결 정 서

위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 9월 5일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.


주 문

청구인의 심사청구를 기각한다.


이 유

1. 원처분의 요지

처분청은 청구외 (주)○○자동차학원(이하 “청구외 법인”이라 한다)에 대한 세무조사 결과 그 대표이사인 청구인과 특수관계인(청구인의 자부)이 2005년초 청구외 법인의 총발행주식중 35%(7,000주)를 소유하고 있던 상태에서 2005.11.2. 청구인의 자부인 청구외 ○○○가 청구외 법인의 타주주로부터 주식 5,000주를 추가로 취득하여 청구인과 특수관계인의 총주식소유비율이 60%인 과점주주가 되었는데도 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고, 청구외 법인의 취득세 과세대상 물건의 법인장부가액(3,032,088,491원)에 총주식소유비율을 곱하여 산정한 금액(1,819,253,094원)을 과세표준으로 하여 취득세 47,373,340원, 농어촌특별세 4,002,350원, 합계51,375,690원(가산세 포함)을 2007.1.5. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인과 특수관계인은 청구외 법인의 총발행주식중 35%를 소유하고 있을 뿐인데, 청구외 법인의 세무를 대리하는 세무사가 법인세 신고시 착오로 청구인의 특수관계인이 추가로 주식을 취득한 것으로 기재하였고, 청구외 법인은 처분청의 세무조사과정에서 이러한 사실을 확인하고 다시 수정신고를 하고 사실증명을 발급받았으며, 청구인의 특수관계인에게 주식을 매각하였다고 기재되었던 양도인도 이러한 사실이 없음을 확인하였고, 관련 양도소득세나 증권거래세도 납부한 사실이 없음에도, 처분청이 이러한 수정신고나 사실확인서를 신뢰하지 아니하고 당초 착오기재된 주식등변동상황명세서상의 기재사항만을 근거로 과점주주로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 과점주주에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조에서 법인(주식을 「한국증권선물거래소법」 제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자라고 규정하고 있고, 같은 법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2006.10.25. 청구외 법인에 대한 세무조사시 청구외 법인이 ○○세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서에서 2004년말 기준으로 청구인이 20%를, 청구인의 자부인 청구외 ○○○가 15%의 주식을 보유하고 있다가, 2005.11.2. 청구외 ○○○가 당시 청구외 법인의 대표이사이었던 청구외 ○○○으로부터 주식 5,000주(25%)를 추가로 취득하여 청구인과 특수관계인의 주식소유비율이 60%로 기재되어 있었고, 청구외 ○○○(청구인의 자부)는 청구외 법인의 감사로 재직하고 있었고, 청구인의 2005.11.3. 청구외 법인의 대표이사로 취임한 사실을 법인등기부등본에서 알 수 있으며, 청구외 법인은 이 사건 취득세 등 부과처분이 있은 이후인 2007.4.3. “당초 신고시 청구외 ○○○의 소유주식을 청구외 ○○○와 ○○○이 양수한 것으로 되어 있으나 이를 모두 사실이 아닌 것으로 기재”한 법인세 수정신고서를 제출하였고, 2007.1월경 청구외 ○○○와 청구외 ○○○은 주식 양수도사실이 없다는 사실확인서를 작성한 사실을 제출된 관?증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구외 법인이 2005년도분 법인세 신고시 착오로 잘못 기재하여 신고한 주식등변동상황명세서에 대하여 수정신고를 하였고, 관련 당사자들도 주식양수도를 한 사실이 없음을 확인하고 있으므로 당초 착오로 기재된 주식등변동상황명세서를 근거로 청구인을 과점주주로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하지만, 구 지방세법 제105조제5항의 규정에 의하여 취득세 납세의무를 지는 과점주주는 과점주주로서의 요건을 충족하는 때에 취득세 납세의무가 성립된다 하겠고, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것으로서(같은 취지의 대법원판결 3003두1615), 이 사건 부과처분의 경우에 있어서 청구외 법인이 관할세무서인 ○○세무서장에게 제출된 2005년도 법인세신고서 부속서류인 주식등변동상황명세서에서 2005.11.2. 청구인의 특수관계인이 다른 주주로부터 주식을 추가로 취득하여 청구인과 특수관계인의 총주식소유비율이 60%인 과점주주인 사실이 확인되고 있고, 2004년까지는 최대주주인 청구외 ○○○이 청구외 법인의 대표이사로 재직하고 있었으나 청구인과 특수관계인이 과점주주가 되면서 청구인이 청구외 법인의 대표이사가 된 사실과 청구인의 특수관계인인 청구외 ○○○가 청구외 법인의 감사로 재직하고 있는 사실을 고려하면 사실상 청구인과 특수관계인이 과점주주에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이와 달리 청구인이 ○○세무서장에게 수정신고한 사항은 ○○세무서장이 구체적인 사실관계에 대한 조사가 이루어지지 아니한 채 청구외 법인의 수정신고를 수용한 것에 불과하다고 보여지며, 청구외 ○○○외 2인이 작성한 확인서도 공신력있는 문서가 아닌 사인간에 작성한 문서로서, 이와 같이 청구외 법인이 이 사건 부과처분이 이루어진후 한 수정신고와 사인이 작성한 확인서만으로 당초 신고된 주식등변동상황명세서가 명백한 착오로 인하여 작성된 것이라고 인정하기는 어렵다 하겠으므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관