위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2005년 2월 11일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.


주 문 : 청구인의 심사청구를 기각한다.

이 유

1. 원처분의 요지

청구인은 2003.10.4. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지상에 ○○아파트 ○○세대(이하 “이 사건 아파트”라 한다)를 신축한 후 취득세 등을 신고납부하였으나, 처분청은 세무조사 결과 청구인이 이 사건 아파트에 대하여 취득세 등을 신고납부하면서 정당한 취득세 과세표준은 63,665,138,178원인데도 신고 당시 과세표준을 60,078,260,588원으로 하여 산출한 세액으로 취득세 등을 신고납부한 사실을 확인하고 과소신고금액에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 86,085,060원, 농어촌특별세 117,280원, 등록세34,434,020원, 지방교육세 6,312,910원, 합계 126,949,270원(가산세 포함)을 2004.11.8. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 아파트에 대하여 청구외 (주)○○종합건설과 도급계약을 체결하여 공사를 시행하였고, 수급자는 공사를 시행하는 과정에서 원재료 등을 매입하면서 부가가치세를 지급하였으며, 청구인이 수급인에게 지급한 공사대금에는 수급인이 지급한 부가가치세가 포함되어 있고, 국민주택규모 이하의 주택의 공급에 대하여는 조세특례제한법 제106조의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 바, 만약 청구인이 원재료를 매입하여 건설공사만 수급자에게 일임하였다면 원재료의 매입과 관련하여 지급한 금액에 포함된 부가가치세는 취득세 과세표준에서 공제가 될 것인데, 청구인의 경우와 같이 모든 것을 수급자에게 일임하는 경우 당해 수급자에게 지급한 금액에는 수급인이 원재료 매입과 관련하여 부담한 부가가치세가 포함되어 있음에도 이를 취득세 과세표준에서 공제하지 아니하는 것은 과세형평상 불합리하다 하겠으므로, 부가가치세 면세사업자가 공사대금과 관련하여 지급한 금액에 포함된 부가가치세는 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부가가치세 면세사업인 국민주택 규모이하의 아파트 취득비용 중 하도급업체가 신축과 관련하여 제3자에게 지급한 부가가치세는 취득세 과세표준에서 제외되는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건으로 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제07003호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호제4호의2제4호의4 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급분에 한하여 이를 적용한다고 규정한 다음, 그 제4호에서 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역이라고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제106조 제4항에서 법 제106조제1항제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제51조의2제3항에 규정된 규모 이하의 주택이라고 규정하고 있고, 같은 항 제2호에서는 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법·전기공사업법·소방법·정보통신공사업법·주택법 및 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2001.4.30. (주)○○종합건설과 이 사건 아파트의 건축기전공사에 대하여 도급금액을 53,213,100,000원으로, 토목공사에 대하여 도급금액을 9,246,000,000원으로 하는 도급계약을 체결하였고, 2001.11.12. 조경공사에 대하여 도급금액을 1,346,000,000원으로 하는 도급계약 체결을 체결하였으며, 청구인이 법인장부상 2001년부터 2003년 사이에 외부공사비로 지급한 금액은 63,804,545,000원이고, 부가가치세 신고서상 수급인과의 거래 내역에는 2001년에 10,670,000,000원(면세거래), 2002년에 23,383,040,000원(면세 22,651,640,000원, 과세 731,400,000원), 2003년에 30,335,585,000원(면세 27,918,109,995원, 과세 2,417,475,005원)으로 표시되어 있고, 법인장부상 총 공사비용은 83,983,329,086원{2001년 14,131,586,143원, 2002년 29,244,425,759원(상가 162,191,265원 포함), 2003년 40,607,317,184원(상가 501,449,534원 포함)}이며, 이러한 공사비중 처분청은 건설용지비 13,981,091,290원, 부가가치세 344,519,567원, 취득세납부액 1,850,443,560원, 상수도 등 분담금 300,945,540원, 광고선전비 1,547,139,295원, 보상비 28,090,000원, 조경공사비 1,209,999,135원, 모델하우스 철거비 11,340,000원, 분양보증수수료 1,032,783,185원, 설계비 기장착오분 11,839,336원은 과세표준에서 제외하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 아파트의 건축과 관련하여 지급한 공사대금에는 수급자가 원재료 등의 매입과 관련하여 지급한 부가가치세가 포함되어 있으므로, 이러한 부가가치세액은 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하지만, 청구인이 신축한 이 사건 아파트는 국민주택규모 이하의 주택으로서 조세특례제한법 제106조 제1항제4호의 규정에서 이러한 주택의 건설용역과 공급에 대하여는 부가가치세를 면세하도록 규정하고 있으므로, 공사 시공자인 청구외 (주)○○종합건설은 공사시공과 관련하여 청구인에게 공급대금을 지급받으면서 주택과 관련없는 상가 부분을 제외한 아파트에 대하여는 부가가치세를 징수할 의무가 없었으므로, 청구인이 지급한 공사대금중 매입세로 표시된 부분은 공사시공자가 원재료의 매입과 관련하여 제3자에게 지급한 부가가치세가 면세거래로 인하여 공급가액에 포함되어 청구인에게 전가됨에 따라 이를 공사도급금액에 포함한 것으로 보여지며, 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준에서 부가가치세를 제외하도록 규정하고 있으나, 이는 납세의무자가 당해 과세물건의 취득과 관련하여 당해 거래단계에서 지급한 부가가치세를 제외하는 것으로서, 당해 거래단계 이전의 거래단계에서 납세의무자가 아닌 자가 지급한 부가가치세까지 이를 전가로 인하여 실질적으로 취득자가 부담하였다 하여 취득세 과세표준에서 당해 금액을 제외할 수는 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.