창업중소기업이 취득한 아파트형 공장에 대한 감면

당사는 1998년 7월에 벤처기업확인을 받았고 서울에 본점을 두고 공장은 경기도 성남시 아파트형 공장에 소재한 기업임. 당사는 아파트형 공장 3개 호실을 쓰고 있는데 그 중에 공장등록이 되어 있는 305호실에 취득세, 등록세 면제세액 추징 고지서가 나왔는데 이유를 알아보니 벤처기업으로 1999년 7월에 305호실을 취득하여 취득세, 등록세를 면제 받았는데 2001년 1월 전기업주의 인척이 경영하는 모회사에게 305호실의 일부를 임대하여 면제받은 세금의 일부를 추징한다는 것임. 하지만 당사는 실질적으로 임대료를 받은 적도 없었음.
조세특례제한법 제120조제3항에 의하면 취득일로부터 2년 이내 당해 사업에 직접 사용하지 않는 경우에는 면제세액을 추징한다고 하는데 사업장 축소나 사업규모 축소 등으로 여유공간을 회사와 연관되는 기업에 이용케 하였다고 추징을 당하여야 하는지?당사는 향후 주주들의 단결로 2월중 유상증자 등을 통해 자금을 유입하여 현재 3개 호실을 쓰고 있는 것을 정리하여 다른 곳으로 이전하고 싶어 하는데 취득세, 등록세 면제세액을 추징당하지 않으려면 취득일로부터 몇 년 이후이면 가능한지, 관할구청 및 기타 다른 곳에 문의하였더니 2년, 5년 등 답변이 달라 어느 것을 기준으로 하여야 할지 모르겠음.
그에 대한 답변을 부탁드리며 현재 유휴공간을 임대하고 싶은데 이 또한 추징사유가 되는지?본점이 서울인 관계로 성남의 모든 것을 옮기고 싶은데 당사는 1998년 7월에 처음 벤처 기업확인을 받아 현재 이후 취득하는 부동산에 대해서는 면제혜택을 받지 못하는 것으로 아는데 벤처빌딩 분양입주시는 면제가 가능하다고 하는데 사실인지?

【회신】 세정 13407-130(2002. 2. 5)
구 조세특례제한법(법률 제5584호, 1999.8.31 개정 이전의 것) 제119조제3항 및 제120조3항의 규정에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하나 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징토록 규정하고 있음.
벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업한 중소기업이 벤처기업으로서 사업용 아파트형 공장을 취득하여 당해 사업에 직접 사용후 임대하는 경우 기 감면된 취득세등은 추징되지 아니하나 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우라면 기 감면된 취득세 등이 추징되는 것이지만 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항임.