청구번호 조심2008지0017

주 문

처분청이 2007.9.14. 청구인에게 한 취득세 200,296,210원, 농어촌특별세 10,383,800원, 등록세 201,626,320원, 지방교육세 37,320,860원, 합계 449,627,190원(가산세 포함)의 부과처분중 취득세 66,960,940원, 농어촌특별세 3,471,400원, 등록세 67,405,610원, 지방교육세 12,476,720원, 합계 150,314,670원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구인은 2005.10.12.부터 2006.12.29. 사이에 ○○○번지외 74필지 토지(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하면서 총 취득가액을 55,152,820,750원으로 하여 각 필지별로 취득세 등을 각각 신고납부하였다.

나. 처분청은 그 후 세무조사결과 이 사건 토지중 ○○○번지 5개 필지(이하 “이 사건 제1토지”라 한다)에 대하여는 취득가액중 6,385,900,000원을 과소신고하였고, 이 사건 토지의 취득과 관련된 연체료(891,781,000원), 중개수수료(233,318,182원)는 취득세 과세표준에 포함되어야 할 것인데도 이를 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고 이 사건 토지에 대하여 총 누락된 취득가액 7,510,999,182원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 200,296,210원, 농어촌특별세 10,383,800원, 등록세 201,626,320원, 지방교육세 37,320,860원, 합계 449,627,190원(가산세 포함)을 2007.9.10. 청구인에게 부과고지하였다.

다. 청구인은 이러한 취득세 등 부과처분에 불복하여 2007.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 당초 청구외 (주)○○○(이하 “양도법인”이라 한다)가 이 사건 토지에 대하여 주상복합건축물 신축사업을 추진하는 과정에서 이 사건 토지중 이 사건 제1토지에 대하여 담보목적의 신탁등기를 하고 청구외 (주)○○○으로부터 75억원에 상당하는 금전을 차용하여 사업을 추진하던 중 사업이 중단되었고, 청구인이 당해 건축사업에 대한 권리를 양수받기로 계약을 체결하였다.

(2) 청구인이 이 사건 토지상에 사업을 인수하기 위하여서는 청구외 (주)○○○ 소유의 이 사건 제1토지를 취득하여야 하였으므로 이에 대한 매매가격 1,114,100,000원과, 이 사건 토지중 범어동 555-1번지외 33필지(이하 “이 사건 제2토지”라 한다)에 대하여 청구외 (주)○○○이 기존 토지 소유자들에게 대신 지급한 중도금 1,268,386,000원과 연체료 등 부대비용을 포함하여 총 3,056,159,184원을 지급하였고, 양도법인의 청구외 (주)○○○에 대한 채무 50억원을 양수하였는 바, 청구인이 양수한 채무의 경우에는 양도법인의 사업권을 양수한 대가로서 이는 이 사건 토지의 취득가격에 해당되지 아니한데도 착오로 이러한 영업권의 가액을 건설용지계정에 계상하였던 것으로서 이러한 영업권의 취득가액을 이 사건 토지의 취득세 과세표준에 포함한 것은 부당하므로 이에 대한 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 이 사건 제1토지의 취득과 관련하여 지급한 비용중에는 이 사건 제2토지의 취득과 관련하여 지급한 금전이 포함되어 있고, 이 사건 제2토지에 대하여는 그후 토지별로 취득을 하면 취득세 등을 신고납부하였는데도 이 사건 제2토지와 관련하여 사업승계 당시 지급한 금전을 다시 이 사건 토지의 취득세 등 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 이중부과에 해당된다고 주장하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법 제111조제5항제3호에서 취득세의 과세표준의 경우 법인장부에 의하여 입증되는 취득가격의 경우에는 법인장부가액을 취득세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 청구인의 경우에도 이 사건 제1토지의 법인장부상 건설용지에 취득가액으로 계상되어 있는 금액을 기준으로 누락된 취득세 등의 과세표준으로 산정하고 이를 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과고지한 것이며 사업권 취득비용을 착오로 법인장부에 계상한 것이라는 주장 등은 인정할 수 없다.

(2) 이 사건 제2토지의 경우에도 법인장부상 가액을 기준으로 취득세 등을 부과고지하였으므로 취득세 등이 이중으로 부과되었다는 주장은 인정할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 토지 매매대금으로 법인장부상 계상하였으나 그중 일부는 사업양수에 따라 종전 사업자에게 지급한 영업권의 대가이므로 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다는 주장의 당부

(2) 취득세 등을 이중과세한 경우에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

(2) 지방세법 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

③ 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다

(3) 지방세법시행령 제82조의2 (취득가격의 입증등) ① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

(4) 지방세법시행령 제82조의3 (취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(5) 지방세법시행령 제99조의2 (과세표준액의 적용) ① 법 제130조제3항 단서의 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기·등록일 현재의 법인장부 또는 결산서등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 세무조사후 다음과 같은 방법으로 이 사건 부과처분의 과세표준을 산정하였다.

2006년말 장부상가액 (A)	중개수수료 (B)	기납부 과세표준 (C)	취득세 등 공제액 (D)	추징 과세표준 (A+B-C-D)
64,927,571,464	233,318,182	55,152,820,750	2,497,069,714	7,510,999,182
※ 장부가액에는 연체료 891,781,000원이 포함되어 있다

(나) 청구외 (주)○○○의 종합금융팀 구본운은 2006.3.30. 청구인에게 일반자금대출로 80억원이 대출되었으며, 대구광역시 수성구 범어동 556-3번지외 3필지(123.9평)의 담보신탁 공동1순위 우선수익권 증서가 있다는 내용의 확인서를 발급하였다.

(다) 청구인은 2006.3.30. 계약금 및 ○○○ 인수대금으로 25억원을 지급하였고, 같은 날 선급금 계정의 잔액 3,056,319,184원을 건설용지계정으로 대체하였으며, 2006.3.30. 8,056,319,184원이 선급금 및 미지급금 추후 지급분을 건설용지계정으로 대체한 것으로 거래처원장 및 대체전표에 기재되어 있다.

(라) 청구인은 거래처원장상 미지급금 계정에 이 사건 제1토지와 관련하여 2006.3.30. 50억원이 계상되었다가 같은 날 변제한 것으로 기재되어 있고, 대체전표상에서 같은 날 미지급금을 장기차입금으로 대체처리하였다.

(마) 2006.3.29. 청구인과 청구외 (주)○○○는 다음과 같은 내용을 주요내용으로 하는 사업양수도계약서를 체결하였다.

계약서상 주요조항	주요내용
제2조 (사업승계)	갑은 사업에 관한 다음의 내용을 을에게 양도한다 (1) 사업대상 부지에 대한 매수자의 지위 및 소유권 (2) 건축주로서의 지위 및 기타 인허가를 득한 자로서의 지위 (3) 기타 사업과 관련하여 갑이 보유하는 시행자로서의 일체의 권리
제3조 (특약사항)	1. 갑은 사업부지(별지목록 부동산)의 소유자(매도인)에 대한 매매계약자(매수인)의 모든 지위 및 일부 필지에 대한 소유권을 을에게 양도한다 2. 갑과 을은 본계약체결과 동시에 별지목록 부동산중 다음 5개 필지(이 사건 제1토지)에 설정된 갑의 근저당권자에 대한 피담보채무를 본 사업의 양수도계약의 잔금으로 처리한다. 3. 사업양도와 관련하여 갑은 사업부지에 대한 건축주의 명의를 을로 변경하는데 동의하며, 갑은 을에게 건축주 명의변경에 대한 관련서류(건축주 명의변경 동의서, 건축주 명의변경 신고서 등 관련서류 일체)를 제출한다 4. 갑이 사업에 기 지급한 토지매매금액 및 권리는 을에게 귀속된다.

 (바) 2006.3.30. 청구인은 이 사건 제1토지 및 그 지상 건축물에 대하여 매매대금을 1,114,100,000원으로 하여 소유권 이전등기를 신청하였다.

(사) 이 사건 제1토지의 2007.1.1.기준 개별공시지가는 다음과 같다.

○○○

(아) 청구인이 사업을 양수하기 전에 청구외 (주)○○○가 사업부지 취득과 관련하여 이 사건 제1토지를 제외한 나머지 토지와 관련하여 총 1,438,386,000원을 지급하였다.

(자) 청구인은 2007.1.1. 건설용지계정에서 영업권 계정으로 50억원을 전기오류수정으로 하여 대체처리하였다.

(차) 이 사건 제1토지의 가액에 영업권 가액이 포함되어 있는지 여부에 관하여 보면, 청구인이 2006.3.30. 사업을 양수도할 당시 사업양수도대금으로 25억원을 지급하고, 50억원의 채무를 인수하였으며 이러한 금액을 건설용지 계정에 모두 이체하였고, 이 사건 제1토지와 관련하여 법인장부상 토지 취득가액을 75억원으로 계상한 사실은 알 수 있으나, 이 사건 제1토지의 소유권 이전등기시 제출한 매매계약서상 금액이 1,114,100,000원이고, 개별공시지가가 2007.1.1.을 기준으로 424,786,925원인 점과 청구인이 채무를 인수한 50억원을 건설용지 계정에서 영업권 계정으로 수정 회계처리를 한 사실, 사업양수도계약서상 권리를 승계하기로 한 토지는 대부분 청구인의 사업부지중 2단지와 관련된 토지로서 2단지의 총 필지가 60필지이고 면적이 10,223.18㎡으로서 그중 이 사건 제1토지를 제외한 토지의 ㎡당 평균 매매가격이 5,432,098원이며, 이 사건 제1토지의 총 평균 ㎡당 매매가격이 17,285,088원이고 청구인이 영업권 대가라고 주장하는 50억원을 제외하면 평균 ㎡당 매매가액이 5,761,696원으로서 다른 토지의 매매가격의 평균과 유사한 점을 알 수 있다.

(카) 그러므로 청구인이 당초 등기시 제출한 매매계약서상의 매매금액이 훨씬 신빙성이 있는 취득가격이라 할 것이고 이러한 매매대금 1,114,100,000원에 청구인이 제3자에게 지급한 권리해지 비용 등 매입부대비용 492,920,000원을 합한 금액이 정당한 취득가액이라 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(타) 이 사건 제1토지의 법인장부상 취득가액중 신빙성 있는 매매계약서상의 취득가액을 제외한 금액 6,385,900,000원중에는 청구인이 사업양수도시 기존의 사업자인 (주)○○○가 종전 토지 소유자들에게 지급한 매입대금 1,268,386,000원과 이자상당액 117,514,000원이 포함되어 사업양수도가 이루어졌다고 보여지고, 사실상 사업양수도와 관련하여 사업부지의 실질적인 소유자는 채권자인 청구외 (주)○○○이었고, 이러한 상태에서 청구인이 이 사건 제2토지의 매수자 지위승계와 관련하여 청구외 (주)○○○에게 지급한 프리미엄 성격의 금전이라고 보기는 어렵다 하겠으므로 6,385,900,000원중 사업부지의 매도인에게 지급된 매매대금과 이자상당액을 제외한 50억원은 실질적으로 이 사건 제1토지의 취득과 관련없는 비용이라고 판단된다.

(파) 또한 청구인은 현재 총 119필지를 각각 1단지와 2단지로 구분하여 주택건설사업을 추진하고 있는 상태로서 청구인이 당초 사업양수도계약을 체결한 토지는 2단지와 관련된 사업부지로서 2단지 60필지에 대한 총 매매가액이 60,676백만원으로서 청구인이 영업권이라고 주장하는 가액 50억원은 전체 토지가액의 8%정도 수준이고, 주 택건설사업을 추진하기 위해서 청구인이 직접 토지를 개별 토지소유자들로부터 매수하는 경우 상당한 기간에 걸쳐 비용과 노력이 소요될 수 있는 점을 고려하면 종전 사업시행자가 이러한 토지 매수작업을 상당히 진척한 상태에서 이를 승계하는 경우 종전 사업자가 토지 구매를 위하여 지급한 직접적인 매수비용이외에 유무형적으로 매수에 소요된 비용 등을 보전하여줄 필요성이 있다고 보여진다.

(라) 따라서 청구인이 사업양수도계약서상 영업권에 대하여 명문으로 표시하고 있지 아니하고 지급한 금전과 채무인수액을 모두 이 사건 제1토지의 가격으로 계상하였지만 청구인이 채무를 인수한 50억원은 이 사건 토지의 취득가격이 아니라 사업양수도에 따라 사업권 양수의 대가로 지급한 영업권의 대가라고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이러한 영업권의 대가는 토지의 취득과는 별개의 권리에 대한 대가로써 취득세 등의 과세표준에 해당되지 않는다 할 것이므로 이 부분에 대한 청구인의 주장은 이유가 있다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 세무조사시 추징 과세표준 산정과 관련하여 2005년부 및 2006년말 사이에 청구인이 납부한 지방세로서 ○○○번지외 74필지 토지에 대하여 청구인이 취득세 907,033,560원, 농어촌특별세 57,003,700원, 등록세 1,103,062,420원, 지방교육세 220,612,470원을 납부한 것으로 계산하고 이러한 금액을 과세표준 산정시 제외하였다.

(나) 청구인은 이 사건 제2토지에 대한 과세표준이 이중으로 산정된 증빙자료로서 ○○○필지에 대한 취득세 등의 납부영수증을 제시하고 있다.

(다) 이 사건 제2토지와 관련하여 취득세 등이 이중으로 부과되었는지 여부에 대하여 보면, 이 사건 제1토지의 법인장부상 가액 75억원에는 이 사건 제1토지의 가액뿐만 아니라 잔금지금이 이루어지지 아니하여 취득세 납세의무가 성립되지 아니한 이 사건 제2토지의 가액 1,385,900,000원이 포함되어 있고, 이러한 금액은 사업 양수당시 취득이 이루어지지 아니한 사업양수도 대상 부지이었던 대구광역시 수성구 범어동 555-1번지외 44필지의 매수인 지위 승계와 관련하여 지급된 비용으로 보아야 할 것이고, 청구인은 이러한 매수인 지위를 양수한 사업부지에 대하여 취득이 이루어질 때마다 취득세 등을 납부하였다는 사실을 2006.3.29.부터 2006.5.24. 사이에 취득이 완료된 토지 23필지에 대한 취득세 및 등록세 납부영수증상에서 알 수 있다.

(라) 그러나 처분청은 이 사건 제2토지에 대하여 취득이 이루어진 이후인 2007.8월에 세무조사 결과 통보를 하면서 청구인이 제시한 영수증 상의 취득세 및 등록세 등과 그에 상응하는 취득가액을 과세표준 산정에서 제외하였음을 알 수 있다.

(마) 따라서 이 사건 제2토지와 관련하여 일부 취득세 등의 과세표준이 이중으로 산정되었다는 청구인의 주장은 인정할 수 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유가 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 10월 23 일