【질의】
건축자재 및 유리제품제조를 주된 사업으로 하는 주식회사 ○○(회사설립일 1958.8.12. 이하 “존속법인”이라 함)이 도료 및 PVC바닥재제품제조가 주업인 ○○화학주식회사(회사설립일 1974.7.18. 이하”소멸법인”이라 함)를 흡수합병(합병기일 2000.3.31. 합병등기일 2000.4.1.)하고 흡수합병법인의 상호는 (주)○○○○화학임.
이는 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호 및 동법시행령 제116조 제1항에 의한 합병에 해당되며 합병법인((주)○○○○화학)의 소멸법인명의 부동산취득 등기와 관련하여 양론이 존재하고 있음.
1. 존속법인의 소멸법인명의 부동산취득등기(○○화학(주)→(주)○○○○화학)와 관련하여 지방세법 제110조 제4호 단서에 의하면 “취득한 과세물건이 합병 후에 제112조의 2 및 제112조의 3의 규정에 의한 과세물건에 해당하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다(비과세된 취득세를 추징)”라고 되어 있고, 또한 소멸법인명의 부동산을 존속법인명의로 등록시에는 감면등록세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하도록 되어 있음.
이와 같이 합병원인으로 취득한 물건이 지방세법 제110조 제4호에 의한 단서조항에 해당될 경우 추징될 취득세와 소멸법인명의부동산을 존속법인명의로 등기시 납부할 농어촌특별세계산시 감면등록세액의 과세표준은 지방세법 제111조 제2항 제1호 및 제2호에 의한 시가표준액인지 소멸법인의 미상각장부가액인지 여부?
2. 소멸법인의 물권(근저당권 등)을 흡수합병법인인 (주)○○○○화학으로 명의변경등기시 지방세법 제131조 제1항 제6호의 세율(설정금액의 1000분의 2)을 적용하는지, 또는 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호의 규정에 의한 합병으로 인한 양수재산의 범위에 포함되는지 여부?
포함될 경우 납부할 농어촌특별세계산시 감면등록세액의 과세표준은?
3. 법인의 비업무용토지 해당 여부?
가. 소멸법인의 취득토지가 지방세법시행령 제84조의 4 규정에 의한 비업무용토지 판정 유예기간 도래 전 합병으로 인하여 존속법인에게 승계된 경우, 그 토지를 소멸법인이 최초취득한 날과 합병으로 존속법인이 승계취득한 날 중 어떤 날을 비업무용토지의 판정기산일로 하는지 여부?
나. 존속법인과 소멸법인이 공동지분으로 취득한 토지가 비업무용 판정 유예기간도래 전 소멸법인의 취득지분이 존속법인으로 승계된 경우, 비업무용판정의 기산일은?
다. 소멸법인이 5년 이상 사용한 부동산을 합병 후 존속법인이 2년 이내에 매각하였을 경우, 지방세법시행령 제84조의 4 제1항 제2호 나목에 해당되는지 또는 비업무용토지에 해당하는지 여부?
라. 합병 전 소멸법인의 사업부지에서 제외된 일부토지가 비업무용토지로 판정되어 취득세중과분을 납부한 후 존속법인이 소멸법인의 취득세중과된 토지를 승계취득하게 되는 경우, 존속법인이 소멸법인의 취득세중과된 토지를 2년 이내에 매각하거나 업무에 직접 사용함이 없이 소유하고만 있다면, 지방세법 제112조의 규정에 따라 존속법인이 재차 취득세중과세를 부담하여야 하는지 여부?
마. 상기 ‘가’ 내지 ‘라’목의 경우 취득세중과대상에 해당한다면 그 과세표준은?

【회신】 세정13407-548(2000.4.24)
1. 귀문 1에 대하여 법인의 합병으로 인하여 취득·등기하는 물건에 대한 취득세와 등록세의 과세표준은 지방세법 제111조 제2항 규정에 의한 시가표준액임.
2. 귀문 2에 대하여 조세특례제한법시행령 제116조 제1항 제2호의 규정에 의한 합병에 해당하는 경우에는 소멸법인의 근저당권을 합병법인이 인수하여 명의변경하는 경우에는 조세특례제한법 제119조 제1항의 규정에 의하여 등록세가 면제됨.
3. 귀문 3에 대하여 소멸법인의 토지를 합병으로 인하여 존속법인이 승계취득하는 경우 존속법인이 승계취득한 날이 비업무용토지 유예기간 기산일이며 존속법인이 합병으로 취득한 토지를 5년 이내 매각하거나 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세된 취득세가 추징됨과 동시에 취득세가 중과되며 이 때의 과세표준은 시가표준액이 됨.