법령해석 사례
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【제 목】 1. 증액경정처분에 대한 청구인의 심사청구가 적법한 청구인지 여부 2. 배관시설과 배관받침시설 등의 시설을 구축물로서의 급ㆍ배수시설로 보아 취득세과세한 처분의 당부 3. 영업권가액을 과세대상자산에 안분가산하여 취득세과세한 처분의 당부
【사건번호】 감심2004-21, 2004.03.04
【요지】
1. 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 이건의 경우 청구인은 증액된 부분만이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액에 대하여도 다툴 수 있고 증액경정처분에 대한 고지서를 수령한 날부터 90일 이내에 심사청구를 제기하였으므로 적법한 청구임.
2. 청구인이 양수한 이 사건 수처리시설은 청구외 법인에 공업용수를 공급하는 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설 등이 아니라 청구인의 최종제품인 공업용수와 식수를 생산하기 위한 생산시설 부착시설로 보아야 할 것이고 이와 다른 처분청 등의 견해는 받아들이기 어려움.
3. 이 사건 수처리시설 양수도계약에서 청구인이 청구외 법인에 지급한 금액과 수처리시설의 감정가액과의 차액은 영업권으로서 이 사건 계약금액에만 포함되어 있을 뿐 수처리시설의 각 자산가액 중 일부라고 보기는 어렵다 할 것인바, 영업권 가액을 각 과세대상자산에 안분가산하여 취득세과세대상자산의 취득가액을 산정한 것은 잘못임.
【주문】
처분청은 2001.7.11.자 및 2002.10.23.자로 청구인에 대하여 한 취득세 등 합계 735,412,630원의 부과처분은 과세대상 자산의 감정평가에 잘못이 없는 한 이를 취소하여야 한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
가. 청구인은 2000.3.2. ○○남도 ○○시 ○○읍 ○○리 634에 있는 청구외 ○○○○○○주식회사(이하 "청구외 법인"라 한다)와 공업용수공급시설 일체(건축물 및 공업용수생산 및 저장시설 일체, 이하 "이 사건 수처리시설"이라 한다)를 자산양수도계약(총계약금액 1,500억원)을 체결하여 취득하면서 같은읍 ○○리 679-10에 있는 공업용수처리장 등 12건의 건축물(11,269.1㎡)은 청구외 법인의 장부상 가액 5,734,239,800원에 취득하는 것으로 하여 같은달 22일 취득세 등 332,585,880원을 신고납부하고, 취수배관시설(pipe line), 저수조 및 공업용수공급시설 등 취득세과세대상인 구축물 39건에 대하여는 청구외 ○○○○평가법인의 감정가액 15,503,912,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 341,086,060원을 같은해 4.20. 신고납부하였다.
나. 이에 대하여 처분청은 2001.7.11. 청구인이 이 사건 수처리시설 중 생산시설로 분류하여 취득세신고납부를 하지 아니한 배관시설(pipe line: 저수시설에 저장된 원수를 공업용수 등의 제조공정시설에 제공하기 위하여 사용되는 배관시설 및 제조공정간 용수를 이송하기 위한 배관시설)과 배관받침시설(pipe rack: 배관시설을 지탱하기 위하여 설치된 철제받침시설) 등 18건의 자산을 지방세법 제104조 등의 규정에서 정한 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 위 평가법인의 감정가액 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등 475,591,170원을 부과고지(이하 "이 사건 제1부과처분"이라 한다)하였다.
다. 이후 처분청은 청구인이 이 사건 수처리시설 인수가액 1,500억원과 자산감정가액총액 116,144,983,450원의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 계상한 데 대하여 청구인과 청구외 법인와의 자산양수도계약에서 영업권이 구체적으로 명시되어 있지 아니하다는 사유로 위 영업권으로 계상한 금액을 위 평가법인의 자산감정가액에 안분하여 위 "가"항과 "나"항에서 신고납부하거나 부과처분한 취득세과세표준에 9,850,959,516원을 추가하여 산출한 취득세 등 259,821,460원(가산세 포함)을 2002.10.23. 부과고지(이하 "이 사건 제2부과처분"이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지와 이유
가. 청구취지
처분청이 한 이 사건 제1 및 제2부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
청구법인은 ○○○에 본점을 두고 있는 수처리전문회사인 ○○○○○(○○○○○○ S.A.)가 100% 출자하여 2000.3.18. 설립한 외국인투자기업으로서 청구외 법인과 같은해 3.2. 자산양수도계약(계약금액 1,500억원)을 체결하여 같은해 3.21. "영업권(영업상의 이점 및 독점적ㆍ배타적인 권리)" 및 "기타의 무형자산"을 포함한 수처리사업부문 전체를 양수하였다.
청구인이 단순히 이 사건 수처리시설만 인수한 것이 아니라는 사실은 위 계약서에 "수처리시설을 취득하는 목적은 청구외 법인에 용수를 공급하는 사업을 영위하기 위한 것"과 "원수를 취수 및 가공하여 ○○○○○○ 내에 20년 동안 공급할 수 있는 독점적ㆍ배타적 권리를 취득하는 것"으로 명기되어 있음을 볼 때 분명하고, 청구인이 청구외 법인에 지급한 1,500억원은 양수한 자산가액을 훨씬 초과한 금액으로서 청구인이 첫사업연도(8개월)에 매출 600억원에 영업이익 77억원을 그리고 제2기 사업연도에는 매출 690억원에 영업이익 183억원의 성과를 달성할 수 있었던 것은 청구인이 청구외 법인으로부터 단순히 이 사건 수처리시설 뿐 아니라 고정거래처, 안정적 수요보장 및 종업원의 인수인계 등 여러 영업상 이점을 함께 취득하였기 때문에 가능하였던 것임을 알 수 있다.
그리고 영업양수가액에 개별자산가액이 구분되어 있지 않을 경우 각 개별자산의 감정가액을 취득가액으로 하여 장부에 계상하고 양수가액과 개별자산 감정가액총액의 차액을 영업권으로 계상하는 것은 기업회계기준에도 부합된다. 따라서 처분청이 자산양수도계약으로 청구인이 인수한 수처리사업 자산양수에 영업권 등 무형자산이 포함되어 있지 아니하다고 보아 한 이 사건 제2부과처분은 실질과세의 원칙에 위배되는 것으로 취소되어야 한다.
그리고 처분청은 청구인의 수처리공정상에 있는 배관시설(pipe line), 배관받침시설(pipe line Rack) 등 18건의 구축물을 지방세법 제104조와 제105조 제1항 및 같은법시행령 제75조의 2 제5호의 규정에서 취득세과세대상 물건인 건축물의 하나로 열거되어 있는 급ㆍ배수시설로 보아 취득세 등을 부과하였으나 청구인은 청구외 법인이 필요로 하는 용수를 생산ㆍ공급하는 사업을 영위하고자 위 배관시설, 배관받침시설을 포함한 이 사건 수처리시설을 양수하였으므로 청구인의 최종제품인 냉각수, 공업용순수 및 식수를 제조하기 위하여 저수시설에 저장된 원수를 공정시설에 제공하는 역할을 하고 있는 배관시설, 배관받침시설 등 18건의 구축물은 취득세과세대상의 급ㆍ배수시설이 아니라 청구인의 제품을 생산하기 위한 필수적인 생산시설의 부착시설에 해당한다 할 것이다.
그리고 전소유주인 청구외 법인이 위 배관시설 등 구축물을 설치ㆍ취득한 데 대하여 처분청이 동 시설에 대하여 취득세를 부과하지 아니한 사실과 기존의 유권해석에서도 생산시설(기계장비)과 연결되어 있는 급ㆍ배수시설은 생산시설의 일부로 인정하여 취득세과세대상에서 제외하고 있음을 볼 때 처분청이 위 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 생산시설에 대하여 한 이 사건 제1부과처분도 취소되어야 한다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
첫째, 이 사건 제1부과처분을 취소하게 하여 달라는 심사청구가 청구기한이 도과한 것인지 여부
둘째, 이 사건 수처리시설 중 저수시설로부터 원수를 제조공정시설로 이송하거나 공정간의 용수이송을 위한 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설이 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설인지 여부
셋째, 청구인이 이 사건 수처리시설의 자산양수도계약의 대가로 지급한 1,500억원에서 자산감정가액 116,144,983,450원을 뺀 33,855,016,550원을 영업권으로 보아 취득세과세대상에서 제외하여야 하는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실을 인정할 수 있다.
(1) 청구법인은 2000.3.18. ○○○에 본점을 두고 있는 수처리전문회사인 ○○○○○(○○○○○ S.A.)가 100% 출자하여 설립한 외국인투자기업(청구법인은 2003.5.2. 상호를 "○○○○○○○○○○주식회사"에서 "○○○○○○○○○○주식회사"으로 변경하였다)으로서 청구외 법인과 같은달 2일 자산양수도계약을 체결하여 같은달 21일 사업을 인수하였다.
(2) 위 계약 전문은 양수자인 청구인이 "계약서에서 규정하는 "용수공급계약"에 따른 사업을 영위하기 위하여 계약서에 명시된 "설비자산(Facility Assets)"의 구매를 희망함에 따라 계약을 체결한다"고 규정하고 있다.
(3) 위 계약 제1절 "해석"에서는 "이 계약에서의 "설비자산(Facility Assets)"은 고정자산(Fixed assets)과 "양도된 계약의 이익(Benefits of the Assigned Agreements)"을 말한다"고 규정하고 있고, ""설비자산의 대가"는 1,500억원으로 한다"고 규정하고 있다.
(4) 위 계약 제1절 "용수공급계약"은 "양수인이 양수일부터 20년 동안 상호 계약조건에 따라 원수처리설비를 운용하고 화학단지의 이익을 위하여 일정한 여러 서비스를 단지에 제공하는 것으로 양도인과 양수인이 상호 합의하여 맺어진 용수공급계약을 의미한다"고 규정하고 있다.
(5) 위 계약 제2절 "설비자산과 소모자산의 매매"의 (C)항은 "설비자산대가와 조정된 소모자산의 대가는 양도일 현재 감정가액에 기초하여 쌍방의 동의에 의하여 설비자산과 소모자산에 분배한다"고 규정하고 있고, 양수인과 양도인 각각은 다음 사항을 이행한다고 규정하고 있다.
(가) "거래와 관련 작성되어야 할 모든 서류와 세무신고서를 적시에 제출한다."
(나) "세금결정을 위해서는 위 분배에 따른다."
(다) "당사자와 그 관계회사도 위 분배와 일치하는 기준으로 세무신고서를 준비하고 제출한다."
(라) "적절한 세무신고, 관계당국에 대한 회계검사 혹은 이의절차, 세금, 재무회계 혹은 다른 목적을 위한 보고서 혹은 기타 다른 사항에 있어서 양도인과 양수인 뿐 아니라 관계회사가 위 분배와 다른 입장을 취하여서는 아니된다"고 규정하고 있다.
(6) 위 계약에 따른 "용수공급계약서" 제2절 "배타적 권리"는 "20조(○○에 의한 임대인 보장과 조치)에 따라 청구외 법인은 운영자에게 계약기간 동안 아래의 독점적이고 배타적 권리와 재량권을 부여한다"고 규정하고 있다.
(가) 용수처리시설의 관리, 운영, 수리 그리고 유지
(나) 8.1조(용수처리)의 (a) 규정에 따른 공급의무를 달성하기 위한 원수의 취수와 처리
(7) 청구인은 청구외 법인으로부터 취득한 공업용수처리장 등 12건의 건축물 11,269.1㎡에 대하여는 감정평가액 4,471,339,450원보다 1,262,900,351원이 많은 청구외 법인의 장부상 가액 5,734,239,801원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 332,585,880원을 2000.3.22. 신고납부하였다.
(8) 청구인은 2000.3.25. 청구외 ○○○○평가법인과 이 사건 수처리시설 및 비품 등 자산 일체에 대하여 사업양수일인 같은달 21일을 기준일(가격시점)로 감정평가를 하도록 하는 "감정평가업무협약"을 체결하였다.
(9) 청구인은 이 사건 수처리시설 중 청구외 법인으로부터 취득세과세대상으로 인수한 공업용수공급시설(취수시설, 공업용수 및 식수공급시설 포함)과 저장시설 그리고 아파트 식수공급라인 등 구축물 39건에 대하여 위 감정평가법인에 우선 평가하도록 하여 같은해 4.19. 위 구축물 39건에 대한 감정가액으로 15,503,912,000원을 제시받아 이를 과세표준으로 하여 산출된 취득세 등 341,086,060원을 같은해 4.20. 신고납부하였다.
(10) 청구인은 위 감정평가법인으로부터 제시받은 감정가액총액 116,144,983,450원을 이 사건 수처리시설의 취득가액으로 장부에 계상하고 인수가액 1,500억원과의 차액 33,855,016,550원은 영업권으로 계상하였다.
(11) 처분청은 2001.5.10. 청구인이 취득한 이 사건 수처리시설 중 생산시설에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 신고납부하지 아니한 배관시설, 배관받침시설, 배관연결시설 및 쿨링타워시설 등 20건의 시설을 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 위 시설의 감정가액 25,357,117,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 664,356,450원(가산세 포함)을 과세예고하였다.
(12) 청구인이 위 과세예고에 대하여 과세전적부심사를 청구하자 ○○남도지사는 2001.7.9. 위 과세예고된 수처리시설 중 쿨링타워시설 2건은 냉각수생산시설인 기계장치로 보아 과세대상에서 제외하고 나머지 시설은 과세대상이라고 결정하였고 처분청은 위 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설에 대한 감정가액 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 475,591,170원을 같은달 11일 부과고지하였다.
(13) 처분청은 2002.7.5. ○○남도에서 실시한 청구인에 대한 세무조사결과 위 인정사실 (10)에서와 같이 청구인이 이 사건 수처리시설 인수가액 1,500억원과 감정평가법인의 자산감정가 총액 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 계상한 것이 확인되자 이 사건 자산양수도계약에서 영업권에 대하여 명시하지 아니하였다는 사유로 위 영업권을 취득세과세대상 자산의 감정가액 38,127,646,450원(평가금액의 32.828%, 건물 12건의 감정가액 4,471,339,450원과 청구인이 취득세를 신고납부한 구축물 39건의 감정가액 15,503,912,000원, 그리고 처분청이 2001.7.11. 취득세과세대상으로 보아 부과처분한 취득세과세대상의 감정가액 18,152,335,000원)과 나머지 취득세비과세대상 자산의 감정가액 78,017,337,000원(평가금액의 67.172%)을 기준으로 안분하여 11,113,799,867원을 취득세 추가과세표준으로 산출하였다.
(14) 위 추가산출된 취득세과세표준에서 위 인정사실 (7)에서와 같이 청구인이 2000.3.22. 건물 12건에 대하여 취득세 등을 신고납부할 때 감정가액을 초과하여 과세표준으로 신고한 1,262,840,351원을 뺀 9,850,959,516원을 추가과세표준(이 사건 제1부과처분의 과세표준은 18,152,335,000원에서 23,443,545,895원으로 5,291,210,895원이 증액됨)으로 하여 취득세 등 259,821,460원(가산세 포함)을 같은해 10.23. 부과고지하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 지방세법(2000.2.3. 법률 제6260호로 개정된 것, 이하 같다) 제80조는 "이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 감사원법에 의한 심사청구를 할 경우에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 하여야 한다"고 규정하고 있다.
(2) 같은법 제82조는 "지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다"고 규정하고 있고, 국세기본법(1999.12.31. 법률 제06070호로 개정된 것) 제14조 제2항은 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다"고 규정하고 있다.
(3) 지방세법 제104조는 "취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호에 정하는 바에 의한다"고 규정하고 있고, 제104조 제1호에서 부동산은 "토지 및 건축물을 말한다"고 규정하고 있으며 제104조 제4호에서 "건축물"은 "대통령령이 정하는 건물ㆍ구축물과 건물과 구축물의 특수한 부대설비를 말한다"고 규정하고 있다.
(4) 같은법 제105조 제1항은 "취득세는 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건소재지의 도에서 그 취득자에게 부과한다"고 규정하고 있다.
(5) 같은법 제111조 제1항은 "취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다"고 규정하고 있다.
(6) 같은법 제112조 제1항은 "취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다"고 규정하고 있다.
(7) 같은법 제120조 제1항은 "취득세과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 이를 신고함과 동시에 당해 신고과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하여야 한다"고 규정하고 있다.
(8) 지방세법시행령(2000.3.13. 대통령령 제16751호로 개정된 것, 이하 같다) 제73조 제1항은 "유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다"고 규정하고 있다.
(9) 같은법시행령 제75조의 2는 "법 제104조 제4호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 건물과 구축물은 다음 각호에 게기한 것으로 한다"고 규정하고, 제2호는 "구축물"의 하나로 "급ㆍ배수시설"을 열거하고 있다.
(10) 같은법시행령 제82조의 3은 "취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다"고 규정하고 있다.
(11) 법인세법시행규칙(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 개정된 것) 제12조 제1항 제1호는 "영업권"을 "사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액"이라고 규정하고 있다.
(12) 감사원법(2002.1.19. 법률 제06622호로 개정된 것) 제44조 제1항은 "이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있는 것을 안 날부터 90일, 그 행위가 있은 날부터 180일 이내에 심사의 청구를 하여야 한다"고 규정하고 있다.
라. 판단
이건 심사청구는 이 사건 제1부과처분에 대한 심사청구기한이 경과하였는데도 증액경정된 이 사건 제2부과처분을 기준으로 이 사건 제1부과처분의 과세표준과 세액에 대하여 다툴 수 있는지 여부와 청구인이 양수한 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설물이 취득세과세대상인지 여부, 그리고 청구인이 자산양수도계약의 대가로 지급한 1,500억원과 양수자산에 대한 감정가총액 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 인정하여야 하는지 여부에 대한 다툼이라 하겠다.
(1) 먼저, 이 사건 제1부과처분에서의 과세표준과 세액에 대하여 다툴 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
처분청 등은 지방세에 관한 심사청구는 그 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 하도록 규정되어 있고 이 사건 제1부과처분은 위 인정사실 (12)에서와 같이 2001.7.11. 하였고 그 다음날 청구인이 수령하였으므로 심사청구 제기기한은 청구인이 수령한 다음날부터 90일이 지난 2001.10.10.이 된다. 따라서 이 사건 제1부과처분에 대한 다툼은 청구기한이 도과한 것으로 각하대상이라고 주장한다.
그러나 처분청은 청구인이 생산시설로 보아 취득세 등을 신고납부하지 아니한 위 배관시설 등 18건의 시설물을 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 감정가액인 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 2001.7.11. 이 사건 제1부과처분을 한 후 인정사실 (14)에서 보듯이 이 사건 제2부과처분을 하면서 당초 처분의 과세표준에 영업권을 안분하여 5,291,210,895원이 증액된 23,443,545,895원을 새로운 과세표준으로 경정하여 2002.10.23. 부과고지를 하였는바, 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것으로 증액경정처분이 되면 당초 처분은 증액경정처분에 의하여 흡수되어 소멸되는 것이라 할 것이며, 이는 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 이 사건의 부과처분의 경우에도 동일하다 할 것이다. 따라서 청구인은 증액된 부분만이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액에 대하여도 다툴 수 있고 증액경정처분인 이 사건 제2부과처분에 대한 고지서를 수령한 날(2002.10.23.)부터 90일 이내인 2002.12.6.에 심사청구를 제기하였으므로 이 사건 제1부과처분에 대한 심사청구는 적법한 것이라 할 것이다.
(2) 다음으로 이 사건 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설물이 취득세과세대상인지 여부에 대하여 살펴본다.
처분청 등은 이 사건 수처리시설에서 원수를 공급하거나 공업용수생산을 위하여 용수를 이동하는 데 사용되는 위 시설을 청구외 법인이 석유정제제품의 제조공정의 일부로서 사용할 때에는 생산시설의 일부로서 취득세의 과세대상이 아니었지만 청구인이 취득하여 청구외 법인의 석유정제제품생산에 필요한 공업용수를 공급하는 시설로 사용하고 있는 것이므로 생산시설이 아닌 급ㆍ배수시설로 보아 취득세과세대상이라고 한다.
그런데 청구인이 양수한 이 사건 수처리시설은 청구외 법인의 석유정제제품생산시설에 공업용수를 공급하고 직원용아파트에 식수를 공급하기 위하여 석유화학단지 인근에 위치한 호수로부터 원수를 취득하여 전처리공정과 역삼투처리 등 필요한 공정을 거쳐 공업용수 및 식수를 생산하는 시설인바, 처분청이 이 사건 제1부과처분에서 과세대상으로 한 배관시설 등 18건의 시설은 원수저장시설로부터 원수를 각 수처리공정시설까지 이송시키고 수처리중인 용수를 단계별 공정시설 또는 단지별로 이송시키는 데 사용되는 배관시설과 배관받침시설이거나 냉각수 제조를 위하여 부식방지제를 투입하는 설비, 냉각수 수소이온농도조절을 위하여 약품을 투입하는 설비이다. 따라서 위 18건의 시설은 청구외 법인에 공업용수를 공급하는 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설 등이 아니라 청구인의 최종제품인 공업용수와 식수를 생산하기 위한 생산시설 부착시설로 보아야 할 것이고 이와 다른 처분청 등의 견해는 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(3) 마지막으로 영업권 인정 여부에 대하여 살펴본다.
처분청은 이 사건 자산양수도계약에서 "영업권"에 대하여 명시한 바가 없으므로 "영업권"을 인정할 수 없다고 한다.
위 관계법령에서 보듯이 지방세법에서는 "영업권"에 대하여 명시적으로 규정하고 있지는 아니하나 지방세법 제82조 및 국세기본법 제14조 제2항에서 과세표준은 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 규정하고 있고, "영업권"이란 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수한 유형자산과는 별도로 양도사업에 관한 법률상의 지위, 지리적 여건, 거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득하는 무형자산이라 할 수 있는바, 위 인정사실 (3)에서 보듯이 이 사건 자산양수도계약에서 청구인이 양수한 "설비자산"은 유형의 "고정자산" 뿐 아니라 "양도된 계약의 이익"이 포함되어 있음이 명시되어 있고, 인정사실 (4)와 (6)에서 보듯이 청구외 법인이 청구인에게 20년 동안 원수를 처리하여 청구외 법인에 공급하는 독점적이고 배타적 권리를 인정하고 있음을 볼 때 비록 이 사건 자산양수도계약에서 "영업권"이란 용어를 명시적으로 사용하고 있지는 아니하나 청구인이 청구외 법인에게 지불한 1,500억원에는 양수한 고정자산과는 별도의 "영업권"이 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다.
그리고 위 인정사실 (5)에서 보듯이 이 사건 자산양수도계약에서 "설비자산과 소모자산의 가액을 양도일 현재의 감정가액에 기초하여 분배"하기로 한 점과 "이러한 분배에 따라 세무신고 등을 한다"고 규정하고 있는 점을 볼 때 이 사건 자산양수도계약의 당사자는 이 사건 수처리시설의 자산가액을 자산양도일 현재를 기준으로 한 감정가액으로 합의한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 위 인정사실 (10)에서와 같이 이 사건 수처리시설 양수도계약에서 청구인이 청구외 법인에 지급한 총 1,500억원과 위 수처리시설의 감정가액인 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원은 영업권으로서 이 사건 계약금액에만 포함되어 있을 뿐 이를 위 수처리시설의 각 자산가액 중 일부라고 보기는 어렵다 할 것이다.
따라서 취득세과세대상 자산의 감정가액이 적정하였는지는 별론으로 하더라도 영업권 가액을 각 과세대상 자산에 안분가산하여 취득세과세대상 자산의 취득가액을 산정한 것은 잘못이라 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 이 사건 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설을 생산시설이 아닌 구축물로서의 급ㆍ배수시설로 보거나 영업권을 인정하지 아니하고 한 이 사건 취득세 등의 부과처분은 잘못된 것이라 할 것이고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
【사건번호】 감심2004-21, 2004.03.04
【요지】
1. 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 이건의 경우 청구인은 증액된 부분만이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액에 대하여도 다툴 수 있고 증액경정처분에 대한 고지서를 수령한 날부터 90일 이내에 심사청구를 제기하였으므로 적법한 청구임.
2. 청구인이 양수한 이 사건 수처리시설은 청구외 법인에 공업용수를 공급하는 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설 등이 아니라 청구인의 최종제품인 공업용수와 식수를 생산하기 위한 생산시설 부착시설로 보아야 할 것이고 이와 다른 처분청 등의 견해는 받아들이기 어려움.
3. 이 사건 수처리시설 양수도계약에서 청구인이 청구외 법인에 지급한 금액과 수처리시설의 감정가액과의 차액은 영업권으로서 이 사건 계약금액에만 포함되어 있을 뿐 수처리시설의 각 자산가액 중 일부라고 보기는 어렵다 할 것인바, 영업권 가액을 각 과세대상자산에 안분가산하여 취득세과세대상자산의 취득가액을 산정한 것은 잘못임.
【주문】
처분청은 2001.7.11.자 및 2002.10.23.자로 청구인에 대하여 한 취득세 등 합계 735,412,630원의 부과처분은 과세대상 자산의 감정평가에 잘못이 없는 한 이를 취소하여야 한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
가. 청구인은 2000.3.2. ○○남도 ○○시 ○○읍 ○○리 634에 있는 청구외 ○○○○○○주식회사(이하 "청구외 법인"라 한다)와 공업용수공급시설 일체(건축물 및 공업용수생산 및 저장시설 일체, 이하 "이 사건 수처리시설"이라 한다)를 자산양수도계약(총계약금액 1,500억원)을 체결하여 취득하면서 같은읍 ○○리 679-10에 있는 공업용수처리장 등 12건의 건축물(11,269.1㎡)은 청구외 법인의 장부상 가액 5,734,239,800원에 취득하는 것으로 하여 같은달 22일 취득세 등 332,585,880원을 신고납부하고, 취수배관시설(pipe line), 저수조 및 공업용수공급시설 등 취득세과세대상인 구축물 39건에 대하여는 청구외 ○○○○평가법인의 감정가액 15,503,912,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 341,086,060원을 같은해 4.20. 신고납부하였다.
나. 이에 대하여 처분청은 2001.7.11. 청구인이 이 사건 수처리시설 중 생산시설로 분류하여 취득세신고납부를 하지 아니한 배관시설(pipe line: 저수시설에 저장된 원수를 공업용수 등의 제조공정시설에 제공하기 위하여 사용되는 배관시설 및 제조공정간 용수를 이송하기 위한 배관시설)과 배관받침시설(pipe rack: 배관시설을 지탱하기 위하여 설치된 철제받침시설) 등 18건의 자산을 지방세법 제104조 등의 규정에서 정한 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 위 평가법인의 감정가액 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등 475,591,170원을 부과고지(이하 "이 사건 제1부과처분"이라 한다)하였다.
다. 이후 처분청은 청구인이 이 사건 수처리시설 인수가액 1,500억원과 자산감정가액총액 116,144,983,450원의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 계상한 데 대하여 청구인과 청구외 법인와의 자산양수도계약에서 영업권이 구체적으로 명시되어 있지 아니하다는 사유로 위 영업권으로 계상한 금액을 위 평가법인의 자산감정가액에 안분하여 위 "가"항과 "나"항에서 신고납부하거나 부과처분한 취득세과세표준에 9,850,959,516원을 추가하여 산출한 취득세 등 259,821,460원(가산세 포함)을 2002.10.23. 부과고지(이하 "이 사건 제2부과처분"이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지와 이유
가. 청구취지
처분청이 한 이 사건 제1 및 제2부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
청구법인은 ○○○에 본점을 두고 있는 수처리전문회사인 ○○○○○(○○○○○○ S.A.)가 100% 출자하여 2000.3.18. 설립한 외국인투자기업으로서 청구외 법인과 같은해 3.2. 자산양수도계약(계약금액 1,500억원)을 체결하여 같은해 3.21. "영업권(영업상의 이점 및 독점적ㆍ배타적인 권리)" 및 "기타의 무형자산"을 포함한 수처리사업부문 전체를 양수하였다.
청구인이 단순히 이 사건 수처리시설만 인수한 것이 아니라는 사실은 위 계약서에 "수처리시설을 취득하는 목적은 청구외 법인에 용수를 공급하는 사업을 영위하기 위한 것"과 "원수를 취수 및 가공하여 ○○○○○○ 내에 20년 동안 공급할 수 있는 독점적ㆍ배타적 권리를 취득하는 것"으로 명기되어 있음을 볼 때 분명하고, 청구인이 청구외 법인에 지급한 1,500억원은 양수한 자산가액을 훨씬 초과한 금액으로서 청구인이 첫사업연도(8개월)에 매출 600억원에 영업이익 77억원을 그리고 제2기 사업연도에는 매출 690억원에 영업이익 183억원의 성과를 달성할 수 있었던 것은 청구인이 청구외 법인으로부터 단순히 이 사건 수처리시설 뿐 아니라 고정거래처, 안정적 수요보장 및 종업원의 인수인계 등 여러 영업상 이점을 함께 취득하였기 때문에 가능하였던 것임을 알 수 있다.
그리고 영업양수가액에 개별자산가액이 구분되어 있지 않을 경우 각 개별자산의 감정가액을 취득가액으로 하여 장부에 계상하고 양수가액과 개별자산 감정가액총액의 차액을 영업권으로 계상하는 것은 기업회계기준에도 부합된다. 따라서 처분청이 자산양수도계약으로 청구인이 인수한 수처리사업 자산양수에 영업권 등 무형자산이 포함되어 있지 아니하다고 보아 한 이 사건 제2부과처분은 실질과세의 원칙에 위배되는 것으로 취소되어야 한다.
그리고 처분청은 청구인의 수처리공정상에 있는 배관시설(pipe line), 배관받침시설(pipe line Rack) 등 18건의 구축물을 지방세법 제104조와 제105조 제1항 및 같은법시행령 제75조의 2 제5호의 규정에서 취득세과세대상 물건인 건축물의 하나로 열거되어 있는 급ㆍ배수시설로 보아 취득세 등을 부과하였으나 청구인은 청구외 법인이 필요로 하는 용수를 생산ㆍ공급하는 사업을 영위하고자 위 배관시설, 배관받침시설을 포함한 이 사건 수처리시설을 양수하였으므로 청구인의 최종제품인 냉각수, 공업용순수 및 식수를 제조하기 위하여 저수시설에 저장된 원수를 공정시설에 제공하는 역할을 하고 있는 배관시설, 배관받침시설 등 18건의 구축물은 취득세과세대상의 급ㆍ배수시설이 아니라 청구인의 제품을 생산하기 위한 필수적인 생산시설의 부착시설에 해당한다 할 것이다.
그리고 전소유주인 청구외 법인이 위 배관시설 등 구축물을 설치ㆍ취득한 데 대하여 처분청이 동 시설에 대하여 취득세를 부과하지 아니한 사실과 기존의 유권해석에서도 생산시설(기계장비)과 연결되어 있는 급ㆍ배수시설은 생산시설의 일부로 인정하여 취득세과세대상에서 제외하고 있음을 볼 때 처분청이 위 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 생산시설에 대하여 한 이 사건 제1부과처분도 취소되어야 한다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
첫째, 이 사건 제1부과처분을 취소하게 하여 달라는 심사청구가 청구기한이 도과한 것인지 여부
둘째, 이 사건 수처리시설 중 저수시설로부터 원수를 제조공정시설로 이송하거나 공정간의 용수이송을 위한 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설이 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설인지 여부
셋째, 청구인이 이 사건 수처리시설의 자산양수도계약의 대가로 지급한 1,500억원에서 자산감정가액 116,144,983,450원을 뺀 33,855,016,550원을 영업권으로 보아 취득세과세대상에서 제외하여야 하는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실을 인정할 수 있다.
(1) 청구법인은 2000.3.18. ○○○에 본점을 두고 있는 수처리전문회사인 ○○○○○(○○○○○ S.A.)가 100% 출자하여 설립한 외국인투자기업(청구법인은 2003.5.2. 상호를 "○○○○○○○○○○주식회사"에서 "○○○○○○○○○○주식회사"으로 변경하였다)으로서 청구외 법인과 같은달 2일 자산양수도계약을 체결하여 같은달 21일 사업을 인수하였다.
(2) 위 계약 전문은 양수자인 청구인이 "계약서에서 규정하는 "용수공급계약"에 따른 사업을 영위하기 위하여 계약서에 명시된 "설비자산(Facility Assets)"의 구매를 희망함에 따라 계약을 체결한다"고 규정하고 있다.
(3) 위 계약 제1절 "해석"에서는 "이 계약에서의 "설비자산(Facility Assets)"은 고정자산(Fixed assets)과 "양도된 계약의 이익(Benefits of the Assigned Agreements)"을 말한다"고 규정하고 있고, ""설비자산의 대가"는 1,500억원으로 한다"고 규정하고 있다.
(4) 위 계약 제1절 "용수공급계약"은 "양수인이 양수일부터 20년 동안 상호 계약조건에 따라 원수처리설비를 운용하고 화학단지의 이익을 위하여 일정한 여러 서비스를 단지에 제공하는 것으로 양도인과 양수인이 상호 합의하여 맺어진 용수공급계약을 의미한다"고 규정하고 있다.
(5) 위 계약 제2절 "설비자산과 소모자산의 매매"의 (C)항은 "설비자산대가와 조정된 소모자산의 대가는 양도일 현재 감정가액에 기초하여 쌍방의 동의에 의하여 설비자산과 소모자산에 분배한다"고 규정하고 있고, 양수인과 양도인 각각은 다음 사항을 이행한다고 규정하고 있다.
(가) "거래와 관련 작성되어야 할 모든 서류와 세무신고서를 적시에 제출한다."
(나) "세금결정을 위해서는 위 분배에 따른다."
(다) "당사자와 그 관계회사도 위 분배와 일치하는 기준으로 세무신고서를 준비하고 제출한다."
(라) "적절한 세무신고, 관계당국에 대한 회계검사 혹은 이의절차, 세금, 재무회계 혹은 다른 목적을 위한 보고서 혹은 기타 다른 사항에 있어서 양도인과 양수인 뿐 아니라 관계회사가 위 분배와 다른 입장을 취하여서는 아니된다"고 규정하고 있다.
(6) 위 계약에 따른 "용수공급계약서" 제2절 "배타적 권리"는 "20조(○○에 의한 임대인 보장과 조치)에 따라 청구외 법인은 운영자에게 계약기간 동안 아래의 독점적이고 배타적 권리와 재량권을 부여한다"고 규정하고 있다.
(가) 용수처리시설의 관리, 운영, 수리 그리고 유지
(나) 8.1조(용수처리)의 (a) 규정에 따른 공급의무를 달성하기 위한 원수의 취수와 처리
(7) 청구인은 청구외 법인으로부터 취득한 공업용수처리장 등 12건의 건축물 11,269.1㎡에 대하여는 감정평가액 4,471,339,450원보다 1,262,900,351원이 많은 청구외 법인의 장부상 가액 5,734,239,801원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 332,585,880원을 2000.3.22. 신고납부하였다.
(8) 청구인은 2000.3.25. 청구외 ○○○○평가법인과 이 사건 수처리시설 및 비품 등 자산 일체에 대하여 사업양수일인 같은달 21일을 기준일(가격시점)로 감정평가를 하도록 하는 "감정평가업무협약"을 체결하였다.
(9) 청구인은 이 사건 수처리시설 중 청구외 법인으로부터 취득세과세대상으로 인수한 공업용수공급시설(취수시설, 공업용수 및 식수공급시설 포함)과 저장시설 그리고 아파트 식수공급라인 등 구축물 39건에 대하여 위 감정평가법인에 우선 평가하도록 하여 같은해 4.19. 위 구축물 39건에 대한 감정가액으로 15,503,912,000원을 제시받아 이를 과세표준으로 하여 산출된 취득세 등 341,086,060원을 같은해 4.20. 신고납부하였다.
(10) 청구인은 위 감정평가법인으로부터 제시받은 감정가액총액 116,144,983,450원을 이 사건 수처리시설의 취득가액으로 장부에 계상하고 인수가액 1,500억원과의 차액 33,855,016,550원은 영업권으로 계상하였다.
(11) 처분청은 2001.5.10. 청구인이 취득한 이 사건 수처리시설 중 생산시설에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 신고납부하지 아니한 배관시설, 배관받침시설, 배관연결시설 및 쿨링타워시설 등 20건의 시설을 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 위 시설의 감정가액 25,357,117,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 664,356,450원(가산세 포함)을 과세예고하였다.
(12) 청구인이 위 과세예고에 대하여 과세전적부심사를 청구하자 ○○남도지사는 2001.7.9. 위 과세예고된 수처리시설 중 쿨링타워시설 2건은 냉각수생산시설인 기계장치로 보아 과세대상에서 제외하고 나머지 시설은 과세대상이라고 결정하였고 처분청은 위 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설에 대한 감정가액 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 475,591,170원을 같은달 11일 부과고지하였다.
(13) 처분청은 2002.7.5. ○○남도에서 실시한 청구인에 대한 세무조사결과 위 인정사실 (10)에서와 같이 청구인이 이 사건 수처리시설 인수가액 1,500억원과 감정평가법인의 자산감정가 총액 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 계상한 것이 확인되자 이 사건 자산양수도계약에서 영업권에 대하여 명시하지 아니하였다는 사유로 위 영업권을 취득세과세대상 자산의 감정가액 38,127,646,450원(평가금액의 32.828%, 건물 12건의 감정가액 4,471,339,450원과 청구인이 취득세를 신고납부한 구축물 39건의 감정가액 15,503,912,000원, 그리고 처분청이 2001.7.11. 취득세과세대상으로 보아 부과처분한 취득세과세대상의 감정가액 18,152,335,000원)과 나머지 취득세비과세대상 자산의 감정가액 78,017,337,000원(평가금액의 67.172%)을 기준으로 안분하여 11,113,799,867원을 취득세 추가과세표준으로 산출하였다.
(14) 위 추가산출된 취득세과세표준에서 위 인정사실 (7)에서와 같이 청구인이 2000.3.22. 건물 12건에 대하여 취득세 등을 신고납부할 때 감정가액을 초과하여 과세표준으로 신고한 1,262,840,351원을 뺀 9,850,959,516원을 추가과세표준(이 사건 제1부과처분의 과세표준은 18,152,335,000원에서 23,443,545,895원으로 5,291,210,895원이 증액됨)으로 하여 취득세 등 259,821,460원(가산세 포함)을 같은해 10.23. 부과고지하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 지방세법(2000.2.3. 법률 제6260호로 개정된 것, 이하 같다) 제80조는 "이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 감사원법에 의한 심사청구를 할 경우에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 하여야 한다"고 규정하고 있다.
(2) 같은법 제82조는 "지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다"고 규정하고 있고, 국세기본법(1999.12.31. 법률 제06070호로 개정된 것) 제14조 제2항은 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다"고 규정하고 있다.
(3) 지방세법 제104조는 "취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호에 정하는 바에 의한다"고 규정하고 있고, 제104조 제1호에서 부동산은 "토지 및 건축물을 말한다"고 규정하고 있으며 제104조 제4호에서 "건축물"은 "대통령령이 정하는 건물ㆍ구축물과 건물과 구축물의 특수한 부대설비를 말한다"고 규정하고 있다.
(4) 같은법 제105조 제1항은 "취득세는 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건소재지의 도에서 그 취득자에게 부과한다"고 규정하고 있다.
(5) 같은법 제111조 제1항은 "취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다"고 규정하고 있다.
(6) 같은법 제112조 제1항은 "취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다"고 규정하고 있다.
(7) 같은법 제120조 제1항은 "취득세과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 이를 신고함과 동시에 당해 신고과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하여야 한다"고 규정하고 있다.
(8) 지방세법시행령(2000.3.13. 대통령령 제16751호로 개정된 것, 이하 같다) 제73조 제1항은 "유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다"고 규정하고 있다.
(9) 같은법시행령 제75조의 2는 "법 제104조 제4호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 건물과 구축물은 다음 각호에 게기한 것으로 한다"고 규정하고, 제2호는 "구축물"의 하나로 "급ㆍ배수시설"을 열거하고 있다.
(10) 같은법시행령 제82조의 3은 "취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다"고 규정하고 있다.
(11) 법인세법시행규칙(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 개정된 것) 제12조 제1항 제1호는 "영업권"을 "사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액"이라고 규정하고 있다.
(12) 감사원법(2002.1.19. 법률 제06622호로 개정된 것) 제44조 제1항은 "이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있는 것을 안 날부터 90일, 그 행위가 있은 날부터 180일 이내에 심사의 청구를 하여야 한다"고 규정하고 있다.
라. 판단
이건 심사청구는 이 사건 제1부과처분에 대한 심사청구기한이 경과하였는데도 증액경정된 이 사건 제2부과처분을 기준으로 이 사건 제1부과처분의 과세표준과 세액에 대하여 다툴 수 있는지 여부와 청구인이 양수한 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설물이 취득세과세대상인지 여부, 그리고 청구인이 자산양수도계약의 대가로 지급한 1,500억원과 양수자산에 대한 감정가총액 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원을 영업권으로 인정하여야 하는지 여부에 대한 다툼이라 하겠다.
(1) 먼저, 이 사건 제1부과처분에서의 과세표준과 세액에 대하여 다툴 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
처분청 등은 지방세에 관한 심사청구는 그 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 하도록 규정되어 있고 이 사건 제1부과처분은 위 인정사실 (12)에서와 같이 2001.7.11. 하였고 그 다음날 청구인이 수령하였으므로 심사청구 제기기한은 청구인이 수령한 다음날부터 90일이 지난 2001.10.10.이 된다. 따라서 이 사건 제1부과처분에 대한 다툼은 청구기한이 도과한 것으로 각하대상이라고 주장한다.
그러나 처분청은 청구인이 생산시설로 보아 취득세 등을 신고납부하지 아니한 위 배관시설 등 18건의 시설물을 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설로 보아 감정가액인 18,152,335,000원을 과세표준으로 하여 2001.7.11. 이 사건 제1부과처분을 한 후 인정사실 (14)에서 보듯이 이 사건 제2부과처분을 하면서 당초 처분의 과세표준에 영업권을 안분하여 5,291,210,895원이 증액된 23,443,545,895원을 새로운 과세표준으로 경정하여 2002.10.23. 부과고지를 하였는바, 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것으로 증액경정처분이 되면 당초 처분은 증액경정처분에 의하여 흡수되어 소멸되는 것이라 할 것이며, 이는 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 이 사건의 부과처분의 경우에도 동일하다 할 것이다. 따라서 청구인은 증액된 부분만이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액에 대하여도 다툴 수 있고 증액경정처분인 이 사건 제2부과처분에 대한 고지서를 수령한 날(2002.10.23.)부터 90일 이내인 2002.12.6.에 심사청구를 제기하였으므로 이 사건 제1부과처분에 대한 심사청구는 적법한 것이라 할 것이다.
(2) 다음으로 이 사건 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설물이 취득세과세대상인지 여부에 대하여 살펴본다.
처분청 등은 이 사건 수처리시설에서 원수를 공급하거나 공업용수생산을 위하여 용수를 이동하는 데 사용되는 위 시설을 청구외 법인이 석유정제제품의 제조공정의 일부로서 사용할 때에는 생산시설의 일부로서 취득세의 과세대상이 아니었지만 청구인이 취득하여 청구외 법인의 석유정제제품생산에 필요한 공업용수를 공급하는 시설로 사용하고 있는 것이므로 생산시설이 아닌 급ㆍ배수시설로 보아 취득세과세대상이라고 한다.
그런데 청구인이 양수한 이 사건 수처리시설은 청구외 법인의 석유정제제품생산시설에 공업용수를 공급하고 직원용아파트에 식수를 공급하기 위하여 석유화학단지 인근에 위치한 호수로부터 원수를 취득하여 전처리공정과 역삼투처리 등 필요한 공정을 거쳐 공업용수 및 식수를 생산하는 시설인바, 처분청이 이 사건 제1부과처분에서 과세대상으로 한 배관시설 등 18건의 시설은 원수저장시설로부터 원수를 각 수처리공정시설까지 이송시키고 수처리중인 용수를 단계별 공정시설 또는 단지별로 이송시키는 데 사용되는 배관시설과 배관받침시설이거나 냉각수 제조를 위하여 부식방지제를 투입하는 설비, 냉각수 수소이온농도조절을 위하여 약품을 투입하는 설비이다. 따라서 위 18건의 시설은 청구외 법인에 공업용수를 공급하는 취득세과세대상인 급ㆍ배수시설 등이 아니라 청구인의 최종제품인 공업용수와 식수를 생산하기 위한 생산시설 부착시설로 보아야 할 것이고 이와 다른 처분청 등의 견해는 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(3) 마지막으로 영업권 인정 여부에 대하여 살펴본다.
처분청은 이 사건 자산양수도계약에서 "영업권"에 대하여 명시한 바가 없으므로 "영업권"을 인정할 수 없다고 한다.
위 관계법령에서 보듯이 지방세법에서는 "영업권"에 대하여 명시적으로 규정하고 있지는 아니하나 지방세법 제82조 및 국세기본법 제14조 제2항에서 과세표준은 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 규정하고 있고, "영업권"이란 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수한 유형자산과는 별도로 양도사업에 관한 법률상의 지위, 지리적 여건, 거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득하는 무형자산이라 할 수 있는바, 위 인정사실 (3)에서 보듯이 이 사건 자산양수도계약에서 청구인이 양수한 "설비자산"은 유형의 "고정자산" 뿐 아니라 "양도된 계약의 이익"이 포함되어 있음이 명시되어 있고, 인정사실 (4)와 (6)에서 보듯이 청구외 법인이 청구인에게 20년 동안 원수를 처리하여 청구외 법인에 공급하는 독점적이고 배타적 권리를 인정하고 있음을 볼 때 비록 이 사건 자산양수도계약에서 "영업권"이란 용어를 명시적으로 사용하고 있지는 아니하나 청구인이 청구외 법인에게 지불한 1,500억원에는 양수한 고정자산과는 별도의 "영업권"이 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다.
그리고 위 인정사실 (5)에서 보듯이 이 사건 자산양수도계약에서 "설비자산과 소모자산의 가액을 양도일 현재의 감정가액에 기초하여 분배"하기로 한 점과 "이러한 분배에 따라 세무신고 등을 한다"고 규정하고 있는 점을 볼 때 이 사건 자산양수도계약의 당사자는 이 사건 수처리시설의 자산가액을 자산양도일 현재를 기준으로 한 감정가액으로 합의한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 위 인정사실 (10)에서와 같이 이 사건 수처리시설 양수도계약에서 청구인이 청구외 법인에 지급한 총 1,500억원과 위 수처리시설의 감정가액인 116,144,983,450원과의 차액 33,855,016,550원은 영업권으로서 이 사건 계약금액에만 포함되어 있을 뿐 이를 위 수처리시설의 각 자산가액 중 일부라고 보기는 어렵다 할 것이다.
따라서 취득세과세대상 자산의 감정가액이 적정하였는지는 별론으로 하더라도 영업권 가액을 각 과세대상 자산에 안분가산하여 취득세과세대상 자산의 취득가액을 산정한 것은 잘못이라 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 이 사건 수처리시설 중 배관시설과 배관받침시설 등 18건의 시설을 생산시설이 아닌 구축물로서의 급ㆍ배수시설로 보거나 영업권을 인정하지 아니하고 한 이 사건 취득세 등의 부과처분은 잘못된 것이라 할 것이고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.