주차용도와 주차이외의 용도에 사용되는 건축물 및 그 부속토지에 대한 취득세·등록세 감면

【질의】
1. 사실관계
A법인은 1996.10.29. 서울시 강남구 ○○동 678-14번지 토지를 주차전용건축물을 신축목적으로 취득한 후, 2000.1.13. 그 지상에 주차전용건축물을 완공한 후 현재까지 주차전용건축물로 사용되고 있음.

(1) 토지분양계약체결: 1995.11.21. 대한주택공사로부터 토지분양계약체결(지정용도: 노외주차장)
(2) 주차전용건축물 건축허가신청: 1996.7.16. 건축허가를 득함(지하5층, 지상7층, 연면적 45,054.52㎡)
(3) 토지의 취득: 1996.10.29. 구서울특별시감면조례 제12조(주차장에 대한 감면) 규정에 의거, 토지의 취득세 및 등록세에 대하여 감면받음. 감면세액의 20%인 58,400,200원은 농특세로 납부
(4) 주차전용건축물
건축공사착공: 1996.11.1.
공사기간 : 1996.10.11.∼1999.3.31.(30개월)
(5) 토지에 대한 취득세, 등록세 합계 70,279,370원 부과 : 쟁점 토지는 주차장전용건물로 취득세 및 등록세를 감면받았으나, 건축허가상 주차장전용건축물 내에 감면대상이 아닌 근린생활시설 및 업무시설이 있어 그 시설부분에 해당되는 토지의 취득세 및 등록세를 부과
(6) 주차전용건축물 완공: 2000.1.13. 지하5층, 지상6층, 연면적 42,514.16㎡
- 주차시설 29,011.86㎡(70.1%)
- 판매시설 12,358.51㎡(29.1%)
- 공유시설 1,143.79㎡
(7) 토지에 대한 취득세 및 등록세 합계 329,409,980원 부과(2001.7.11.): 토지에 대하여 1998.7. 과세한 부분을 제외한 나머지 토지에 대하여, 이를 판매시설부설주차장으로 감면대상에서 제외되는 것으로 보아 기감면된 취득세 및 등록세를 부과(8) 2001.8.7 위 부과액에 대한 심사청구를 함.
* 결정내용: 사건토지는 노외주차장의 부속토지로 사용되고 있다 할 것이므로, 과세면제된 취득세 및 등록세 등을 추징한 것은 잘못이라 하겠음. 따라서 처분청이 고지한 329,409,980원을 취소한다.

2 질의 내용
A법인의 경우에 주차전용건축물에 대한 취득세 및 등록세 등도 감면되어야 하는지.
<갑설> 주차전용건축물에 대한 취득세 및 등록세 등도 주차 이외의 용도에 사용하는 부분을 제외하고 감면되어야 하므로 기납부한 세액 중 70.1%는 과오납으로 환급되어야 한다.
(이유) 서울시감면조례 제12조 제1항 제1호에 근거

<을설> 주차전용건축물에 대한 취득세 및 등록세 등도 100% 감면되어야 하므로 기납부한 세액은 과오납으로 환급되어야 한다.
(이유) 서울시감면조례 제12조 제1항 제2호에 근거

<병설> 주차전용건축물에 대한 취득세 및 등록세 등은 감면대상이 아니므로 기납부한 세액은 과오납이 아니다.
(이유) 주차전용건축물 내에 판매시설(29.1%)로 사용하는 부분이 있어 감면대상이 아님.


【회 신】 세정13407-612(2001.11.30.)
구서울특별시세감면조례(서울특별시조례 제3813호, 2000.12.30. 개정 전의 것) 제12조 제1항의 규정에 의거 주차대수 20대 이상의 주차전용건축물(근린생활시설 등 주차시설이 아닌 부분은 제외한다) 및 그 부속토지(지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제5호의 규정에 의한 용도지역별 적용배율 곱하여 산정한 면적을 초과하는 부분은 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 주차장법 제2조 제5의 2호 및 동법시행령 제13조의 2 제1항 단서규정에 의거 주차전용건축물이라 함은 건축물의 연면적 중 주차장으로 사용되는 부분의 비율이 95% 이상인 건물과 주차장 이외의 용도로 사용되는 부분이 건축법시행령 별표 1의 규정에 의한 판매 및 영업시설 등인 경우에는 주차장으로 사용되는 부분이 70% 이상인 건물로 규정하고 있음.
귀문의 경우 주차장법에 의한 주차전용건물인 경우 주차장으로 사용되는 면적에 한해 취득세 등이 면제되나 판매시설 등 주차시설로 사용되지 아니하는 부분에 대하여는 취득세 등이 면제되지 아니하는 “갑설”이 타당(행정자치부 심사결정 제2001-473 참조)함을 알림.