청구번호 조심 2008지0616

주 문

처분청이 2008.5.14 청구인에게 한 등록세 62,384,940원, 지방교육세 11,714,980원, 합계 74,099,920원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 처분청은 청구인이 2004.4.13 업무 및 근린시설인 인천광역시 남동구 ○○○동 1142-20번지 ○○○ 522.47㎡(801호 143.52㎡, 802호172.25㎡, 803호 105.45㎡, 804호 101.25㎡, 대지 82.34㎡를 포함하여 이 하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 2004.4.16 소유권이전등기하면서 일반세율(1,000분의30)을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였으나, 2008.2.12～2008.2.22까지 실시한 인천광역시 종합감사결과, 청구인은 2004.3.27 인천광역시 남동구 ○○○동 1142-20번지 ○○○ 703호를 사업장 소재지로 하여 분사무소 등기를 필하고 2004.3.30 사업자등록을 한 후 2004.4.16 이 건 부동산을 소유권이전 등기하여 임대하고 있으므로 이 건 부동산을 대도시내에서 지점설치 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기에 해당된다고 지적됨에 따라 처분청은 이 건 부동산 등기당시의 취득가액 635,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기신고납부한 세액을 차감한 등록세 62,384,940원, 지방교육세 11,714,980원, 합계 74,099,920원(가산세 포함)을 2008.5.14 부과고지 하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

⑴ ○○○는 ○○○들의 자주적인 집합체로 자체회원들의 권익옹호와 지역시민의 ○○○건강을 위해 설립된 사단법인 ○○○협회 인천광역시지부로서 1990년에 설치되어 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 치과의사회로서의 사무를 수행해 왔으며, 자체규약을 정하여 회장․부회장․감사 등 임원을 선출하여 업무를 집행하고 회장으로 하여금 대외적인 대표로 행위하도록 하는 등 사실상의 지점역할을 수행하여 왔다.

⑵ 2004.4.13 취득한 이 건 부동산의 임차인에 대한 권리확보차원에서 2004.3.30 부동산임대업으로 사업자등록을 하였지만 실제 1990년부터 인적․물적설비를 갖추고 활동을 한 것이므로 처분청에서 사업자등록일을 기준으로 이 건 부동산을 대도시내 지점설치 후 5년 이내에 취득등기하는 부동산으로 보아 등록세를 중과세 한 것은 부당하다.

나. 처분청 및 인천광역시장의 의견

⑴ 청구인은 1957.1.30 서울특별시 영등포구 ○○○동 94-114번지 소재지를 주사무소로 하여 사단법인을 설립한 후 1995.3.14 주사무소를 서울특별시 성동구 ○○○동 81-7번지로 변경등기하였고, 2004.3.27 인천광역시 남동구 ○○○동 1142-20번지 ○○○ 703호에 인천분사무소 등기를 경료한 후 2004.3.30 사업의 종류를 부동산으로, 사업의 종목은 임대로 하여 남인천세무서장에게 사업자등록(사업자등록번호 ○○○ 대표자 김○○○)을 한 것으로 확인되고 있는 바,

⑵ 청구인은 2004.3.30 인천분사무소에 대한 사업자등록을 한 때에 지점설치가 되었다 할 것이고, 지점설치후 5년 이내인 2004.4.16 이 건 부동산을 취득과 함께 소유권이전등기를 필하고 인적․물적 설비를 갖추어 부동산임대업을 하고 있으므로 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세를 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시에서 분사무소를 설치 등기한지 5년이 경과한 법인이 같은 대도시내로 분사무소 소재지를 이전등기하고 처음으로 사업자등록을 한 경우, 사업자등록일을 지점설치일로 보아 그 후 5년 이내에 취득․등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

⑴ 지방세법 제124조(납세의무자)등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

⑵ 구지방세법 제138조(2006.12.30 법률 제8147호로 개정되기 이전의 것)(대도시 지역내 법인등기 등의 중과)① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 세율의 100분의 300으로 한다.(이하 생략)

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점․주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립․설치․전입 이후의 부동산 등기

⑶ 지방세법시행령(2000.12.29 대통령령 제17052호로 개정된 것)제102조(대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)② 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립․설치․전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기을 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

⑷ 구지방세법시행규칙(1984.5.12 내무부령 제414호로 신설된 것)제55조의 2(사무소 등)영 제102조제2항 후단에서 “내무부령이 정한 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장과 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상으로서 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조․가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

⑸ 지방세법시행규칙(1998.7.23 행정자치부령 제11호로 개정된 것)제55조의 2(사무소 등) 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 「법인세법」․「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」․「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조․가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

⑴ 구지방세법 제138조(2006.12.30 법률 제8147호로 개정되기 이전의 것)제1항 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 세율의 100분의 300으로 한다고 규정한 후 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점․주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립․설치․전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2000.12.29 대통령령 제17052호로 개정된 것)제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립․설치․전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기을 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있으며, 구같은 법 시행규칙(1984.5.12 내무부령 제414호로 신설된 것)제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 “내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장과 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상으로서 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

⑵ 지방세법시행령 제102조제2항에서는 당초 지점의 정의를 두고있지 아니하다가 1984.4.6 대 통령령 제11399호로 개정되면서 처음으로 지점등의 정의를 시행규칙에서 정하도록 하였고, 이에 1984.5.12 내무부령 제414호로 시행규칙 제55조의2를 신설하여 지점의 정의를 규정하고 1985.9.2 내무부령 제436호로 등록된 사업장으로 개정하였는 바, 지점에 관한 규정이 없었던 1984.5.12 이전에 있어서는 중과요건인 지점은 인적․물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 본점 이외의 장소를 지칭하는 것으로서 상업등기부상의 지점설치등기나 세법상의 사업자(사업장)등록을 요건으로 하는 것은 아니라 할 것이므로 어떤 법인이 위 시행규칙 제55조의2가 신설되어 시행되기 이전에 비록 사업자등록은 하지 아니하였지만 지점으로 인정될만한 사업장을 갖추고 있었다면 그 후 사업자등록을 하였다 하더라도 당초 그 지점의 설치효과는 지속된 것으로 보아 당초의 지점설치일을 기준으로 등록세중과 여부를 판단하여야 할 것(대법원 1993.1.15 선고 92누473판결)인바,

⑶ 청구인은 1976.12.8 인천시 중구 ○○○동 22번지에 분사무소등기를 한 후 1982년 5월부터 상주직원이 근무한 사실이 청구인이 제출한 법인장부 등에서 입증되고 있으므로 1982년 5월부터 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 사무를 행하는 분사무소를 설치한 것으로 보아야 할 것이고, 청구인이 구지방세법시행규칙(1984.5.12 내무부령 제414호)제 55조의 2가 신설되어 시행되기 이전에 비록 사업자등록을 하지 아니하였으나 1982년 5월부터 지점으로 인정될만한 사업장을 갖추고 있었으므로 2004.3.30 사업자등록을 하였다 하더라도 1982년 5월부터 지점의 설치효과는 지속된 것으로 보아야 할 것이므로 청구인이 분사무소를 설치한 날부터 5년이 경과한 2004.4.16 이 건 부동산등기를 한 이상, 이는 등록세의 중과세 대상이 되는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.