결 정 서

위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 7월 31일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.


주 문

청구인의 심사청구를 기각한다.


이 유

1. 원처분의 요지

처분청은 학교법인인 청구인이 2003.12.31. 무상으로 취득한 서울특별시 ○○구 ○○○동 산60번지 외 1필지 임야 13,489㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에 규정하고 있는 학교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 학교용에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 이 사건 토지의 취득가액 2,043,444,100원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조제2항 및 같은 법 제138조제1항제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 49,042,650원, 농어촌특별세 4,495,560원, 등록세 60,131,190원, 지방교육세 11,045,380원, 합계 124,714,780원(가산세 포함)을 2007.5.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 인재양성을 목적으로 설립된 학교법인으로 이 사건 토지를 취득한 후, 처분청에 학교용지로의 도시계획시설변경 결정을 요청하였으나, 자연환경보존 및 인근학교들의 반대민원 등으로 처분청과 서울특별시에서 미승인 하였으며, 이 사건 토지 중 임상이 양호하지 않은 일부(300㎡)에 대한 구두협의 요청마저 무시함에 따라 고유목적에 사용하지 못하고 있으므로 이는 청구인에게 귀책사유가 없기 때문에 이 사건 취득세 등은 비과세되어야 함에도 처분청에서 이러한 사정을 고려하지 아니하고, 지방세법의 규정에만 의존하여 이 사건 토지를 목적사업에 직접사용하지 않는다고 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 행정관청의 학교용지 지정 미승인으로 인하여 학교 건축에 착공하지 못한 경우가 정당한 사유에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호에서 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 그 제1호에서 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항 본문 및 그 제1호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.11.17. 서울특별시교육감으로부터 법인설립허가를 받고, 2003.12.12. 중등보통교육 및 실업(정보화)에 관한 전문교육을 실시하는 ○○○○○○○○고등학교 설치경영을 목적으로 설립하였으며, 2003.12.29. 이 사건 토지에 대한 개발행위 제한기간[강서구고시 제○○○○-○○○호(○○○○.1.4)]이 2년간 연장 고시[강서구고시 제○○○○-○○○호, 기간 : ○○○○.1.4～○○○○.1.3]되었고, 청구인은 2003.12.31. 이 사건 토지를 무상출연을 원인으로 취득하면서 2004.1.9. 초중등교육법 및 고등학교법에 따른 학교용으로 취득세 등을 비과세 받았으며, 2004.5.12. 청구인이 교육용 기본재산으로 출연한 이 사건 토지를 개발행위 허가제한지역에서 학교용지로 지정을 받기 위하여 처분청에 도시계획시설(학교)결정 제안을 하였고, 2004.6.2. 청구인의 도시계획시설(학교)결정 제안에 대한 서울특별시 협의회신〔서울시 도시계획과-○○○○(○○○○.○.○)〕에서 이 사건 토지는 임상이 양호한 급경사지로 학교시설 입지는 바람직하지 않다고 통보하였으며, 2004.7.7. 청구인이 도시계획시설(학교)결정 취하원을 제출하고, 2007.1.15. 처분청에 도시계획관리(도시계획시설:학교)결정 제안을 盈뺑?하였으나, 2007.1.17. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제25조 제26조에 의거 계획설명서(교통성 검토결과, 토지적성평가 등)와 같은 법 제30조에 의거 관계부서 협의에 필요한 관련서류 보완요청을 함에 따라, 2007.2.7. 보완요청 사항은 상당한 기일이 예상되고 금전적으로 과다한 지출이 예상되므로 최대한 빠른 시일내에 보완할 계획임을 제출한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은, 이 사건 토지를 취득한 후, 이 사건 토지의 학교용지로 도시계획시설변경 결정을 수차례 요청하였으나, 자연환경훼손 및 인근학교들의 반대민원 등의 사유로 처분청과 서울특별시에서 일관되게 승인하지 아니함에 따라 이 사건 토지를 청구인의 고유 목적사업인 학교용지로 사용하지 못하고 있으므로 이는 납세자인 청구인에게 귀책사유가 없기 때문에 이 사건 취득세 등은 비과세 되어야 함에도 처분청에서 이러한 사정을 고려하지 아니하고, 지방세법의 규정에만 의존하여 이 사건 토지를 목적사업에 직접사용하지 않는다고 보아 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항과 같은 법 시행령 제79조제1항제2호에서 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산을 취득등기한 후 취득등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 “정당한 사유” 라 함은 비영리사업자에 의하여 수행되는 공익성을 감안함은 물론 취득세를 중과하는 입법 취지, 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결, 98두7626. 1998.7.10)이고, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 법령상의 장애사유 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 이러한 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다할 것(같은 취지의 대법원 판결, 2001두229, 2002.9.4)이므로, 청구인의 경우, 이 사건 토지의 취득 당시 이 사건 토지가 개발행위 제한구역으로 고시되어 학교용지로의 형질변경에 어려움이 있음을 알 수 있었음이 서울특별시교육감의 청구인에 대한 학교법인 설립허가 공문(행정○○○○○-○○○○, ○○○○.○.○)에서 입증되며, 도시계획시설 승인은 행정주체가 광범위한 재량을 가지고 있어서 비록 청구인이 이 사건 토지의 학교용지로의 도시계획시설변경을 위해 처분청에 결정제안 신청 등의 조치를 취하였다 하더라도 그 신청이 받아들여질지 여부가 극히 불확실한 것임에도 이를 취득하여 3년 동안 방치하고 있는 것은 청구인이 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으며, 더욱이, 청구인은 이 사건 토지 취득 후, 2004.5.12. 처분청에 도시계획시설(학교)결정제안 신청하고, 2004.7.7. 취하원을 제출하여 제안신청을 종결하였으며, 유예기간이 경과한 2007.1.17.에서야 도시관리계획(학교)결정 제안서를 다시 처분청에 제출하였으나 처분청으로부터 관련법령에 의한 계획설명서를 보완하도록 요청을 받은 사실 등을 미루어 보면, 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 학교용에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보기도 어렵다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2007. 10. 1. 행 정 자 치 부 장 관