법령해석 사례
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감 사 원
심 사 결 정
결 정 번 호 2008년 감심 제 222 호
제 목 사업소세 부과에 관한 심사청구
청 구 인 ○○법인 ○○○○학원
○○광역시 ○구 ○○동 ○○○-○
이사장 ○○○
처 분 청 ○○○○시 ○○○○장
주 문 심사청구를 기각한다.
이 유
1. 원처분의 요지
가. 청구인이 경영하는 ○○대학교에서는 2002. 3. 1. ○○사회복지재단 산하 서울○○○○과 체결한 “의료보건용역계약”에 따라 동 대학교 의과대학 소속 교원들을 서울○○○○에 파견하여 의료보건용역(환자진료 및 의과대학생 교육)에 종사하도록 한 후, 2002. 3월부터 2007. 1월까지 파견에 따른 비용으로 서울○○○○에서 파견교원에게 직접 지급한 급여(종업원할 사업소세 자진 납부)를 제외한 나머지 파견에 따른 비용(이하 “이 사건 용역비”라 한다)을 동 병원으로부터 지급받아 이를 파견교원에 대한 급여로 간접 지급하면서 이에 대한 종업원할 사업소세를 납부하지 아니하였다.
나. 이에 대하여 처분청에서는 서울○○○○에 대한 세무조사 시 청구인 산하 ○○대학교가 서울○○○○으로부터 매월 지급받는 이 사건 용역비는 수익을 목적으로 진료활동을 한 파견교원에 대한 급여로서 ｢지방세법｣ 제249조의 규정에 의한 면세점(월 통상인원 50인 이하)을 초과하는데도 종업원할 사업소세를 신고 납부하지 아니하였다고 보아 이 사건 용역비 총 99,230,040,690원 중 ○○대학교에서 파견교원에게 실제로 지급한 급여총액 96,371,435,724원에 대하여 ｢소득세법｣상 비과세소득인 연구보조비, 식대 계 6,226,539,218원을 제외한 합계 90,144,896,506원을 과세표준으로 하여 2007. 3. 12. 및 같은 해 5. 10. 2회에 걸쳐 사업소세 계 598,638,080원을 부과 고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구 취지
이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구 이유
○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견한 주된 목적은 ○○대학교 의과대학 학생들을 교육시키기 위한 것으로 비영리학교법인의 고유목적사업으로 (1) ○○대학교 교원들의 서울○○○○에서의 진료행위는 ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제1호의 단서에서 규정한 수익사업에 해당하지 아니한다 할 것이고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 (2) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호에서 규정한 비과세사업자임이 분명하므로 처분청이 이 사건 용역비를 서울○○○○에 파견된 교원이 환자를 진료함에 따른 수익사업의 대가로 보아 이 사건을 처분한 것은 부당하다고 주장하는 한편, (3) 파견된 교원들에게 급여로 지급한 이 사건 용역비 중 연구보조비와 식대는 ｢소득세법｣상 소득세 비과세대상 비목이므로 종업원할 사업소세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건 용역비가 종업원할 사업소세 과세대상 급여에 해당되는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구인인 학교법인 ○○○○학원(이사장 ○○○)은 1969. 4. 8. ○○광역시 ○○ ○○동 ○○○-○에서 설립된 후 1970. 3. 16. 산하에 현 ○○대학교(전 ○○공과대학, 1985. 3. 1. 종합대학교로 승격)를 설립하였다. 그 후 청구인은 1990. 3. 1. ○○대학교에 의과대학을 개설한 후 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 서울○○○○ 단지 내에 의과대학 건물을 신축하여 운영하고 있다.
(2) 서울○○○○(대표자 ○○○)은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○에 있는 재단법인 ○○○○복지재단(1977. 7. 21. 설립, 현 이사장 ○○○)에서 유지 경영하는 병원으로서 1989. 5. 20. 위 주소지를 사업장소재지로 하여 의료영업 등을 목적(업태 : 의료·서비스 등, 종목 : 종합병원 등)으로 개원되었다.
(3) 청구인은 1988. 8. 1. ○○○○복지재단과 ○○대학교 의과대학 학생의 교육과 임상실습을 서울○○○○에 위탁하여 수행하기로 협약을 맺었다. 그 후 2002. 3. 1. ○○대학교(총장 ○○○)와 서울○○○○(병원장 ○○○)은 동 대학교 의과대학 소속 임상교원 및 기초의학교원들을 동 병원에 파견하여 병원 내원환자를 진료하도록 하는 한편 동 대학교 의과대학생에 대한 교육 및 임상실습 지도 등을 하도록 협력한다는 내용의 “의료보건용역계약”을 체결하였다.
(4) 위 (3)항의 ‘의료보건용약계약’ 제2조 제1호에서 “교원”이라 함은 대학 소속 임상교원 및 기초의학교원 등을 말한다라고 되어 있고, 제2호에서 “파견”이라 함은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 보내어 서울○○○○의 의료보건용역을 하게 하는 것을 말한다라고 되어 있으며, 제3호에서 “비용”이라 함은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견함에 따라 발생하는 일체의 금원을 말한다라고 되어 있고, 제4호에서 “급여”라 함은 파견교원에게 지급되는 기본급, 수당, 퇴직금 등 일체의 금원을 말한다라고 정의하고 있다. 또한 제3조에는 ○○대학교가 동 대학교 소속 교원을 파견하여 서울○○○○ 내원환자의 진료와 서울○○○○ 소속 전공의에 대한 교육을 지원하도록 하고, 서울○○○○은 교원의 안정적 파견을 위하여 ○○대학교에 파견에 따른 비용의 부담, 진료와 관련된 시설·인력의 지원, 대학 의학과 학생교육 및 임상실습을 지원하고 협력한다라고 되어 있다.
그리고 제5조 제1항에 따르면 서울○○○○이 ○○대학교에 지급하는 비용에는 파견교원에 대한 급여가 포함된다라고 되어 있고, 제2항에서 ○○대학교는 서울○○○○에 대하여 매달 10일 비용을 청구하고, 서울○○○○은 이의가 없을 경우 매달 15일 ○○대학교에 비용을 지급한다라고 되어 있으며, 제3항은 파견교원에 대한 급여 중 일부는 서울○○○○이 파견교원에게 직접 지급할 수 있다. 다만, 그 범위는 ○○대학교와 서울○○○○이 협의하여 정한다라고 되어 있다.
(5) 서울○○○○은 2002. 3월부터 2007. 1월까지 ○○대학교 의과대학 교원을 파견받아 병원환자를 진료하도록 하는 한편, ○○대학교 의과대학 학생들에 대한 임상실습 등의 교육 업무에 종사하도록 하였다. 그리고 동 병원에서는 총 용역비 212,656,142,197원 중 113,426,101,507원에 대하여는 매월 파견교원에 대하여 직접 지급하고 이에 대한 종업원할 사업소세를 신고 납부하였다.
그러나 ○○대학교에서는 동 병원으로부터 지급받은 이 사건 용역비 96,371,435,724원을 파견교원의 급여로 지급하면서 이에 따른 종업원할 사업소세를 납부하지 아니하였다.
(6) 처분청에서는 2006. 10. 30.부터 2007. 2. 28.까지 관내 법인 및 개인에 대한 2006년도 지방세 세무조사를 실시하면서 서울○○○○이 “의료보건용역계약”에 따라 ○○대학교에 지급한 이 사건 용역비는 수익사업에 종사하는 파견교원에 대한 급여라고 보아 2002. 3월부터 2007. 1월까지의 종업원할 사업소세 계 598,638,080원[19,537,780원(2002. 3월부터 같은 해 5월까지의 용역비, 신고불성실가산세 포함) 및 579,100,300원(2002. 6월부터 2007. 1월까지의 용역비, 신고불성실가산세 포함)]을 2007. 3. 12. 및 같은 해 5. 10. 부과하였다.
(7) 청구인은 심사청구에서 서울○○○○에 파견된 ○○대학교 의과대학 교원들의 고유목적사업의 예로 내과 교원 1인의 경우 연간 의학과 학생강의 6시간, 문제중심학습(PBL : Problem Based Learning)강의 42시간, 의학과 임상수행평가(CPX : Clinical Performance Examination)시험 4시간, 대학원 강의 48시간, 3학년 내과 임상실습 15주, 4학년 내과 수습인턴과정(sub-internship)실습 4주, 기타 실습 19주를 수행하고 있다는 자료를 제출하였다.(2008. 6. 10. 처분청에 2006년의 경우 파견교원의 주당 평균 교육시간은 22.6시간, 진료시간은 7.5시간이라는 내용의 보완서류 제출)
다. 관계 법령의 규정
(1) ｢지방세법｣ 제243조 제1호에서 “사업소”라 함은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다라고 하고 있고, 그 제3호에서 “종업원할”이라 함은 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말한다라고 정의하고 있으며, 제249조 제1항에서 당해 사업소의 종업원수가 50인 이하인 경우에는 종업원할을, 당해 사업소의 연면적이 330제곱미터 이하인 경우에는 재산할을 각각 부과하지 아니한다라고 면세점을 규정하고 있다.
(2) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니한다라고 하면서 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다라고 규정하고 있다.
(3) ｢지방세법시행령｣ 제207조에 따르면 법 제245조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항은 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다라고 하면서 그 제2호에 ｢고등교육법｣에 의한 학교를 경영하는 자, 그 제3호에 ｢사회복지사업법｣의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인을 규정하고 있다.
(4) ｢지방세법시행령｣ 제208조 제1항에 따르면 법 제245조의 2 제1항 제1호 단서의 규정에서 “대통령령으로 정하는 수익사업”이라 함은 같은 법 시행령 제78조의 2 제1항의 규정에 의한 사업을 말하고, “대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할”이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말한다. 다만, 이 경우 비과세대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 부과한다라고 규정하고 있다.
(5) ｢지방세법시행령｣ 제78조의 2 제1항에 따르면 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정되어 있다.
(6) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호에 따르면 기타 대통령령으로 정하는 사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있고, ｢지방세법시행령｣ 제209조에서 법 제245조의 2 제1항 제5호에서 “기타 대통령령으로 정하는 사업자”라 함은 다음 각 호의 사업을 경영하는 자를 말한다라고 하면서 그 제2호에 ｢고등교육법｣ 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학(한의과대학·치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원을 규정하고 있다.
라. 판단
청구인은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견한 주된 목적은 의과대학 학생들을 교육시키기 위한 것으로 비영리사업자로서 교원들의 진료행위는 수익사업에 해당되지 아니하거나 기타 비과세사업자로서 용도구분에 의한 비과세 대상임에도 처분청이 수익사업의 대가로 보아 부과 처분한 것은 부당하다고 주장하는 한편, 연구보조비와 식대는 사업소세의 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장한다.
(1) 진료행위가 비영리사업자의 수익사업에 해당되는지 여부
○○대학교는 ｢지방세법｣상의 사업소세를 면제받을 수 있는 비영리사업자에 해당되는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 그러나 ｢지방세법｣ 제245조의 2 및 같은 법 시행령 제208조의 규정에 의하면 비영리사업자라 하더라도 수익사업에 관계되는 재산할, 종업원할에 대하여는 사업소세를 부과할 수 있게 되어 있고, 수익사업에 관계되는 재산할, 종업원할이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말하며 비과세대상사업과 수익사업이 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 부과하도록 되어 있다. 그러므로 청구인 대학의 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하면서 학생들의 임상실습을 교육, 지도하고 그 비용을 서울○○○○에서 지급받은 이 사건에 있어서 무엇이 주된 직무이냐에 따라 수익사업인지 여부, 나아가 사업소세의 부과 여부가 결정된다고 할 것이다.
살피건대, 청구인과 서울○○○○간에 체결된 “의료보건용역계약”에 따르면 제2조 제4호에서 “급여”라 함은 파견교원에게 지급되는 기본급, 수당, 퇴직금 등 일체의 금원을 말한다라고 정의하고 있고, 제5조 제1항에서 서울○○○○이 ○○대학교에 지급하는 비용에는 파견교원에 대한 급여가 포함된다라고 되어 있으며, 제5조 제3항에서 파견 교원에 대한 급여 중 일부는 서울○○○○이 파견 교원에게 직접 지급할 수 있다. 다만 그 범위는 ○○대학교와 서울○○○○이 협의하여 정한다라고 명시하고 있는 것을 볼 때 파견교원의 급여총액은 서울○○○○이 파견교원에게 직접 지급하는 금액 뿐만 아니라 ○○대학교를 통하여 간접적으로 지급하는 금액까지 의료보건용역계약에 따라 모두 수익사업인 환자진료 등의 대가로 지급된 급여로 보아야 할 것이다.
위와 같이 ○○대학교 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하고 그 대가로 교원들의 급여뿐만 아니라 학교가 부담하여야 할 일체의 비용을 서울○○○○으로부터 받았다면 교원들이 학생들의 교육을 위하여 일부 시간을 할애하였다고 하여도 교원들의 서울○○○○에서의 활동은 병원수익사업 즉 학생교육보다는 진료행위를 주된 목적으로 하고 있다고 봄이 상당하다.
한편 청구인은 서울○○○○에 파견된 ○○대학교 의과대학 교원들이 상당 시간을 학생들의 교육에 할애한 사유를 들어 파견교원들의 주된 직무를 수익사업이 아닌 교육업무로 보아야 한다고 주장하고 있으나 주된 직무인지 여부는 근무시간 뿐만 아니라 직무의 내용 및 직무의 대가 등을 포함하여 종합적으로 판단할 것인데 청구인 대학 교원들이 진료행위보다 교육활동에 더 많은 시간을 할애하였다고 하면서도 학교가 아닌 병원에서 그 비용의 전부를 지급받고 있을 뿐만 아니라 대학 교원들의 근무시간(그 자료도 사실인지 확인하기 곤란함) 이외의 다른 자료를 제출하지 못하고 있는 등 근무시간만을 근거로 주된 직무인지를 판단하기는 어렵다고 할 것이다.
따라서 처분청이 청구인 대학의 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하면서 동시에 학생들의 임상교육 등을 하였다고 하여도 이 사건 용역비가 위 의료보건용역계약에 따라 파견교원의 환자진료에 대한 대가로 지급된 점 등 제반사항에 비추어 볼 때 파견교원들의 주된 직무는 수익사업인 진료행위로 보아야 할 것이고 달리 수익사업이 아니라고 인정할 만한 자료도 없으므로 진료행위를 주된 직무를 보고 이에 근거하여 사업소세를 부과한 처분에 잘못이 있다고 보기 어렵다고 할 것이다.
(2) 기타 비과세사업자인지 여부
청구인은 ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호의 비과세사업자라고 주장하나 동법 및 동법 시행령에 의하면 의과대학의 부속병원의 경우에만 사업소세를 부과하지 아니하는 사업자로 규정되어 있다고 할 것인데 서울○○○○은 ○○○○복지재단 소속병원으로 청구인대학의 부속병원이 아니어서 사업소세를 면제받는 기타 비과세사업자가 아님이 명백하여 청구인의 주장은 이유 없다.
(3) 연구비와 식비의 포함 여부
청구인은 파견 교원에게 지급한 이 사건 용역비에는 소득세 비과세 대상인 연구보조비와 식비가 포함되어 있으므로 이는 사업소세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으므로 이를 보면, 위 인정사실 (5)항에서 보는 바와 같이 2002. 3월부터 2007. 1월까지 ○○대학교가 서울○○○○으로부터 지급받은 용역비 합계액은 99,230,040,690원이나 처분청이 종업원할 사업소세 과세표준으로 산정한 금액은 같은 기간 동안 ○○대학교가 파견교원에게 지급한 급여 합계액 96,371,435,724원이고 비과세소득인 연구보조비, 식비 합계액 6,226,539,218원은 사업소세 과세표준에서 제외하였음이 명백하므로 청구인의 주장은 이유 없다.
4. 결론
그렇다면 처분청의 이 사건 처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2008. 7. 3.
감 사 원
심 사 결 정
결 정 번 호 2008년 감심 제 222 호
제 목 사업소세 부과에 관한 심사청구
청 구 인 ○○법인 ○○○○학원
○○광역시 ○구 ○○동 ○○○-○
이사장 ○○○
처 분 청 ○○○○시 ○○○○장
주 문 심사청구를 기각한다.
이 유
1. 원처분의 요지
가. 청구인이 경영하는 ○○대학교에서는 2002. 3. 1. ○○사회복지재단 산하 서울○○○○과 체결한 “의료보건용역계약”에 따라 동 대학교 의과대학 소속 교원들을 서울○○○○에 파견하여 의료보건용역(환자진료 및 의과대학생 교육)에 종사하도록 한 후, 2002. 3월부터 2007. 1월까지 파견에 따른 비용으로 서울○○○○에서 파견교원에게 직접 지급한 급여(종업원할 사업소세 자진 납부)를 제외한 나머지 파견에 따른 비용(이하 “이 사건 용역비”라 한다)을 동 병원으로부터 지급받아 이를 파견교원에 대한 급여로 간접 지급하면서 이에 대한 종업원할 사업소세를 납부하지 아니하였다.
나. 이에 대하여 처분청에서는 서울○○○○에 대한 세무조사 시 청구인 산하 ○○대학교가 서울○○○○으로부터 매월 지급받는 이 사건 용역비는 수익을 목적으로 진료활동을 한 파견교원에 대한 급여로서 ｢지방세법｣ 제249조의 규정에 의한 면세점(월 통상인원 50인 이하)을 초과하는데도 종업원할 사업소세를 신고 납부하지 아니하였다고 보아 이 사건 용역비 총 99,230,040,690원 중 ○○대학교에서 파견교원에게 실제로 지급한 급여총액 96,371,435,724원에 대하여 ｢소득세법｣상 비과세소득인 연구보조비, 식대 계 6,226,539,218원을 제외한 합계 90,144,896,506원을 과세표준으로 하여 2007. 3. 12. 및 같은 해 5. 10. 2회에 걸쳐 사업소세 계 598,638,080원을 부과 고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구 취지
이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구 이유
○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견한 주된 목적은 ○○대학교 의과대학 학생들을 교육시키기 위한 것으로 비영리학교법인의 고유목적사업으로 (1) ○○대학교 교원들의 서울○○○○에서의 진료행위는 ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제1호의 단서에서 규정한 수익사업에 해당하지 아니한다 할 것이고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 (2) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호에서 규정한 비과세사업자임이 분명하므로 처분청이 이 사건 용역비를 서울○○○○에 파견된 교원이 환자를 진료함에 따른 수익사업의 대가로 보아 이 사건을 처분한 것은 부당하다고 주장하는 한편, (3) 파견된 교원들에게 급여로 지급한 이 사건 용역비 중 연구보조비와 식대는 ｢소득세법｣상 소득세 비과세대상 비목이므로 종업원할 사업소세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건 용역비가 종업원할 사업소세 과세대상 급여에 해당되는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구인인 학교법인 ○○○○학원(이사장 ○○○)은 1969. 4. 8. ○○광역시 ○○ ○○동 ○○○-○에서 설립된 후 1970. 3. 16. 산하에 현 ○○대학교(전 ○○공과대학, 1985. 3. 1. 종합대학교로 승격)를 설립하였다. 그 후 청구인은 1990. 3. 1. ○○대학교에 의과대학을 개설한 후 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 서울○○○○ 단지 내에 의과대학 건물을 신축하여 운영하고 있다.
(2) 서울○○○○(대표자 ○○○)은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○에 있는 재단법인 ○○○○복지재단(1977. 7. 21. 설립, 현 이사장 ○○○)에서 유지 경영하는 병원으로서 1989. 5. 20. 위 주소지를 사업장소재지로 하여 의료영업 등을 목적(업태 : 의료·서비스 등, 종목 : 종합병원 등)으로 개원되었다.
(3) 청구인은 1988. 8. 1. ○○○○복지재단과 ○○대학교 의과대학 학생의 교육과 임상실습을 서울○○○○에 위탁하여 수행하기로 협약을 맺었다. 그 후 2002. 3. 1. ○○대학교(총장 ○○○)와 서울○○○○(병원장 ○○○)은 동 대학교 의과대학 소속 임상교원 및 기초의학교원들을 동 병원에 파견하여 병원 내원환자를 진료하도록 하는 한편 동 대학교 의과대학생에 대한 교육 및 임상실습 지도 등을 하도록 협력한다는 내용의 “의료보건용역계약”을 체결하였다.
(4) 위 (3)항의 ‘의료보건용약계약’ 제2조 제1호에서 “교원”이라 함은 대학 소속 임상교원 및 기초의학교원 등을 말한다라고 되어 있고, 제2호에서 “파견”이라 함은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 보내어 서울○○○○의 의료보건용역을 하게 하는 것을 말한다라고 되어 있으며, 제3호에서 “비용”이라 함은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견함에 따라 발생하는 일체의 금원을 말한다라고 되어 있고, 제4호에서 “급여”라 함은 파견교원에게 지급되는 기본급, 수당, 퇴직금 등 일체의 금원을 말한다라고 정의하고 있다. 또한 제3조에는 ○○대학교가 동 대학교 소속 교원을 파견하여 서울○○○○ 내원환자의 진료와 서울○○○○ 소속 전공의에 대한 교육을 지원하도록 하고, 서울○○○○은 교원의 안정적 파견을 위하여 ○○대학교에 파견에 따른 비용의 부담, 진료와 관련된 시설·인력의 지원, 대학 의학과 학생교육 및 임상실습을 지원하고 협력한다라고 되어 있다.
그리고 제5조 제1항에 따르면 서울○○○○이 ○○대학교에 지급하는 비용에는 파견교원에 대한 급여가 포함된다라고 되어 있고, 제2항에서 ○○대학교는 서울○○○○에 대하여 매달 10일 비용을 청구하고, 서울○○○○은 이의가 없을 경우 매달 15일 ○○대학교에 비용을 지급한다라고 되어 있으며, 제3항은 파견교원에 대한 급여 중 일부는 서울○○○○이 파견교원에게 직접 지급할 수 있다. 다만, 그 범위는 ○○대학교와 서울○○○○이 협의하여 정한다라고 되어 있다.
(5) 서울○○○○은 2002. 3월부터 2007. 1월까지 ○○대학교 의과대학 교원을 파견받아 병원환자를 진료하도록 하는 한편, ○○대학교 의과대학 학생들에 대한 임상실습 등의 교육 업무에 종사하도록 하였다. 그리고 동 병원에서는 총 용역비 212,656,142,197원 중 113,426,101,507원에 대하여는 매월 파견교원에 대하여 직접 지급하고 이에 대한 종업원할 사업소세를 신고 납부하였다.
그러나 ○○대학교에서는 동 병원으로부터 지급받은 이 사건 용역비 96,371,435,724원을 파견교원의 급여로 지급하면서 이에 따른 종업원할 사업소세를 납부하지 아니하였다.
(6) 처분청에서는 2006. 10. 30.부터 2007. 2. 28.까지 관내 법인 및 개인에 대한 2006년도 지방세 세무조사를 실시하면서 서울○○○○이 “의료보건용역계약”에 따라 ○○대학교에 지급한 이 사건 용역비는 수익사업에 종사하는 파견교원에 대한 급여라고 보아 2002. 3월부터 2007. 1월까지의 종업원할 사업소세 계 598,638,080원[19,537,780원(2002. 3월부터 같은 해 5월까지의 용역비, 신고불성실가산세 포함) 및 579,100,300원(2002. 6월부터 2007. 1월까지의 용역비, 신고불성실가산세 포함)]을 2007. 3. 12. 및 같은 해 5. 10. 부과하였다.
(7) 청구인은 심사청구에서 서울○○○○에 파견된 ○○대학교 의과대학 교원들의 고유목적사업의 예로 내과 교원 1인의 경우 연간 의학과 학생강의 6시간, 문제중심학습(PBL : Problem Based Learning)강의 42시간, 의학과 임상수행평가(CPX : Clinical Performance Examination)시험 4시간, 대학원 강의 48시간, 3학년 내과 임상실습 15주, 4학년 내과 수습인턴과정(sub-internship)실습 4주, 기타 실습 19주를 수행하고 있다는 자료를 제출하였다.(2008. 6. 10. 처분청에 2006년의 경우 파견교원의 주당 평균 교육시간은 22.6시간, 진료시간은 7.5시간이라는 내용의 보완서류 제출)
다. 관계 법령의 규정
(1) ｢지방세법｣ 제243조 제1호에서 “사업소”라 함은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다라고 하고 있고, 그 제3호에서 “종업원할”이라 함은 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말한다라고 정의하고 있으며, 제249조 제1항에서 당해 사업소의 종업원수가 50인 이하인 경우에는 종업원할을, 당해 사업소의 연면적이 330제곱미터 이하인 경우에는 재산할을 각각 부과하지 아니한다라고 면세점을 규정하고 있다.
(2) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니한다라고 하면서 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다라고 규정하고 있다.
(3) ｢지방세법시행령｣ 제207조에 따르면 법 제245조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항은 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다라고 하면서 그 제2호에 ｢고등교육법｣에 의한 학교를 경영하는 자, 그 제3호에 ｢사회복지사업법｣의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인을 규정하고 있다.
(4) ｢지방세법시행령｣ 제208조 제1항에 따르면 법 제245조의 2 제1항 제1호 단서의 규정에서 “대통령령으로 정하는 수익사업”이라 함은 같은 법 시행령 제78조의 2 제1항의 규정에 의한 사업을 말하고, “대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할”이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말한다. 다만, 이 경우 비과세대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 부과한다라고 규정하고 있다.
(5) ｢지방세법시행령｣ 제78조의 2 제1항에 따르면 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정되어 있다.
(6) ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호에 따르면 기타 대통령령으로 정하는 사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있고, ｢지방세법시행령｣ 제209조에서 법 제245조의 2 제1항 제5호에서 “기타 대통령령으로 정하는 사업자”라 함은 다음 각 호의 사업을 경영하는 자를 말한다라고 하면서 그 제2호에 ｢고등교육법｣ 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학(한의과대학·치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원을 규정하고 있다.
라. 판단
청구인은 ○○대학교가 서울○○○○에 교원을 파견한 주된 목적은 의과대학 학생들을 교육시키기 위한 것으로 비영리사업자로서 교원들의 진료행위는 수익사업에 해당되지 아니하거나 기타 비과세사업자로서 용도구분에 의한 비과세 대상임에도 처분청이 수익사업의 대가로 보아 부과 처분한 것은 부당하다고 주장하는 한편, 연구보조비와 식대는 사업소세의 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장한다.
(1) 진료행위가 비영리사업자의 수익사업에 해당되는지 여부
○○대학교는 ｢지방세법｣상의 사업소세를 면제받을 수 있는 비영리사업자에 해당되는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 그러나 ｢지방세법｣ 제245조의 2 및 같은 법 시행령 제208조의 규정에 의하면 비영리사업자라 하더라도 수익사업에 관계되는 재산할, 종업원할에 대하여는 사업소세를 부과할 수 있게 되어 있고, 수익사업에 관계되는 재산할, 종업원할이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말하며 비과세대상사업과 수익사업이 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 부과하도록 되어 있다. 그러므로 청구인 대학의 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하면서 학생들의 임상실습을 교육, 지도하고 그 비용을 서울○○○○에서 지급받은 이 사건에 있어서 무엇이 주된 직무이냐에 따라 수익사업인지 여부, 나아가 사업소세의 부과 여부가 결정된다고 할 것이다.
살피건대, 청구인과 서울○○○○간에 체결된 “의료보건용역계약”에 따르면 제2조 제4호에서 “급여”라 함은 파견교원에게 지급되는 기본급, 수당, 퇴직금 등 일체의 금원을 말한다라고 정의하고 있고, 제5조 제1항에서 서울○○○○이 ○○대학교에 지급하는 비용에는 파견교원에 대한 급여가 포함된다라고 되어 있으며, 제5조 제3항에서 파견 교원에 대한 급여 중 일부는 서울○○○○이 파견 교원에게 직접 지급할 수 있다. 다만 그 범위는 ○○대학교와 서울○○○○이 협의하여 정한다라고 명시하고 있는 것을 볼 때 파견교원의 급여총액은 서울○○○○이 파견교원에게 직접 지급하는 금액 뿐만 아니라 ○○대학교를 통하여 간접적으로 지급하는 금액까지 의료보건용역계약에 따라 모두 수익사업인 환자진료 등의 대가로 지급된 급여로 보아야 할 것이다.
위와 같이 ○○대학교 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하고 그 대가로 교원들의 급여뿐만 아니라 학교가 부담하여야 할 일체의 비용을 서울○○○○으로부터 받았다면 교원들이 학생들의 교육을 위하여 일부 시간을 할애하였다고 하여도 교원들의 서울○○○○에서의 활동은 병원수익사업 즉 학생교육보다는 진료행위를 주된 목적으로 하고 있다고 봄이 상당하다.
한편 청구인은 서울○○○○에 파견된 ○○대학교 의과대학 교원들이 상당 시간을 학생들의 교육에 할애한 사유를 들어 파견교원들의 주된 직무를 수익사업이 아닌 교육업무로 보아야 한다고 주장하고 있으나 주된 직무인지 여부는 근무시간 뿐만 아니라 직무의 내용 및 직무의 대가 등을 포함하여 종합적으로 판단할 것인데 청구인 대학 교원들이 진료행위보다 교육활동에 더 많은 시간을 할애하였다고 하면서도 학교가 아닌 병원에서 그 비용의 전부를 지급받고 있을 뿐만 아니라 대학 교원들의 근무시간(그 자료도 사실인지 확인하기 곤란함) 이외의 다른 자료를 제출하지 못하고 있는 등 근무시간만을 근거로 주된 직무인지를 판단하기는 어렵다고 할 것이다.
따라서 처분청이 청구인 대학의 교원들이 서울○○○○에서 진료행위를 하면서 동시에 학생들의 임상교육 등을 하였다고 하여도 이 사건 용역비가 위 의료보건용역계약에 따라 파견교원의 환자진료에 대한 대가로 지급된 점 등 제반사항에 비추어 볼 때 파견교원들의 주된 직무는 수익사업인 진료행위로 보아야 할 것이고 달리 수익사업이 아니라고 인정할 만한 자료도 없으므로 진료행위를 주된 직무를 보고 이에 근거하여 사업소세를 부과한 처분에 잘못이 있다고 보기 어렵다고 할 것이다.
(2) 기타 비과세사업자인지 여부
청구인은 ｢지방세법｣ 제245조의 2 제1항 제5호의 비과세사업자라고 주장하나 동법 및 동법 시행령에 의하면 의과대학의 부속병원의 경우에만 사업소세를 부과하지 아니하는 사업자로 규정되어 있다고 할 것인데 서울○○○○은 ○○○○복지재단 소속병원으로 청구인대학의 부속병원이 아니어서 사업소세를 면제받는 기타 비과세사업자가 아님이 명백하여 청구인의 주장은 이유 없다.
(3) 연구비와 식비의 포함 여부
청구인은 파견 교원에게 지급한 이 사건 용역비에는 소득세 비과세 대상인 연구보조비와 식비가 포함되어 있으므로 이는 사업소세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으므로 이를 보면, 위 인정사실 (5)항에서 보는 바와 같이 2002. 3월부터 2007. 1월까지 ○○대학교가 서울○○○○으로부터 지급받은 용역비 합계액은 99,230,040,690원이나 처분청이 종업원할 사업소세 과세표준으로 산정한 금액은 같은 기간 동안 ○○대학교가 파견교원에게 지급한 급여 합계액 96,371,435,724원이고 비과세소득인 연구보조비, 식비 합계액 6,226,539,218원은 사업소세 과세표준에서 제외하였음이 명백하므로 청구인의 주장은 이유 없다.
4. 결론
그렇다면 처분청의 이 사건 처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2008. 7. 3.
감 사 원