[사건번호] 조심2011지0961 (2012.05.07)

[세     목] 재산 [결정유형] 경정

[제     목] 기업부설연구소에 사용할 목적으로 건축중인 토지를 기업부설연구소용에 직접 사용하는 토지로 보아 재산세를 감면할 수 있는지 여부

[결정요지] 청구법인이 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득한 사실과 2011년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축공사를 진행하고 있는 사실에 대하여 달리 다툼이 없는 이상 기업부설연구소용에 사용할 면적 비율에 해당하는 토지에 대하여 재산세 감면하는 것이 타당함.

[관련법령] 지방세특례제한법 제45조

[참조결정] 조심2011지0962

[따른결정]

[주    문]

 

처분청이 2011.9.8. 청구법인에게 한 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 OOO 등 2필지 토지 10,779.7㎡ 중 기업부설연구소용 토지에 해당하는 부분에 대하여는 재산세와 지방교육세를 면제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

 

 

[이    유]

 

 

1. 처분 개요

 

  가.처분청은 청구법인이 2011년 재산세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있는 OOO 등 2필지 토지 10,779.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 재산세 과세대상구분을 별도합산과세대상으로 구분한 후 쟁점토지의 재산세 과세표준액 OOO에 지방세법 제188조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용하여 산출한 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2011.9.8. 부과고지하였다.

 

  나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.1. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

 가. 청구법인 주장

 

  청구법인은 1994년 12월에 OOO로부터 인증받은 기업부설연구소를 이전하기 위하여 2011.2.28. 쟁점토지를 취득한 후 2011.3.10. 처분청으로부터 쟁점토지상에 주용도가 교육연구시설(연구소)인 건축물의 건축허가를 받았고, 2011.5.16. 처분청으로부터 건축물 착공신고 수리를 받았으며, 2011.6.1. 현재 기업부설연구소용을 건축 중에 있다.

 

  처분청은 기업부설연구소를 건축중인 토지는 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용으로 직접 사용되는 토지에 해당되지 아니하여 재산세 감면대상에 해당되지 아니한다는 의견이나, 지방세특례제한법 시행령 제45조에서 “직접 사용”의 범위에는 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다.”고 규정하고 있는 점에 비추어, 쟁점토지 중 일부는 2011년도 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 토지로 보아야 하므로, 처분청이 쟁점토지에 대해 재산세를 감면하지 아니하고 재산세를 부과한 처분은 부당하다.

 

 나. 처분청 의견

 

  청구법인은「지방세특례제한법」제45조에서 “법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.”고 규정하고 있고, 청구법인의 경우에도 쟁점토지상에 기업부설연구소를 건축 중이므로 재산세 감면대상에 해당된다고 주장하나, 질의회신 사례에서 “재산세 과세기준일 현재 다른 지역으로 이전하기 위하여 건축 중인 경우는 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 아니한다고”고 해석OOO하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 기업부설연구소 이전을 목적으로 쟁점토지를 취득하여 취득세를 감면받았다 하더라도 재산세 감면대상에는 해당되지 아니한다 할 것이므로 이 건 부과처분은 적법하다.

 

3. 심리 및 판단

 

 가. 쟁  점

 

  2011년도 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소를 이전하기 위해 기업부설연구소용 건축물을 건축 중인 경우, 당해 토지가 재산세 면제대상에 해당하는지 여부

 

 나. 관련 법령

 

  (1) 지방세특례제한법

 

 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를,과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

 

 (2) 지방세특례제한법 시행령

 

 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제15조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

   ② 법 제46조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서”란 「기술개발촉진법 시행령」 제15조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소 또는 기업의 연구개발전담부서를 말한다.

 

 제45조【직접 사용의 범위】법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

 

 다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

 

   (가) 청구법인은 1994년 12월에 OOO로부터 인증받은 기업부설연구소를 이전하기 위하여 2011.2.28. 쟁점토지를 취득한 후, 2011.3.10. 처분청으로부터 쟁점토지상에 주용도가 교육연구시설(연구소)인 건축물의 건축허가를 받았다.

 

   (나) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2011.4.27. 처분청에 쟁점토지는 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산으로 취득세 등의 감면신청을 하였고, 처분청은 청구법인의 감면신청에 대해 쟁점토지 중 기업부설연구소용 건축물의 부속토지에 해당하는 면적에 대하여 취득세 등을 감면하였다.

 

   (다) 처분청이 2011.3.14. 발행한 건축허가서에는 건축주 청구법인,  건축물명칭 OOO, 주용도 교육연구시설(연구소),  연면적 20,344.8㎡로 기재되어 있다.

 

   (라) 처분청은 2011.5.16. 청구법인이 신청한 건축물 착공신고를 수리하였다

 

   (마) 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점토지상에 기업부설연구소용 건축물을 건축 중인 것에 대하여는 처분청과 청구법인간 이견이 없는 것으로 확인된다.

 

  (2) 쟁점에 대해 살펴본다.

 

   (가) 지방세특례제한법 제46조 제1항의 규정에 의하면 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제45조의 규정에 의하면 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함토록 규정하고 있다.

 

   (나) 살피건대, 청구법인은 기업부설연구소를 설치·운영하다가 당해 기업부설연구소를 이전할 목적으로 쟁점토지를 취득한 사실이 인정되고, 종전에 연구소를 운영하다가 이를 이전하기 위하여 2011년 재산세 과세기준일 현재 쟁점토지상에 공장과 연구소 용도의 건축물을 신축 중에 있었던 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지 중 기업부설연구소용 건축물의 부속토지에 해당되는 부분은 지방세특례제한법 시행령 제45조의 문언상 재산세 감면대상에 해당된다고 보여지고, 처분청의 의견과 같이 기업부설연구소용으로 이전할 목적으로 토지를 취득하여 건축 중에 있는 경우에는 직접 사용의 범위에서 제외된다고 볼 수 있는 아무런 합리적인 근거를 찾을 수 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점토지에 대하여 기업부설연구소용 건축물을 신축 중에 있는 경우에는 재산세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다OOO. 

 

4. 결  론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.