청구번호 조심 2008지0570

주 문

심판청구를 기각한다

이 유

1. 처분 개요

가. 청구인은 1999.2.2. 서울특별시 강남구 삼성동 ○○○번지에 본점주소지를 두고 상호를 (주)○○○(이하 “종전법인”이라 한다)로 하여 법인설립등기를 하였다가 2000.5.31. 폐업하고 사업활동을 하지 아니한 상태에서 존속하다가 2003.7.11. 상호, 본점, 임원에 대한 변경등기를 하고, 2003.7.15. 사업자등록을 한 후 2003.7.21. 목적사업 변경등기를 하고서 2005.1.15. 서울특별시 강동구 둔촌동 ○○○번지 토지 3,399㎡와 그 지상 건축물 9,139.82㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하여 2005.1.18. 소유권 이전등기를 하면서 이 사건 부동산의 취득가액 13,750,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항제3호(2)의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다.

나. 그러나 처분청은 종전법인이 사실상 폐업하였으나 법인등기만 유지되고 있던 상태에서 2003.7.11. 본점, 상호 등의 변경등기를 하고 사업자등록을 한 시점에서 대도시내에서 새로이 법인을 설립한 것으로 보고 이 사건 부동 산은 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대한 등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 이 사건 부동산의 취득가액에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 864,435,000원, 지방교육세 161,887,000원, 합계 1,026,322,000원(가산세 포함)을 2008.6.10. 부과고지하였다.

다. 청구인은 이러한 등록세 등 부과처분에 불복하여 2008.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조세법률주의 관점에서 지방세법상 회사의 설립에 대한 명문규정을 두고 있지 않는 한 회사의 설립에 관한 일반적인 규정을 두고 있는 상법에 의하여 회사의 설립여부가 확정되어야 할 것으로서, 상법상 주식회사의 설립은 설립행위와 설립등기를 필요로 하고 설립등기를 마침으로서 법인격을 취득하며, 청구인이 법인설립후 다음해인 2000년부터 영업활동을 하지 아니하였다고 하더라도 이러한 경우에 관하여 법률에서 법인격이 소멸한다거나 새로운 설립행위와 설립등기가 필요하다고 규정하고 있지 않는 한 청구인의 법인 설립일은 당초 설립등기일인 1999.2.2.이 되는 것이다.

(2) 납세자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 그 선택된 법률관계에 따라 조세가 결정되어야 하는 것으로서 청구인이 새로운 법인을 설립하는 것과 기존에 설립되어 있던 법인의 주식을 인수하여 지배권을 취득하는 방안중 후자의 방법을 선택한 이상 전자에 따라 과세할 수는 없다 하겠으며, 처분청과 같이 실질적으로 법인설립으로 본다고 하더라도 어느 정도 변경이 있어야 실질적인 법인설립으로 볼 것인지에 대한 규정이 없으므로 처분청의 주장과 같이 자의적으로 해석하는 경우 조세법률주의에 위배될 뿐만 아니라

(3) 세법 해석이나 세무행정관행이 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 간주되며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세할 수 없다 할 것으로서, 구 행정자치부장관은 종전부터 계속하여 청구인과 같은 경우 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다고 해석하고 있으므로 이러한 해석 또는 관행과 달리 그 후에 해석을 변경하고 소급하여 과세하는 것은 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

(4) 또한 설령 등록세 중과세 처분이 정당하다고 하더라도 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다는 해석이 일반적으로 관행으로 받아들여졌던 상황이므로 청구인에게 등록세 중과세 납세의무의 이행을 기대하는 것은 무리라고 하겠으므로 가산세를 가산하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하므로 이 사건 부과처분은 경정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득한 부동산에 대하여 등록세를 중과세하는 취지는 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존 개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 정책목표를 달성하기 위하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서 법인 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다 할 것이다.

(2) 청구인의 경우 형식상 종전 법인의 법인격을 승계하였을 뿐 실제로는 변경등기를 통하여 본점, 목적사업 등을 완전히 변경함으로써 종전 법인과의 동일성을 인정할 수 없다 하겠으며, 종전 법인과는 경제적 실질을 달리하고 있다고 할 것이므로 2003.7.11. 변경등기를 한 시점에서 실질적으로 대도시내에서 새로운 법인을 설립한 경우에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이 사건 부동산은 이와 같이 대도시내에서 새로운 법인설립후 5년 이내에 취득한 부동산에 해당된다 하겠으므로 등록세 중과세 처분은 정당하다.

(3) 또한 가 산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고 납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 않는 것이며, 등록세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 납세의무가 확정되는 신고납부방식의 조세로서 그 신고납부에 대한 책임은 납세의무자 스스로 부담하는 것이므로 가산세를 포함하여 부과고지한 처분도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

폐업중에 있는 법인을 인수하여 새로이 법인의 조직 등을 변경하고 사업을 개시한 경우 대도시내 새로운 법인설립에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부와 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 경우에 해당하는지 여부 및 가산세 부과의 적법 여부

나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용불동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

(2) 구지방세법시행령(2008.2.29. 법률 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에 서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등" 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 제82조 (국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 또는 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.

(4) 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(5) 상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

(6) 상법 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 법인등기부상 변경등기 내역은 다음과 같다.

(2) 청구인의 사업자등록 변경내역은 다음과 같다.

(3) 청구인은 2003.7.24. 이 사건 부동산과 그 내부 집기 비품 등에 대하여 청구외 권○○○과 매매대금을 14,357,000,000원으로 하고, 잔금지급일을 2005.1.20.로 하여 매매계약을 체결하였고, 계약상의 잔금지급일 이전인 2005.1.15.에 이를 취득한 후 2005.1.18.에 소유권 이전등기를 하였다.

(4) 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란 설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는 법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고 같은 항 제2호에서도 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고 규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다 할 것이며,

(5) 지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바 위 규정은 부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를 판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에 없 다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피 한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누12691 참조)으로 보아야 할 것이다.

(5) 청구인의 경우 종전법인은 1999.2.2. 설립 등기를 하였으나 이듬해인 2000.5.31. 폐업을 한 상태에서 3년이 경과한 2003.7.9.과 7.11.에 본점, 상호, 목적사업, 임원 등을 변경등기함으로써 비록 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 종전 법인을 인수함으로써 종전법인의 법인격이 유지되었다고 하더라도 종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이를 찾을 수 없으므로 법인등기부상 종전법인의 상호 등을 변경등기한 날인 2003.7.11. 청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이 날로부터 5년 이내인 2005.1.20. 청구인이 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 한 것은지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에 해당한다고 보여진다.

(6) 또한 휴면법인을 인수하여 변경등기를 하고 부동산을 취득하는 경우에 등록세 중과세 대상에 해당된다는 유권해석이 계속적으로 있었으므로 과세관행이 성립된 것으로 보아야 하며 이러한 과세관행 성립 이후에 유권해석을 변경하여 등록세를 중과세하고 가산세를 가산하여 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합되는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세 행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석 기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다.(참조판례 2006.6.29. 2005두2858)

(7) 청구인의 경우 새로이 대도시내에서 법인을 설립하는 것과 대도시내에서 휴면법인을 인수하여 사업을 영위하는 것과는 경제적 실질에 있어서 차이가 없다 할 것이고, 경제적 실질상 동일한 경우에 동일한 지방세 부담을 지우는 것이 타당함에도 청구인의 경우 등록세 중과세 부담의 회피를 위하여 유권해석만을 근거로 등록세 중과세 납세의무를 이행하지 아니하였으며, 청구인과 같은 사건에 있어서 등록세 중과세 대상에 해당된다는 유권해석이 단순히 반복되었다 하여 합법성의 원칙을 희생해서라도 청구인의 신뢰를 보호할만한 특별한 사정이 있다고 볼 수 있는 근거가 부족하므로 소급과세금지의 원칙에 위배된다거나 신고납부방식의 지방세인 등록세를 정당하게 신고납부하지 아니한 정당한 사유가 있는 것으로도 보여지지 아니한다.

(8) 따라서 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득 등기한 부동산으로 보아 등록세를 중과세하고 가산세를 가산하여 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008.12.31