국가 등이 아닌 자로부터 전용면적 85㎡ 이하인 주택건설용 토지를 취득한 경우 농어촌특별세 비과세 여부

【질의】
1. 농어촌 특별세법 제5조제9호 및 제11호, 동법시행령 제4조제1항제4항 및 제6항제6호 규정은 물론, 특별감면조례에 대한 농특세, 비과세, 행정자치부고시 제1998-91호(1998.9.25행정자치부장관) 제9항·제10항 및 동 행정자치부 고시 제2000-37호(2000.12.30 행정자치부장관) 고시에서도, 9항(공동주택)과 10항(임대주택)에 대해서는 농특세를 비과세한다고 규정하고 있다.
2. 세정 13407-499(2002.5.28) 회신문에서도 임대사업자가 85㎡ 이하인 서민주택을 건축하기 위하여 토지를 취득한 후 85㎡ 이하인 건축을 신축한 경우라면 토지의 경우는 당해 토지를 누구한테 매수했는지 여부에 관계없이 주택 바닥면적에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 것에 한하여 농어촌특별세가 비과세되고, 건물의 경우도 85㎡ 이하인 서민주택인 경우라면 농어촌특별세가 비과세된다고 회신한 바도 있습니다.
3. 질의내용
가. 농어촌 특별세가 비과세되는 시점(년도)은 언제부터인지?
나. 일선 지방자치단체에서 행자부의 공문해석을 하는 것을 보면, 행자부 세정 13407-1354(97.10.30)는 국가 등이 아닌 자로부터 취득하는 경우 농특세를 비과세하지 않고 다만 신축된 건물에 대해서만 비과세하고, 행자부 세정 13407-181(2001.2.15)부터는 국가 등이 아닌 자로부터 취득하는 경우도 농특세 비과세가 가능하다고 해석하고 있는 바, 그렇다면 요건을 갖춘 임대사업자가 토지를 구입하여 85㎡ 이하의 건물을 신축 임대한 토지 취득시점을 기준으로 2001.2.15 이전에 국가 등이 아닌 자로부터 취득하는 토지는 농특세비과세혜택을 볼 수 없고, 2002.2.15 이후부터 가능하다는 것인지?
다. 서민주택 규모(85㎡ 이하)의 임대가 아닌 분양아파트의 공동주택 토지에 대한 비과세 해당여부 및 비과세 시점은?
라. 서민주택 규모(85㎡ 이상)의 임대가 아닌 분양아파트의 공동주택 토지에 대한 비과세 해당여부 및 비과세 시점은?

【회신】세정13407-866(2002.9.14)
농어촌특별세법 제4조제9호 및 제11호의 규정에 의거 대통령이 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록세에 부가되는 농어촌특별세 및 취득세·등록세 감면분에 부가되는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있고 동법시행령 제4조제4호의 규정에 의거 법 제4조제9호 및 제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택이라 함은 주택건설촉진법시행령 제30조제1항 단서의 규정에 의한 규모 이하의 주거용건축물과 그 부속토지(국가·지방자치단체 및 대한주택공사와 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함한다)로서 주택 바닥면적에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말하는 것으로 규정하고 있으며, 아울러 동법시행령 제4조제6항제6호의 규정에 의거 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제및불균형과세에관한조례에 의한 감면중 제1호 내지 제5호와 유사한 감면으로서 행정자치부장관이 재정경제부장관과 합의하여 고시한 것에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있고, 행정자치부 고시 제1999-1(1999. 1. 1.) 및 제 2000-37(2000. 12. 30)에는 공동주택에 대한 감면 및 임대주택에 대한 감면분에 부가되는 농어촌특별세는 비과세되는 것으로 규정하고 있으므로 귀문의 경우 국가 등이 아닌 자로부터 토지를 취득하여 85㎡ 이하인 공동주택을 신축하여 임대용이나 분양용으로 사용한 경우라면 그 취득시기에 관계없이 토지 및 건물분 농어촌특별세가 비과세되는 것이며, 토지를 취득하여 85㎡ 이상인 공동주택을 신축한 경우라면 농어촌특별세가 비과세되지 아니하나 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.