법령해석 사례
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【제 목】 개정된 법률에 따라 벤처기업집적시설관련 면제된 취득세 등을 추징한 것이 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부
【사건번호】 감심2004-27, 2004.04.02
【요지】
취득세 등의 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이지만, 그 후 위 건물 또는 토지에 관한 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유의 발생당시 법률에 따라 판단하여야 할 것임.
【주문】
1. 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 부과처분한 취득세 101,112,420원 중 직권으로 감액경정한 가산세 16,852,070원에 대한 심사청구부분을 각하한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
가. 청구인은 2000.4.28. 신축중인 서울특별시 ○○ ○○○1가 197-2 외 18필지(이후 지번이 ○○동1가 204로 변경됨)에 있는 건물 47,584.58㎡(이하 "이 사건 건물"이라 한다)를 구벤처기업육성에관한특별조치법(2001.2.3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조에 의한 벤처기업집적시설로 지정받은 후 같은해 7.24. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았고, 같은달 13일 청구외 ○○○○로부터 ○○○○○ ○○ ○○동1가 197-4 중 9.8㎡의 토지(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하였다.
나. 처분청은 2000.8.22. 청구인에게 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제4항의 규정에 따라 이 사건 건물에 대한 취득세, 등록세 등을 100% 감면한다고 통지하였으나, 청구인이 이 사건 건물을 벤처기업집적시설지정요건에 맞지 않는 다른 용도로 사용하고 있으므로 이 사건 건물 및 토지에 대한 취득세, 등록세 등 2,201,147,950원을 추징하는 결정을 하고 같은해 10.10. 이를 부과하였다.
다. 청구인은 위 2,201,147,950원의 부과처분에 대하여 서울행정법원에 불복하였고 위 법원에서는 이 사건 건물 중 축소지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡) 및 이 사건 토지에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 위 부과처분 중 1,429,530,658원을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 판결을 2002.1.11. 선고하였고, 이에 대하여 다시 처분청 및 청구인이 서울고등법원에 항소하였으나 서울고등법원에서는 모두 기각하는 내용의 판결을 같은해 10.11. 선고하여 위 판결이 확정되었다.
라. 처분청은 ○○○○시장이 2003.1.7. 위 변경지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡)을 다시 7,480.53㎡로 변경지정하자 지정취소된 면적(3,218.76㎡)에 대하여 등록세, 취득세 등 합계 148,972,280원(가산세 포함)을 같은해 4.10.자 및 4.17.자로 각각 부과하였고, 청구인이 2003.3.28. 변경지정된 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정을 취소하는 신청을 하여 벤처기업집적시설지정이 취소되자, 7,480.53㎡ 부분에 대한 취득세 등 합계 289,820,270원과 이 사건 토지에 대한 취득세 등 합계 6,407,430원을 2003.4.28. 각 신고납부(위 2003.4.10.자 및 같은달 17일자 부과분 계 148,972,280원과 2003.4.28. 신고납부분 계 296,227,700원 합계 445,199,980원을 이하 "이 사건 처분"이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구취지
이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받아 이를 개발ㆍ조성하였으므로 취득세 등의 면제대상임에도 취득일 이후 개정된 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제276조 제3항 단서의 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 해당한다고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 부당하고, 이 사건 건물 및 토지에 대한 취득세 등 부과에 대하여 이미 서울고등법원의 판결에서 승소하였는데 같은부동산에 대하여 다시 취득세 등을 부과하는 것은 확정판결의 기속력에 반할 뿐만 아니라 청구인의 기득권이나 신뢰보호, 조세법률주의 등에 비추어 이 사건 처분은 부당하다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
1) 부동산취득 후에 개정된 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)을 적용하여 면제된 취득세 등을 추징하는 처분이 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부
2) 법원판결에 따라 처분의 일부가 취소된 후 다시 취소부분을 추징하는 처분이 판결의 기속력 등에 반하는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 서울특별시장은 2000.4.28. 청구인이 서울특별시 ○○ ○○동1가 197-2 외 18필지의 토지 위에 신축중이던 지하9층, 지상23층의 ○○(○○○)빌딩(이 사건 건물)을 구벤처기업육성에관한특별조치법 제18조에 의한 "벤처기업집적시설"으로 지정(지정번호 제82호, 지정연면적 47,584.58㎡)하였다.
(2) 청구인은 2000.7.13. 청구외 ○○교역으로부터 서울특별시 ○○ ○○동1가 197-4 중 9.8㎡의 토지를 취득하였고, 같은해 7.24. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았다.
(3) 처분청은 2000.8.22. 청구인에게 이 사건 건물이 벤처기업집적시설로 지정되었으므로 구지방세법 제276조 제4항에 의하여 취득세, 등록세 등을 100% 감면한다고 통보한 후 위 건물에 관한 벤처기업집적시설현황을 확인한 바, 청구인이 이 사건 건물을 벤처기업집적시설지정요건에 맞지 않은 다른 용도로 사용하고 있어서 2000.8.25. 위 감면을 취소하고 이 사건 건물과 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등 2,201,147,950원을 같은해 10.10. 부과하였다.
(4) ○○○○시장은 2001.10.15. 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하고, 10,699.29㎡(벤처기업, 지원시설, 관련시설, 공용시설 등 포함)에 대해서만 벤처기업집적시설로 변경지정하였다.
(5) 청구인이 위 2,201,147,950원의 부과처분에 대하여 서울행정법원에 불복하자, 위 법원은 이 사건 건물 중 변경지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡) 및 이 사건 토지에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 위 부과처분 중 1,429,530,658원을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 판결을 2002.1.11. 선고(서울행정법원 2002.1.11. 선고, 2001구25593 판결)하였고, 이에 대하여 다시 처분청 및 청구인이 서울고등법원에 항소하였으나 위 법원은 모두 기각하는 내용의 판결을 2002.10.11. 선고(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)하여 위 판결이 확정되었다.
(6) ○○○○시장은 2003.1.7. 당초 벤처기업집적시설로 변경지정하였던 면적 10,699.29㎡ 중 3,218.76㎡에 대한 지정을 다시 취소하여 7,480.53㎡에 대해서만 벤처기업집적시설로 지정하였고, 청구인이 벤처기업집적시설로 지정하였던 나머지 면적 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정을 취소하는 신청을 하자, 같은해 3.28. 이 부분에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되어 결과적으로 건물 전체에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되었다.
(7) 청구인은 벤처기업집적시설로 지정받은 이 사건 건물의 일부에 벤처기업을 입주시켰는데 그 내역은 (별지) 벤처시설지정 및 조성현황(별지 생략)과 같다.
(8) 처분청은 벤처기업집적시설지정취소면적(3,218.76㎡)에 대하여 등록세 40,444,960원, 지방교육세 7,414,900원을 2003.4.10.자로, 취득세 101,112,420원(가산세 16,852,070원 포함)을 4.17.자로 각 부과하였다.
(9) 청구인은 2003.3.28. 이 사건 건물 중 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되자, 7,480.53㎡ 부분에 대한 취득세 195,824,510원, 등록세 78,329,800원, 교육세 15,665,960원 계 289,820,270원과 이 사건 토지에 대한 취득세 2,308,990원, 등록세 3,463,480원, 교육세 634,960원 계 6,407,430원을 2003.4.28. 각 신고납부하였다.
(10) 처분청은 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 한 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원을 환급하는 것으로 2003.10.24. 결의하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 구지방세법 제276조 제4항(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)에는 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.
(2) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되어 2001.1.1.부터 시행) 제276조 제3항 단서에는 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.
(3) 구벤처기업육성에관한특별조치법 제18조 제1항에는 "벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하고자 하는 자는 시ㆍ도지사의 지정을 받아야 한다"라고 규정하고 있고, 제3항에는 "제1항의 규정에 의한 지정의 요건ㆍ지정신청 기타 지정에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다"라고 규정하고 있다.
(4) 구벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(2000.8.16. 산업자원부령 제109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항에는 "법 제18조 제1항의 규정에 의하여 벤처기업집적시설로 지정받을 수 있는 건축물은 다음 각호의 요건을 갖춘 건축물로 한다"라고 규정하고 있고, 그 제1호에 "3층 이상의 건축물에 1천500제곱미터 이상의 연면적을 확보하고, 6개 이상의 벤처기업이 입주할 것", 그 제2호에 "제1호의 규정에 의하여 확보된 연면적의 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지할 것", 그 제3호에 "제1호의 규정에 의하여 확보된 연면적의 100분의 75 이상을 벤처기업과 제4조의 규정에 의한 지원시설(이하 "벤처기업 등"이라 한다)이 차지할 것", 그 제4호에 "벤처기업 등이 차지한 면적 외의 면적은 벤처기업 등과 관련있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지할 것"이라고 규정하고 있으며, 제2항에는 "법 제18조 제1항의 규정에 의하여 벤처기업집적시설의 지정을 받고자 하는 자는 신청서에 당해 건축물이 제1항 각호의 요건을 갖추고 있음을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)에게 제출하여야 한다"라고 규정하고 있다.
(5) 구벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙 제6조에는 "시ㆍ도지사는 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 벤처기업집적시설의 지정을 취소할 수 있다"라고 규정하면서 그 제1호에 "제5조의 규정에 의한 벤처기업집적시설의 지정요건에 미달하게 된 경우", 그 제2호에 "벤처기업집적시설로 지정을 받은 날부터 3년 이내에 벤처기업집적시설의 설치 또는 벤처기업집적시설로의 용도전환에 착수하지 아니하는 경우"를 규정하고 있다.
라. 판단
(1) 먼저 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원 부분에 대하여 살펴본다.
헌법재판소(헌법재판소 2003.9.25. 선고, 2003헌바16 결정)는 취득세납세의무자가 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부액이 산출세액에 미달한 경우 그 부족세액 등에 100분의 20을 가산한 금액을 징수하도록 한 지방세법 제121조 제1항이 헌법에 합치되지 아니한다고 결정하자, 처분청이 2003.4.17.자 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원을 2003.10.31. 반환하였으므로 가산세 16,852,070원 부분은 심사청구를 제기할 이익이 없다 할 것이다.
(2) 이 사건 건물 및 토지를 취득한 후에 개정된 법률에 따라 취득세 등을 추징한 것이 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부에 대하여 살펴본다.
이 사건 처분은 이 사건 건물 및 토지를 취득한 후 개정된 지방세법 제276조 제3항 단서의 규정에 의하여 면제된 취득세 등을 추징한 것이므로 사후 법률을 소급적용한 잘못이 있다고 주장한다.
살피건대, 취득세 등의 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이지만, 그 후 위 건물 또는 토지에 관한 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유의 발생당시 법률에 따라 판단하여야 할 것인바, 위 관계법령에 따르면 구지방세법 제276조 제4항 단서에는 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하였으나 2000.12.29. 개정된 지방세법 제276조 제3항 단서에는 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있다. 위 인정사실에 따르면 청구인은 벤처기업집적시설면적 47,584.58㎡을 지정받은 후 2000.7.13. 이 사건 토지를 취득하고, 같은달 24일 이 사건 건물을 사용승인받았다가 2001.10.15. 그 면적 중 36,885.29㎡가 지정취소되었고, 다시 2003.1.7. 3,218.76㎡가 지정취소된 후 같은해 3.28. 나머지 면적 모두가 취소된 사실이 있으므로 일부 및 전부가 취소된 당시의 법률인 개정된 지방세법(2001.1.1. 시행)이 적용된다고 할 것이다. 따라서 청구인의 경우 부동산취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 해당되어 취득세 등이 추징되어야 할 것이므로 청구인의 위 주장은 이유없다고 할 것이다.
(3) 이 사건 처분이 확정된 서울고등법원의 판결(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)의 기속력에 반하는지 여부를 살펴본다.
청구인은 이 사건 건물 및 토지에 대하여 처분청이 2000.10.10. 취득세 등 2,201,147,950원을 추징하자, 청구인이 불복하여 서울고등법원(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)에서 청구인이 일부 승소하였는데도 이 사건 처분을 다시 하는 것은 위 판결의 기속력에 반하므로 부당하다고 주장하고 있다.
살피건대, 확정판결의 기속력은 취소소송의 인용판결이 확정되면 행정청은 동일한 사실관계아래서 동일한 이유에 의하여 동일당사자에 대하여 동일한 내용의 처분을 할 수 없는 효력(반복금지효)이라 할 것이나, 확정판결 이후에 사실관계에 변동이 있을 때에는 판결의 기속력이 인정되지 아니하여 행정청은 확정판결에 의하여 취소된 처분과 동일한 이유로 동일한 내용의 처분을 다시 할 수 있는 것이라 할 것이다.
위 서울고등법원 판결은 이 사건 건물 중 10,699.29㎡ 부분은 청구인이 벤처기업집적시설로 지정을 받아 벤처기업에 임대하고 있거나 개발ㆍ조성에 나름대로 상당한 노력을 기울이고 있고 취득일부터 3년 이내에는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 있으므로 이 부분에 대한 추징이 잘못되었다는 것이나, 청구인의 경우 위 판결 이후에 벤처기업집적시설지정이 모두 취소되어 더 이상 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 없어지는 사정변경이 있었으므로 그러한 사유에 따라 감면하였던 취득세 등을 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다.
(4) 이 사건 처분이 기득권과 신뢰보호 및 조세법률주의 등에 반하는지 여부를 살펴본다.
청구인은 이 사건 처분이 청구인의 기득권이나 신뢰보호 및 조세법률주의에 반하는 처분이므로 부당하다고 주장하나, 처분청은 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정한 지방세법 제276조 제3항 단서에 해당하여 이 사건 처분을 한 것으로 청구인이 벤처기업집적시설지정을 취소신청하여 더 이상 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 없어 추징한 것이므로 청구인의 기득권을 침해하였다거나 신뢰보호 및 조세법률주의에 반하였다고 할 수도 없다고 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 한 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 직권으로 감액경정한 가산세 16,852,070원에 대한 심사청구부분은 부적법한 것이 되었고, 그 나머지인 이 사건 부과처분에 대한 청구부분은 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
【사건번호】 감심2004-27, 2004.04.02
【요지】
취득세 등의 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이지만, 그 후 위 건물 또는 토지에 관한 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유의 발생당시 법률에 따라 판단하여야 할 것임.
【주문】
1. 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 부과처분한 취득세 101,112,420원 중 직권으로 감액경정한 가산세 16,852,070원에 대한 심사청구부분을 각하한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
가. 청구인은 2000.4.28. 신축중인 서울특별시 ○○ ○○○1가 197-2 외 18필지(이후 지번이 ○○동1가 204로 변경됨)에 있는 건물 47,584.58㎡(이하 "이 사건 건물"이라 한다)를 구벤처기업육성에관한특별조치법(2001.2.3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조에 의한 벤처기업집적시설로 지정받은 후 같은해 7.24. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았고, 같은달 13일 청구외 ○○○○로부터 ○○○○○ ○○ ○○동1가 197-4 중 9.8㎡의 토지(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하였다.
나. 처분청은 2000.8.22. 청구인에게 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제4항의 규정에 따라 이 사건 건물에 대한 취득세, 등록세 등을 100% 감면한다고 통지하였으나, 청구인이 이 사건 건물을 벤처기업집적시설지정요건에 맞지 않는 다른 용도로 사용하고 있으므로 이 사건 건물 및 토지에 대한 취득세, 등록세 등 2,201,147,950원을 추징하는 결정을 하고 같은해 10.10. 이를 부과하였다.
다. 청구인은 위 2,201,147,950원의 부과처분에 대하여 서울행정법원에 불복하였고 위 법원에서는 이 사건 건물 중 축소지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡) 및 이 사건 토지에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 위 부과처분 중 1,429,530,658원을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 판결을 2002.1.11. 선고하였고, 이에 대하여 다시 처분청 및 청구인이 서울고등법원에 항소하였으나 서울고등법원에서는 모두 기각하는 내용의 판결을 같은해 10.11. 선고하여 위 판결이 확정되었다.
라. 처분청은 ○○○○시장이 2003.1.7. 위 변경지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡)을 다시 7,480.53㎡로 변경지정하자 지정취소된 면적(3,218.76㎡)에 대하여 등록세, 취득세 등 합계 148,972,280원(가산세 포함)을 같은해 4.10.자 및 4.17.자로 각각 부과하였고, 청구인이 2003.3.28. 변경지정된 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정을 취소하는 신청을 하여 벤처기업집적시설지정이 취소되자, 7,480.53㎡ 부분에 대한 취득세 등 합계 289,820,270원과 이 사건 토지에 대한 취득세 등 합계 6,407,430원을 2003.4.28. 각 신고납부(위 2003.4.10.자 및 같은달 17일자 부과분 계 148,972,280원과 2003.4.28. 신고납부분 계 296,227,700원 합계 445,199,980원을 이하 "이 사건 처분"이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구취지
이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받아 이를 개발ㆍ조성하였으므로 취득세 등의 면제대상임에도 취득일 이후 개정된 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제276조 제3항 단서의 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 해당한다고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 부당하고, 이 사건 건물 및 토지에 대한 취득세 등 부과에 대하여 이미 서울고등법원의 판결에서 승소하였는데 같은부동산에 대하여 다시 취득세 등을 부과하는 것은 확정판결의 기속력에 반할 뿐만 아니라 청구인의 기득권이나 신뢰보호, 조세법률주의 등에 비추어 이 사건 처분은 부당하다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
1) 부동산취득 후에 개정된 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)을 적용하여 면제된 취득세 등을 추징하는 처분이 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부
2) 법원판결에 따라 처분의 일부가 취소된 후 다시 취소부분을 추징하는 처분이 판결의 기속력 등에 반하는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 서울특별시장은 2000.4.28. 청구인이 서울특별시 ○○ ○○동1가 197-2 외 18필지의 토지 위에 신축중이던 지하9층, 지상23층의 ○○(○○○)빌딩(이 사건 건물)을 구벤처기업육성에관한특별조치법 제18조에 의한 "벤처기업집적시설"으로 지정(지정번호 제82호, 지정연면적 47,584.58㎡)하였다.
(2) 청구인은 2000.7.13. 청구외 ○○교역으로부터 서울특별시 ○○ ○○동1가 197-4 중 9.8㎡의 토지를 취득하였고, 같은해 7.24. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았다.
(3) 처분청은 2000.8.22. 청구인에게 이 사건 건물이 벤처기업집적시설로 지정되었으므로 구지방세법 제276조 제4항에 의하여 취득세, 등록세 등을 100% 감면한다고 통보한 후 위 건물에 관한 벤처기업집적시설현황을 확인한 바, 청구인이 이 사건 건물을 벤처기업집적시설지정요건에 맞지 않은 다른 용도로 사용하고 있어서 2000.8.25. 위 감면을 취소하고 이 사건 건물과 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등 2,201,147,950원을 같은해 10.10. 부과하였다.
(4) ○○○○시장은 2001.10.15. 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하고, 10,699.29㎡(벤처기업, 지원시설, 관련시설, 공용시설 등 포함)에 대해서만 벤처기업집적시설로 변경지정하였다.
(5) 청구인이 위 2,201,147,950원의 부과처분에 대하여 서울행정법원에 불복하자, 위 법원은 이 사건 건물 중 변경지정된 벤처기업집적시설(10,699.29㎡) 및 이 사건 토지에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 위 부과처분 중 1,429,530,658원을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 판결을 2002.1.11. 선고(서울행정법원 2002.1.11. 선고, 2001구25593 판결)하였고, 이에 대하여 다시 처분청 및 청구인이 서울고등법원에 항소하였으나 위 법원은 모두 기각하는 내용의 판결을 2002.10.11. 선고(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)하여 위 판결이 확정되었다.
(6) ○○○○시장은 2003.1.7. 당초 벤처기업집적시설로 변경지정하였던 면적 10,699.29㎡ 중 3,218.76㎡에 대한 지정을 다시 취소하여 7,480.53㎡에 대해서만 벤처기업집적시설로 지정하였고, 청구인이 벤처기업집적시설로 지정하였던 나머지 면적 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정을 취소하는 신청을 하자, 같은해 3.28. 이 부분에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되어 결과적으로 건물 전체에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되었다.
(7) 청구인은 벤처기업집적시설로 지정받은 이 사건 건물의 일부에 벤처기업을 입주시켰는데 그 내역은 (별지) 벤처시설지정 및 조성현황(별지 생략)과 같다.
(8) 처분청은 벤처기업집적시설지정취소면적(3,218.76㎡)에 대하여 등록세 40,444,960원, 지방교육세 7,414,900원을 2003.4.10.자로, 취득세 101,112,420원(가산세 16,852,070원 포함)을 4.17.자로 각 부과하였다.
(9) 청구인은 2003.3.28. 이 사건 건물 중 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설지정이 취소되자, 7,480.53㎡ 부분에 대한 취득세 195,824,510원, 등록세 78,329,800원, 교육세 15,665,960원 계 289,820,270원과 이 사건 토지에 대한 취득세 2,308,990원, 등록세 3,463,480원, 교육세 634,960원 계 6,407,430원을 2003.4.28. 각 신고납부하였다.
(10) 처분청은 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 한 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원을 환급하는 것으로 2003.10.24. 결의하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 구지방세법 제276조 제4항(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)에는 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.
(2) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되어 2001.1.1.부터 시행) 제276조 제3항 단서에는 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.
(3) 구벤처기업육성에관한특별조치법 제18조 제1항에는 "벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하고자 하는 자는 시ㆍ도지사의 지정을 받아야 한다"라고 규정하고 있고, 제3항에는 "제1항의 규정에 의한 지정의 요건ㆍ지정신청 기타 지정에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다"라고 규정하고 있다.
(4) 구벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(2000.8.16. 산업자원부령 제109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항에는 "법 제18조 제1항의 규정에 의하여 벤처기업집적시설로 지정받을 수 있는 건축물은 다음 각호의 요건을 갖춘 건축물로 한다"라고 규정하고 있고, 그 제1호에 "3층 이상의 건축물에 1천500제곱미터 이상의 연면적을 확보하고, 6개 이상의 벤처기업이 입주할 것", 그 제2호에 "제1호의 규정에 의하여 확보된 연면적의 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지할 것", 그 제3호에 "제1호의 규정에 의하여 확보된 연면적의 100분의 75 이상을 벤처기업과 제4조의 규정에 의한 지원시설(이하 "벤처기업 등"이라 한다)이 차지할 것", 그 제4호에 "벤처기업 등이 차지한 면적 외의 면적은 벤처기업 등과 관련있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지할 것"이라고 규정하고 있으며, 제2항에는 "법 제18조 제1항의 규정에 의하여 벤처기업집적시설의 지정을 받고자 하는 자는 신청서에 당해 건축물이 제1항 각호의 요건을 갖추고 있음을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)에게 제출하여야 한다"라고 규정하고 있다.
(5) 구벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙 제6조에는 "시ㆍ도지사는 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 벤처기업집적시설의 지정을 취소할 수 있다"라고 규정하면서 그 제1호에 "제5조의 규정에 의한 벤처기업집적시설의 지정요건에 미달하게 된 경우", 그 제2호에 "벤처기업집적시설로 지정을 받은 날부터 3년 이내에 벤처기업집적시설의 설치 또는 벤처기업집적시설로의 용도전환에 착수하지 아니하는 경우"를 규정하고 있다.
라. 판단
(1) 먼저 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원 부분에 대하여 살펴본다.
헌법재판소(헌법재판소 2003.9.25. 선고, 2003헌바16 결정)는 취득세납세의무자가 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부액이 산출세액에 미달한 경우 그 부족세액 등에 100분의 20을 가산한 금액을 징수하도록 한 지방세법 제121조 제1항이 헌법에 합치되지 아니한다고 결정하자, 처분청이 2003.4.17.자 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 가산세 16,852,070원을 2003.10.31. 반환하였으므로 가산세 16,852,070원 부분은 심사청구를 제기할 이익이 없다 할 것이다.
(2) 이 사건 건물 및 토지를 취득한 후에 개정된 법률에 따라 취득세 등을 추징한 것이 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부에 대하여 살펴본다.
이 사건 처분은 이 사건 건물 및 토지를 취득한 후 개정된 지방세법 제276조 제3항 단서의 규정에 의하여 면제된 취득세 등을 추징한 것이므로 사후 법률을 소급적용한 잘못이 있다고 주장한다.
살피건대, 취득세 등의 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이지만, 그 후 위 건물 또는 토지에 관한 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유의 발생당시 법률에 따라 판단하여야 할 것인바, 위 관계법령에 따르면 구지방세법 제276조 제4항 단서에는 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하였으나 2000.12.29. 개정된 지방세법 제276조 제3항 단서에는 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있다. 위 인정사실에 따르면 청구인은 벤처기업집적시설면적 47,584.58㎡을 지정받은 후 2000.7.13. 이 사건 토지를 취득하고, 같은달 24일 이 사건 건물을 사용승인받았다가 2001.10.15. 그 면적 중 36,885.29㎡가 지정취소되었고, 다시 2003.1.7. 3,218.76㎡가 지정취소된 후 같은해 3.28. 나머지 면적 모두가 취소된 사실이 있으므로 일부 및 전부가 취소된 당시의 법률인 개정된 지방세법(2001.1.1. 시행)이 적용된다고 할 것이다. 따라서 청구인의 경우 부동산취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 해당되어 취득세 등이 추징되어야 할 것이므로 청구인의 위 주장은 이유없다고 할 것이다.
(3) 이 사건 처분이 확정된 서울고등법원의 판결(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)의 기속력에 반하는지 여부를 살펴본다.
청구인은 이 사건 건물 및 토지에 대하여 처분청이 2000.10.10. 취득세 등 2,201,147,950원을 추징하자, 청구인이 불복하여 서울고등법원(서울고등법원 2002.10.11. 선고, 2002누2088 판결)에서 청구인이 일부 승소하였는데도 이 사건 처분을 다시 하는 것은 위 판결의 기속력에 반하므로 부당하다고 주장하고 있다.
살피건대, 확정판결의 기속력은 취소소송의 인용판결이 확정되면 행정청은 동일한 사실관계아래서 동일한 이유에 의하여 동일당사자에 대하여 동일한 내용의 처분을 할 수 없는 효력(반복금지효)이라 할 것이나, 확정판결 이후에 사실관계에 변동이 있을 때에는 판결의 기속력이 인정되지 아니하여 행정청은 확정판결에 의하여 취소된 처분과 동일한 이유로 동일한 내용의 처분을 다시 할 수 있는 것이라 할 것이다.
위 서울고등법원 판결은 이 사건 건물 중 10,699.29㎡ 부분은 청구인이 벤처기업집적시설로 지정을 받아 벤처기업에 임대하고 있거나 개발ㆍ조성에 나름대로 상당한 노력을 기울이고 있고 취득일부터 3년 이내에는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 있으므로 이 부분에 대한 추징이 잘못되었다는 것이나, 청구인의 경우 위 판결 이후에 벤처기업집적시설지정이 모두 취소되어 더 이상 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 없어지는 사정변경이 있었으므로 그러한 사유에 따라 감면하였던 취득세 등을 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다.
(4) 이 사건 처분이 기득권과 신뢰보호 및 조세법률주의 등에 반하는지 여부를 살펴본다.
청구인은 이 사건 처분이 청구인의 기득권이나 신뢰보호 및 조세법률주의에 반하는 처분이므로 부당하다고 주장하나, 처분청은 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정한 지방세법 제276조 제3항 단서에 해당하여 이 사건 처분을 한 것으로 청구인이 벤처기업집적시설지정을 취소신청하여 더 이상 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 여지가 없어 추징한 것이므로 청구인의 기득권을 침해하였다거나 신뢰보호 및 조세법률주의에 반하였다고 할 수도 없다고 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 2003.4.17.자로 청구인에 대하여 한 취득세 101,112,420원의 부과처분 중 직권으로 감액경정한 가산세 16,852,070원에 대한 심사청구부분은 부적법한 것이 되었고, 그 나머지인 이 사건 부과처분에 대한 청구부분은 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.