대체취득으로 인한 취득세 및 등록세의 비과세 여부

본인은 ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리에 살고 있는데 2002년도 하반기에 본인이 살고 있는 집과 농토가 ○○○도 도청이전사업( ○○신도시지구택지개발사업)과 관련하여 강제 수용되어 2002년 12월에 수용보상금을 통장으로 수령하였습니다.
집이 없어졌기에 그 보상금으로 ○○○도 ○○시에 조그마한 아파트를 취득하고 등기를 하는 과정에 취득세와 등록세를 납부하라고 해서 이렇게 글을 올립니다.
○○○도 ○○신도시사업소에서 보상금을 지급할 때 집과 농토의 취득시 취득세와 등록세가 비과세 된다고 했는데 막상 ○○시에 아파트를 2003년 6월에 취득등기를 했더니 비과세가 되지 않는다고 합니다.

본인은 아파트를 구입 시 마땅한 아파트가 없어 갑이 2002년 5월에 분양계약을 체결해놓은 아파트를 2003년 3월에 분양권으로 인수하고 2003년 6월에 등기를 하였는데 ○○시에서는 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년 이내에 취득(건축중인 주거용 부동산을 분양 받은 경우에는 분양계약을 체결)하여야 하는데 본인의 경우 보상금을 수령하기 전인 2002년 5월에 갑과 분양계약을 체결하였으므로 본인이 분양권을 취득한 시점인 2003년 3월을 취득시점으로 보지 않고 갑이 분양계약 체결한 2002년 5월을 취득시점으로 보아 보상금 수령이 이전에 취득이 이루어 졌므로 비과세에 해당되지 않는다고 하는데 본인의 입장에서는 억울하여 이렇게 질의합니다.

과정을 요약하면 다음과 같습니다.
- 건설회사와 갑의 계약일 : 2002년 5월
- 본인 주택 및 농지 ○○○도로 소유권이전등기일 : 2002년 11월
- 본인의 주택 보상금 수령일 : 2002년 12월
- 본인과 갑의 아파트분양권 계약 및 대금지급일 : 2003년 3월
- 본인과 건설회사 잔금지급일 : 2003년 6월
- 본인과 건설회사의 아파트 소유권이전등기일 : 2003년 6월

본인은 시골에서 농사를 짓고 있는 농사꾼으로 아파트를 매입할 자금이 없는데 집은 수용되어 쫓겨나게 되고 마땅한 집이 없어 다른 사람(갑)이 분양계약 체결한 아파트를 보상금 수령액으로 중간에 취득하여 최근에 입주를 할 수밖에 없었습니다.
본인이 알기에 분양권은 건축 중에 있으므로 아직 등기가 불가능하여 전매하는 경우에 적법한 절차에 의하여 양수를 받았고 미등기 전매와 달리 법을 위반한 것은 아니라고 알고 있습니다.

지방세법 제109조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) 제1항에서 대체취득의 종기(終期)를 건축 중인 주거용 부동산을 분양 받은 경우에 마지막 보상금을 받은 날부터 1년 이내에 분양계약을 체결하게 되면 잔금은 대부분 아파트의 경우 건축전 선분양으로 인하여 잔금 지급일까지 1년을 경과하므로 잔금지급이 아닌 분양계약만 하더라도 취득한 것으로 보고 비과세 하겠다는 납세자를 보호하기 위한 법조문의 취지인 것으로 여겨지는데 ○○시에서 건축 중인 주거용 부동산인 경우 당초 분양계약을 취득일로 보고 보상금 수령일보다 앞서므로 과세된다 함은 납득이 가지 않습니다.
본인이 아파트를 취득한 시점은 2002년 5월이 아닌 2003년 3월에 분양권을 취득(2003년 5월 소유권이전)한 것은 명백하지 않습니까? 본인과 2002년 5월의 분양계약과 무슨 관련이 있습니까?


[세정 13407, 2003. 6. 30]
지방세법 제109조 제1항의 규정에 의거 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당 해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받 고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가 능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제 63조 제2항의 규정에 의하여 보상금을 채권으로 지급 받는 경우에는 채권상환기간 만 료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때(건축 중인 주거 용부동산을 분양 받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으므로,
귀문의 경우 토지 등을 수용당한 자가 마지막 보상금을 받은 날로부터 1년 이내에 공동주택의 분양권을 인수하고 마지막 보상금을 받은 날로부터 1년 이내에 당해 공동주택의 잔금을 지급하여 취득한 경우라도 다른 비과세 요건을 충족하는 경우에는 취득세 등의 비과세대상에 해당되는 것이나 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실 조사하여 판단할 사항입니다.