질의내용

○ 원형지로 지정된 연구기관 소유 토지를 연구 환경을 유지하기 위한 것으로보아 연구기관 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

회신내용

가.「지방세특례제한법」(법률 제16865호, 2020.1.15., 일부개정된 것)제45조의2에서 “「국제과학비즈니스벨트 조성 및 지원에 관한 특별법」에 따른 기초과학연구원과 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에관한 법률」에 따른 연구기관이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다”고,

  - 같은 법 제2조에서“고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하며, “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는것을 말한다고 정의하고 있으며,

  -「지방세법」제106조제1항제3호에서 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하며, 분리과세 대상은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지라고 하면서 분리과세 대상 토지의 종류 중 같은 법 시행령 제102조 제8항 제7호에서 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제34조에 따른 특구관리계획에 따라 원형지로 지정된 토지를 규정하고 있습니다.

나. 연구기관에 대한 감면은 4차 산업혁명을 대비한 기초과학연구에 대한 정부투자확대 및 국가기술경쟁력 강화, 부가가치 및 고용창출로 인한 지역경제 활성화 제고를 위하여 2018년부터 기존 과학기술단체와 유사한 수준에서 연구기관이 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여 취득세 및 재산세 감면을 신설하였습니다.

다. 지방세특례제한법에서는 감면대상은 연구기관의 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 한정하고 있으며,‘고유업무에 직접사용’한다 함은 연구기관이 부동산의 소유자 또는 취득자의 지위에서 해당 부동산을 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업에 직접 사용하는 경우만을 가르키는 것이라 할 것이며,

  - 대법원에서도“고유업무에 직접 사용하기 위한 준비를 위하여 사용되었음에 불과하거나 장차 고유업무에 사용될 경우를 대비하여 비워 둔 채로 보유하고 있는 경우는 여기에 포함될 수 없다(대법원 2010.1.28.선고, 2008두18820판결)”고 판시하고 있습니다.

라. 지방세 관계 법령에서는“원형지”에 대한 용어의 정의나 구체적 범위에 대하여 규정하고 있지 않으나,「연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령」제2조에서 "원형지"란 입주기관이 소유하는 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역의 토지 중 연구 환경을 유지하기 위하여 자연상태로 보전할 필요가 있어 과학기술정보통신부장관이 지정ㆍ고시한 토지라고,

  - 연구개발특구 관리계획(과학기술정보통신부 고시 제2020 ? 15호, 2020. 4. 3.)에서 과학기술정보통신부장관은 입주기관이 소유 토지 중 지목이 임야로써 교육·연구 및 사업화 환경을 유지하기 위하여 자연상태로 유지·보전할 필요성이 있는 토지와 지목이 전·답·과수원 및 잡종지 등으로 입주기관의 장이 원형지 지정을 신청한 토지를 원형지로 지정하며, 입주기관의 장은 과학기술정보통신부장관의 승인을 얻어 원형지로 지정된 토지를 개발할 수 있다고 규정하고 있습니다.

마.「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에서 연구기관은 과학기술 분야의 연구를 주된 목적으로 하는 기관이라 규정하고 있으므로,「지방세특례제한법」상 감면대상인 연구기관 고유업무는 과학기술 분야 연구와 직접 관련된 사업을 의미한다고 할 것이고,

  - 연구개발특구 내 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역의 주위를 둘러싸고 있는 임야, 전, 답, 과수원 형태인 미개발 토지인 “원형지”는 연구기관 고유목적 사업에 직접 사용되는 토지라 보기 어려우며,

   - 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제7호에서 특구관리계획에 따라 원형지로 지정된 토지에 대해서는 재산세 부과시 낮은 세율의 분리과세 대상 토지로 분류하여 세제지원을 하고 있음에도, 연구개발특구 내 입주기관의 장이 필요한 경우 관계 부처 승인을 받아 개발이 가능한 미개발 상태의 “원형지”에 대해 취득세와 재산세를 추가로 감면하는 것은 입법취지 및 타 감면 조문과의 형평성 등을 고려할 때 타당하지 않습니다.

   따라서, 연구개발특구 내 연구기관의 감면대상은 과학기술 분야의 연구를 위해 직접 사용되는 부동산에 한정된다 할 것이므로, 연구기관 뿐만 아니라 교육 및 사업화 시설구역 주변의 미개발 토지인 “원형지”는 연구기관의 고유업무에 직접 사용되는 부동산으로 보기 어렵다 판단됩니다.

마. 다만, 이는 질의 당시 서면 및 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가사실확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.