공장구내 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 등 면제 여부

<질의>
1. 거래처 회사
법인명：(주)○○○○○
설립일：2000년 6월 14일
대표자：○○○
업태 및 종목：제조 및 도매/이동통신용
전력 증폭기(파워앰프)
본사주소：서울특별시 ○○구 ○○동
지점 및 공장：○○ ○○시 ○○동
기업부설연구소：서울특별시 ○○구 ○○동
2. (주)○○○○○는 설립 후부터 (주)○○○○○에서 아파트형 공장을 임대받았으며 이 아파트형 공장을 2003년 12월 22일자로 매수하였습니다. 매수시 취득세 및 등록세를 납부하였습니다.
3. (주)○○○○○는 2000년 10월 17일자로 기술개발촉진법 제16조 및 동법시행령 제27조 제1항의 규정에 따라 기업부설연구소로 인정받았으며 지방세법 제282조에 의하면 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 면세되는 것으로 알고 있습니다.
4. (주)○○○○○가 취득한 아파트형 공장의 전체 전용면적중 약 61%는 기업부설연구소이므로(임대받을 때부터 현재까지 사용 중임) 기납부한 취득세 및 등록세의 약 61%는 당연히 환수 받을 수 있는지를 문의하오니 답변을 부탁드립니다.

<답변>
세정-4133, 2004. 11. 17
지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고, 동법시행령 제228조에서 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있습니다.
귀문의 경우 아파트형 공장을 임차하여 그 전용면적중 일부(61%)를 기업부설연구소용으로 직접 사용(과학기술부장관의 기업부설연구소 인정일：2000. 10. 27)하다가 동 아파트형 공장을 취득(2003. 12. 22)한 후 그 일부(61%)를 계속하여 기업부설연구소용으로 직접 사용한다면 지방세법시행령 제228조에서 기업부설연구소로 규정한 “토지 또는 건축물을 취득한 후 과학기술부장관의 기업부설연구소로 인정을 받을 것”이 아니라 토지 또는 건축물을 취득하기 전에 기업부설연구소로 인정받았다고 하더라도 기업부설연구소로 직접 사용하는 부분은 지방세법 제282조의 규정에 의거 취득(등록)세가 면제되는 것이나, 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.