하생략)

○ 제138조(대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, ｢수도권정비계획법｣ 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 ｢외국인투자촉진법｣에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.  

    1.～2. (생략)  

     3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

     4. (생략)

   ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

   ③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

○ 제260조의2(납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세

□ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 것)

○ 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 

    1.～2. (생략)

     3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

     (1) (생략)

     (2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 20

    (이하 생략)

   부칙 <법률 제7332호, 2005. 1. 5>

○ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제150조의3 및 제196조의5 제1항 제1호의 개정 규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다.

○ 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

□ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

○ 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 

    1. 상속으로 인한 소유권의 취득

      (1)～(2) (생략)

    2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : (생략)

    3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

     (1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 10

     (2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

□ 지방세법 시행령(2007. 7. 23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것) 

○ 제101조(대도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

     1.～4. (생략)

     5. ｢해외건설촉진법｣의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 ｢주택법｣ 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

      6.～37. (생략)

    ② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. (이하 생략)