【제      목】 감면대상인 기업부설연구소는 기업부설연구소로 인정받아 사용하는 부분만을 말하는 것이며, 산업단지 내에 있는 기존 공장을 취득하여 증축하였다면 증축된 건축물은 감면대상이나 그 부속토지는 기존 공장용토지에 해당하여 면제대상에 해당하지 않음

【사건번호】 행심2005-62, 2005.03.03  

【주문】
  청구인의 심사청구를 기각한다.
  
【이유】
  1. 원처분의 요지
  처분청은 청구인이 2003.5.29. 대전광역시 대덕구 ○○동 78-2번지 공장용지 3,298.2㎡와 공장용건축물 1,647.64㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 취득한 데 대하여 구지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조의 규정에 의하여 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하고 있는 부동산으로 보아 재산세(2003년∼2004년도)와 종합토지세(2003년도)도 과세면제하였으나, 2004.7.13. 대전광역시 세무조사결과 2003.7.26. 기계장비조립용 플라스틱제품 제조업으로 등록하여 제조공장으로 사용하고 있으므로, 이 사건 부동산의 취득가액(907,900,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 21,789,600원, 농어촌특별세 1,997,380원, 등록세 32,684,400원, 지방교육세 5,992,140원, 합계 62,463,520원(가산세 포함)은 2004.10.10. 부과고지하고, 각 연도별 재산세와 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 2003년도에는 이 사건 부동산 전체를, 2004년도에는 이 사건 부동산 중 2003.11.18. 기업부설연구소로 인정받은 일부(건축물 62.2㎡, 부속토지 124.51㎡, 이하 "기업부설연구소용부동산"이라 한다)를 제외한 나머지 면적(건축물 1,585.44㎡, 부속토지 1,523.14㎡, 이하 "공장용부동산"이라 한다)에 대하여 재산세 1,206,540원, 종합토지세 465,630원, 도시계획세 3,760원, 공동시설세 5,980원, 지방교육세 334,420원, 합계 2,016,330원을 2004.9.10. 부과고지하였으며, 2004년도 정기분 종합토지세 526,990원, 도시계획세 365,110원, 지방교육세 105,390원, 합계 997,490원을 2004.10.2. 부과고지하였다.
  
  2. 청구의 취지 및 이유
  청구인은 지방세법 제282조에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 과학기술부장관의 인정을 받으면 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은법 제276조에서 산업단지 안에서 공장용건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 연구과제인 "풍력발전시스템개발"을 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 현재까지 계속하여 연구를 진행하고 있음에도 처분청은 연구과제를 검토하지도 아니한 채 기업부설연구소용부동산이 아니라고 판단한 것은 잘못이라 하겠으므로, 2003.11.18. 기업부설연구소로 인정받은 면적(2층 62.2㎡) 뿐만 아니라 실제 연구소로 사용하는 부분에 대하여도 취득세 등을 면제하여야 할 것이고, 또한 이 사건 부동산 취득당시부터 공장용건축물이 협소하여 건축물을 증축할 계획으로 있어 2004.6.2. 처분청으로부터 건축허가를 받아 건축물 일부(49㎡)를 철거한 후 별동공장(나동) 1,403.76㎡를 증축한 다음 2004.9.9. 사용승인을 받았으므로, 증축면적 비율만큼의 토지는 당초 공장용건축물을 증축하기 위하여 취득한 것으로 보아 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하고 있다.
  
  3. 우리부의 판단
  이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 취득한 기업부설연구소용부동산을 다른 용도로 사용한 경우 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부와 산업단지 내의 기존공장용건축물 일부를 철거한 후 증축한 경우 증축면적 비율만큼의 토지가 취득세 등의 면제대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다.
  먼저 관계법령의 규정을 보면, 구지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은법 제276조 제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용건축물(이하 이 조에서 "공장용건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다고 규정하고 있고, 구지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조에서 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으며, 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항에서 법 제7조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있다.
  다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.5.29. 이 사건 부동산을 취득한 후 2003.7.14. 이 사건 부동산소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 하였고, 2003.7.18. 기계장비조립용 플라스틱제품 제조공장(공장용지 면적 3,298.2㎡, 제조시설 면적 1,248.0㎡, 부대시설 면적 399.6㎡)을 설립한 후 2003.7.26. 공장등록을 한 사실과 2003.10.29. 청구외 한국산업기술진흥협회에 연구공간을 대전광역시 대덕구 △△동 1692-5번지 소재지(면적 62㎡)에서 대전광역시 대덕구 ○○동 78-2번지 소재지(면적 62.2㎡)로 변경하는 내용의 연구소 변경신고서를 제출하여 2003.11.18. 기업부설연구소 인정서를 교부받았으며, 그 후 2004.8.5. 청구외 한국산업기술진흥협회에 연구공간을 종전 62.2㎡에서 1,126.2㎡로 변경하는 내용의 연구소 변경신고서를 제출한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다.
  이에 대하여 청구인은 연구과제인 풍력발전시스템개발을 위하여 이 사건 부동산취득 이후 현재까지 계속하여 연구를 진행하고 있으므로, 기업부설연구소로 인정받은 면적(2층 62.2㎡) 뿐만 아니라 실제 연구소로 사용하는 부분도 취득세 등의 면제대상이라 하겠고, 또한 공장용건축물 일부를 철거한 후 별동공장(나동)을 증축한 다음 사용승인을 받았으므로, 증축면적 비율만큼의 토지도 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다고 규정하고 있으며, 구같은법시행령 제228조에서 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으나, 동 규정은 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하였다면 취득일부터 4년 이내에 다른 용도로 사용하지 아니하고 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 경우에 한하여 취득세 등을 면제한다는 것을 의미한다 하겠으므로, 부동산취득 이후 기업부설연구소가 아닌 다른 용도로 사용한 경우에는 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보기는 어렵다 할 것인바, 청구인은 2003.5.29. 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득하였다고 하여 취득세 등을 과세면제받았음에도 2003.7.14. 이 사건 부동산소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 하고 2003.7.18. 기계장비조립용 플라스틱제품 제조공장(공장용지 면적 3,298.2㎡, 제조시설 면적 1,248.0㎡, 부대시설 면적 399.6㎡)을 설립한 후 2003.7.26. 공장등록을 한 다음 제조업을 영위하다가 이 사건 부동산취득일부터 5개월이 경과한 2003.10.29.에야 청구외 한국산업기술진흥협회에 연구공간을 대전광역시 대덕구 △△동 1692-5번지 소재지(면적 62㎡)에서 대전광역시 대덕구 ○○동 78-2번지 소재지(면적 62.2㎡)로 변경하는 내용의 연구소 변경신고서를 제출하여 2003.11.18. 기업부설연구소 인정서를 교부받았고, 그 후 8개월이 경과한 2004.8.5. 연구공간을 종전 62.2㎡에서 1,126.2㎡로 변경하는 내용의 연구소 변경신고서를 제출한 사실이 사업자등록증, 공장등록증명서, 청구인의 2003년도 손익계산서 및 2003∼2004년도 제품매출현황, 기업부설연구소 변경신고서 등에서 확인되고 있는 이상, 청구인은 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 취득하였다기 보다는 공장용부동산으로 사용하기 위하여 취득하였다고 봄이 타당할 뿐더러, 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 경우에는 그때에 취득세 등의 과세요건이 성립되어 납세의무가 발생된다 하겠고, 그 후 취득한 부동산을 기업부설연구소로 변경한다 하더라도 일단 적법하게 성립된 납세의무를 소급하여 면할 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이고, 다만 재산세와 종합토지세는 과세기준일(6.1.) 현재 사실상의 현황에 따라 부과하는 조세이므로, 처분청이 2003년도에는 이 사건 부동산 전체를, 2004년도에는 공장용부동산에 대하여 기업부설연구소로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 사건 재산세와 종합토지세 등을 부과한 처분 또한 적법하다 하겠다. 또한, 구지방세법 제276조 제1항에서 산업단지 안에서 공장용건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다고 규정하고 있으므로, 이미 공장용건축물 등이 소재하고 있는 산업단지 내의 부동산을 취득한 경우에는 당해 토지와 공장용건축물은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한다 할 것이나, 추후 산업단지 내에서 공장용건축물을 증축한 경우라면 증축한 공장용건축물에 한하여 취득세 등의 면제대상에 해당된다 하겠고, 증축한 공장용건축물의 부속토지는 이미 기존공장용건축물의 부속토지로 사용되었다고 보아야 할 것이므로, 2004.9.9. 증축한 공장용건축물(면적 1,403.76㎡) 비율만큼의 토지가 취득세 등의 면제대상에 해당된다는 청구인의 주장은 받
  아들일 수 없다 하겠다.
  따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.