제2007-765호

결     정     서


청  구  인  (주)○○○○ 대표이사 ○  ○  ○
             ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지
대  리  인  세무회계사무소 세무사 ○  ○  ○
             ○○○○시 ○○○구 ○○○동 45-15번지 ○○빌딩 410호
처  분  청  ○○○○시 ○○구청장

    위 당사자간 등록세 등 부과 사건에 관하여 2007년 11월 14일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

    청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유          

1. 원처분의 요지

   처분청은 청구인이 1996.3.21. 설립 및 2001.12.5. 해산간주 및 2003.5.19. 회사계속된 법인을 인수한 다음 2003.7.30. 취득한 ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지외 3필지 토지(취득가액 11,000,000,000원) 및 2006.6.2. 신축한 위 토지상 건축물(취득가액 15,497,639,865원)에 대하여 대도시내 법인설립 5년내 등기로서 중과세대상임에도 일반세율로 등록세 등을 각각 신고납부한 것을 확인하고, 위 부동산 및 신축 건축물의 취득가액을 각각 과세표준으로 지방세법 제138조제1항 등의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,126,375,850원, 지방교육세 207,114,610원, 합계 1,333,490,460원(가산세 포함)을 2007.10.19. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

   청구인은 주식회사는 설립등기를 마침으로서 성립하여 법인격을 취득하게 될 뿐 그 영업행위를 하지 않았다하더라도 법인설립에는 아무런 지장이 없는 것이므로 휴면법인으로 있다가 회사계속된 경우도 달리 볼 수 없고, 또한, 주식회사는 주식의 양도 및 양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관 및 목적사업 및 자본금 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는 것이므로 이러한 인·물적 변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수 없다고 하면서 이러한 경우 휴면법인은 당해 법인의 법인격이 소멸된 것이 아니므로 그 법인설립시기는 최초 법인설립등기일이라는 행정자치부 유권해석(세정-3783호, 2005.9.5. 등)이 반복적으로 지속됨으로서 당해 사실이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 상태에서 발생된 이 사건 부동산 및 자본증자 등기에 해당되므로 새로운 유권해석(세정-2081호, 2006.5.23.)을 적용하는 것은 소급금지과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

   이 사건 심사청구의 다툼은 해산간주 및 회사계속 등기된 대도시내 설립 5년 이상인 법인을 인수한 후 상호 및 임원 등을 변경한 경우, 법인설립일은 회사계속등기일(변경등기일)로 보는 것이 타당한 지 여부에 있다 하겠다.

   먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법(적용한 구법률과 현행법 내용이 동일하므로 현행법으로 한다)  제137조제1항에서 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 하고, 같은 법 제138조제1항에서 그 제1호의 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 및 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 등을 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고, 같은 법 제150조의2제2항에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 하며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하면서 "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하고, 상법 제434조에서 제433조제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 하여야 한다고 하며, 상법 제517조에서 주식회사는 그 제2호의 주주총회의 결의 등의 사유로 인하여 해산한다고 하고, 상법 제518조에서 해산의 결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다고 하며, 상법 제519조에서 회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다고 하며, 상법 제520조의2제1항에서 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다고 하고, 그 같은 조제3항에서 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다고 규정하고 있다.
 
   다음으로 청구인의 경우를 보면, 1996.3.21. (주)○○유통(이하 “위 휴면법인”이라 한다)은 본점소재지를 ○○○○시 ○구 ○○○ 2가 66-1번지로, 목적사업은 혼합조제 조미료(소스) 제조업 및 육류·도소매업 등 10개 업종으로 하여 설립되었고, 2001.12.5. 상법 제520조의2제1항의 규정에 의하여 해산간주된 다음 2003.5.19. 회사계속 등기되었으며, 임원에 관한 사항에서 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○은 1996.3.21. 취임한 후 2001.12.5. 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산말소 등기된 것이 등재되었고, 2003.5.19. 위 휴면법인이 회사계속 등기와 동시에 상호를 청구인으로, 본점 소재지를 ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지로, 목적사업은 위 휴면법인의 종전사업을 모두 삭제와 함께 건설업·부동산임대/매매업·금융관련서비스업·유무선통신업 등 14개 업종으로, 임원에 관한 사항도 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○ 등이 새로 취임한 것으로 하여 각각 변경 등기하였으며, 2003.7.30. 청구인은 ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지외 3필지 토지를 취득등기하였고, 2006.6.2. 위 토지상 건축물을 신축취득하여 소유권보존등기를 경료한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

   이에 대하여 청구인은 설립일 이후 상법에 의하여 사실상 청산종결 등기를 한 사실 없이 해산의제 후 3년 이내에 회사의 계속 등기를 필하였으므로 설립일 이후 계속적인 법인의 권리능력을 갖고 있는데도 처분청이 휴면법인의 회사계속일(변경등기일)을 법인설립일로 보는 것은 행정자치부 유권해석에 대한 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하므로 이를 보면, 지방세법 제138조제1항에서 대도시내 법인설립 5년내의 법인 설립이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 3배로 중과세하는 취지가 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 복지국가적 정책목표를 달성하기 위하여 자연인에 비하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다고 하는 것(헌법재판소 1998.2.27. 선고 97헌바79 판결)이나, 실제는 이러한 중과세 취지에 해당됨에도 단지 조세회피목적으로 대도시내 설립 5년 이상된 휴면상태의 법인을 인수한 다음 표면상 휴면법인이 부동산을 취득하는 것으로서 포장된 경우까지 성실하게 조세의무를 다하는 납세자와 동일하게 보는 것은 조세형평에 위배됨은 물론, 특히, 기존회사의 채무면탈을 목적으로 기업의 형태와 내용이 실질적으로 동일하게 설립된 신설회사가 기존회사와 별개의 법인격임을 내세워 그 책임을 부정하는 것은 신의성실에 반하거나 법인격을 남용하는 것으로서 허용될 수 없는 것(대법원 2004.11.12. 선고 2002다66892 판결 등) 및 지방세법 제138조제1항제3호 등에서의 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시 등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다고 할 것(유사한 취지의 서울행정법원 2007.4.26. 선고, 2006구합37271 판결) 및 비록 법인설립등기는 없었지만 법인격이 계속 유지된 것을 제외하면 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경됨으로서 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이가 없다는 점에서 중과세 취지에 따라 이러한 인수행위 및 조직변경에 관하여 등록세를 중과세함이 합당하다는 것(유사한 취지의 서울고등법원 2007.12.4. 선고, 2007누12691 판결)에 비추어, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 등기부상 제반사항을 변경함과 동시에 회사계속등기한 경우는 그 계속등기일을, 회사계속된 회사를 인수하여 등기부상 제반사항을 변경등기한 경우는 그 변경등기일로 본다(행정자치부 심사결정 제2007-491호, 2007.10.1. 및 제2007-128호, 2007.3.26. 및 유사한 취지의 유권해석 지방세정팀-2081호, 2006.5.23.)고 하는 것이 실질과세 원칙상 상당하다고 할 것으로서, 청구인의 경우, 1996.3.21. 위 휴면법인은 본점소재지를 ○○○○시 ○구 ○○○ 2가 66-1번지로, 목적사업은 혼합조제 조미료(소스) 제조업 등으로 하여 설립되었으나 2001.12.5. 해산간주와 동시에 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○은 해산말소 등기된 다음 2003.5.19. 회사계속 등기되었고, 2003.5.19. 청구인은 위 휴면법인이 회사계속 등기와 동시에 상호 및 본점 소재지를, 목적사업은 위 휴면법인의 종전사업을 모두 삭제와 함께 건설업 등 14개 업종으로, 임원에 관한 사항도 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○ 등이 새로 취임한 것으로 하여 등기부상 모든 사항을 변경 등기한 후 2003.7.30. ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지외 3필지 토지 및 2006.6.2. 신축 건축물을 취득등기한 것을 볼 때, 청구인은 위 휴면법인이 회사계속등기(2003.5.19.)와 동시에 등기부상 제반 사항을 모두 변경등기한 것으로 보아 위 계속등기일을 실질적으로 법인을 새로이 설립하였다고 봄이 위 대법원판례 및 지방세법상 중과세 취지상 상당하다 할 것이며, 이로부터 5년이내인 2003.7.30. ○○○○시 ○○구 ○○동 164-1번지외 3필지 토지 및 2006.6.2. 신축 건축물을 취득등기한 이상 이는 등록세 중과세요건에 해당하므로 처분청이 청구인에게 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 또한, 청구인은 새로운 유권해석을 적용하여 중과세율로 등록세 등을 부과한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나 행정자치부 유권해석은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력있는 심의의결기관에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 행정자치부장관이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로(유사한 취지의 행정자치부 심사결정 제2006-408호, 2006.10.30.) 소급과세금지의 원칙에 위배되었다는 청구인의 주장 역시 받아들일 수 없다고 하겠다.

   따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 
                                                2007. 12. 26.

                       행 정 자 치 부 장 관