대도시내에 포괄적 사업 양수도로 취득한 공장을 물류창고로 사용시 등록세 중과세 여부
【질의】
포괄적 사업양수도에 의하여 대도시 내에서 공장을 취득한 후(당초 등록세주오가가 배제) 당해 공장의 생산시설을 지방으로 이전한 경우 중과세추징 여부에 관하여 다음과 같이 질의함.
A사는 1997년에 설립(본점 : 경상남도)하여 비알콜성음료제조 및 판매업을 영위하고 있는 회사임. A사는 1997.12.30.자로 맥주와 비알콜성음료의 제조 및 판매업을 영위하고 있던 B사의 비알콜성음료사업부분에 대하여 그 영업 및 관련자산 일체를 포괄적으로 양수함에 따라 서울지역에 위치한 공장 및 영업소용 토지와 건물을 포함한 일체의 사업용자산을 그 영업형태와 인적·물적설비의 변동없이 그대로 인수하였음. 이와 관련하여, A사는 당해 사업의 포괄적 양수도로 인하여 취득하게 되는 토지와 건물이 지방세법 제138조 제1항 제3호, 동법시행령 제
102조 제2항에 규정되어 있는 대도시 내에서의 지점 또는 분사무소(공장 포함) 설치에 따른 등록세 중과대상에 포함되는지의 여부에 대하여 귀 부서에 질의하였으며, 그 결과 “사업양수도계약에 따라 양도법인으로부터 영업 및 관련자산 일체를 포괄적으로 양수받아 그 사업을 영위하기 위하여 부동산을 취득함과 동시에 양도법인의 본점·지점·사무실을 양수법인의 지점·사무실 등 형태로 유지시킨 것이라면 종전에 없던 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점·사무실 등을 소속만 바꾸어 유지·존속시킨 것에 불과하므로 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 등록세 중과세대상이 아니다”라는 회신(세정 13407-가227, 1998.3.7)을 받아 당해 취득공장에 대하여 일반세율(1,000분의 30)로 등록세를 납부하였음.
그후 A사는 당해 공장에서 종전의 형태대로 생산 및 물류보관 등의 활동을 계속하다가 생산시설의 집적 및 대형화를 통한 생산성 향상 및 경영효율화를 위하여 1999.10.경 당해 공장 내 생산설비 일체를 지방으로 이전하였으며, 현재는 당해 공장건물과 토지를 물류창고 등의 용도로 사용하고 있음.
1. 위와 같이 공장을 창고로 용도를 변경하여 사용하는 경우 이를 본점용 부동산으로 보아 취득세 중과세를 납부해야 하는지.
2. 포괄적 사업양수도에 해당되어 당초 등록세 중과가 배제된 공장에 대하여 그 생산설비와 기능을 지방으로 이전하고 창고 등 다른 용도로 사용하였다는 이유로 당초 배제되었던 중과분 등록세를 납부하여야 하는지.

【회신】 세정13407-130(2001.2.2)
1. 질의 1에 대하여
지방세법 제112조제3항의 규정에 의거 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한함)을 취득하는 경우에는 취득세가 중과세되는 것이나, 귀문의 경우 당해 법인의 본점의 사무소로 사용하는 본점사업용부동산이 아닌 물류창고는 이에 해당되지 아니함.
2. 질의 2에 대하여
지방세법 제138조제1항제3호 및 동법시행령 제102조제2항의 규정에 의거 지점설치 이후의 부동산등기는 지점 등이 설치된 이후 5년 이내에 취득하는 업무용, 비업무용 또는 사업용, 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하는 것이나, 귀문의 경우 사업의 포괄양수도로 일체의 사업을 그대로 양수한 후 지점설치없이 종전의 공장부지 내에 물류창고용으로 사용한다고 하더라도 새로운 지점설치가 되지 아니한 이상 등록세가 중과세되지 아니하나, 이에 해당 여부는 과세권자가 법인등기부, 사업자등록, 새로운 지점 설치 여부 등을 관련자료에 의거 사실조사 후 판단할 사항임.