위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 6월 11일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주 문

청구인의 심사청구를 기각한다.

이 유

1. 원처분의 요지


처분청은 청구인이 2005.8.29. 청구외 ○○○○○○에서 시행하는 ○○첨단산업단지(당동) 사업지구에 편입된 경기도 파주시 ○○읍 ○○리 산 ○-○번지 외 41필지의 토지 155,124㎡(이하 “이 사건 수용부동산”이라 한다)의 수용에 따른 보상금(공탁금) 25,124,516,270원을 수령하고, 2006.8.21. 서울특별시 서초구 ○○동 ○-○번지외 2필지의 토지 1,118㎡와 동 지상 건축물 5,150.3㎡(이하 “이 사건 대체부동산”이라 한다)를 청구외 ○○○ 외 4인으로부터 이 사건 수용부동산의 대체부동산으로 취득한 다음, 같은 날 구 지방세법(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제109조제1항 및 같은 법 제127조의2 제2항의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 신청함에 따라 이 사건 대체부동산의 시가표준액 12,781,412,000원에서 이 사건 수용부동산의 수용 당시 시가표준액 11,299,095,900원을 감한 초과액 1,482,316,100원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 29,646,320원, 농어촌특별세 2,964,630원, 등록세 29,646,320원, 지방교육세 5,929,260원 합계 68,186,530원을 신고 납부하자 이를 수납하여 징수하였으나, 2007.3월 서울특별시의 감사에서 청구인은 지방세법 제109조제2항 및 같은 법 시행령 제78조의3 제2항의 규정에 의한 부재 부동산 소유자에 해당한다는 지적에 따라 2007.5.10. 이 사건 대체부동산의 사실상의 취득가액 15,800,000,000원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제111조 제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 세액을 차감한 취득세 286.353,680원, 농어촌특별세 28,635,370원, 등록세 286,353,680원, 지방교육세 57,270,740원 합계 658,613,470원을 부과고지 하였다.


2. 청구의 취지 및 이유


청구인은 1997.7.14. 이 사건 수용부동산의 소재지인 경기도 파주시에 종중등록을 하고 대종손 ○○○를 상임유사로 임명하여 대종중소유 토지의 종무를 위하여 대종손 ○○○의 주거지를 대종중의 파주사무소로 사용하면서 종토관리, 파주지역 종원회의 등 종무를 총괄 집행하여 오던 중 이 사건 수용부동산이 수용됨에 따라 2005.8.29. 보상금(공탁금) 25,124,516,270원을 수령하고 2006.8.21. 이 사건 대체부동산을 대체취득하면서 취득세 등을 비과세 신청하여 부재부동산 소유자가 아니라는 사유로 이 사건 대체부동산의 취득세 등을 비과세 받았으나, 서울특별시의 감사결과와 행정자치부의 질의회신을 근거로 수용된 토지가 당해 사업인정고시일 현재 1년 전부터 종중 또는 종중의 사업자등록소재지가 수용된 농지소재지에 있으면서 종중 또는 종중원이 경작하고 있는 경우에 한하여 취득세 등이 비과세 된다고 판단하고 있지만, 청구인은 첫째, 종중의 분사무소 등록에 관하여 절차법규가 없을 뿐만 아니라 영리법인은 주사무소와 별도로 수용대상 토지 관내에 사업자등록을 할 수 있으나 비영리단체는 그 사업에 관하여 사업자등록이 불가능하므로 비영리단체가 관내에 단체등록을 하고 그 관내에서 실제사업을 하고 있다면 분사무소등록 유무에 불구하고 비과세혜택을 인정하여야 헌법상의 평등의 원칙과 공평과세의 원칙에 부합되는 것이고, 지방세법 제79조의3 제2항 취지에서 사업자등록이 불가능한 비영리단체의 경우 관내에 주민등록에 상응하는 단체등록을 하였는지 여부를 기준으로 하면 될 것인데도 법령상 근거도 없이 분사무소등록 여부를 기준으로 삼는 것은 부당하므로 청구인이 파주시에 종중등록을 하고 활동한 것이 인정되는 이상 부재부동산 소유자에 해당되지 아니하고, 둘째, 지방세법 제109조 제1항에서 대통령령이 정한 부재부동산의 소유자를 시행령에 포괄 위임한 것은 조세법률주의의 원칙을 규정한 헌법 제38조에 위배되는 위헌이고, 지방세법시행령 제79조의3 제2항도 2005.12.31. 개정되기 전에는 부재부동산의 소유자를 개인사업자만으로 제한하였으나 개정후에 법인도 동일한 기준으로 부재부동산에 포함시킨 것으로, 청구인은 법규상 분사무소등록이 필요 없고 사업자등록을 할 수 없는 비영리단체인 청구인에게 분사무소등록 및 사업자등록이 없다는 이유로 종중의 위토를 부재부동산의 토지로 보는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 맨臼눼?


3. 우리부의 판단


이 사건 심사청구의 다툼은 대종손이 거주하는 시소재에 종중명의 부동산이 수용됨에 따라 다른 부동산을 대체취득한 경우 부재 부동산소유자에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제109조 제1항에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있고, 그 제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재 부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제127조의2 제2항에서 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다 라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제79조의3 제1항에서 법 제109조 제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다고 규정하면서, 그 각호 제2호에서 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수 수용 철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다 라고 규정하고, 제2항에서는 대통령령이 정하는 부재 부동산 소유자라 함은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각 호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나, 1년 전부터 계속 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다 라고 규정하면서, 그 각호 제1호에서 매수 또는 수용된 부동산등이 전답과수원 및 목장용지(이하 이 조에서농지라 한다)인 경우에는 그 소재지 구시군 및 그와 연접한 구시군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역이라고 규정하고, 그 제2호에서 매수수용 또는 철거된 부동산등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구시읍면 및 그와 연접한 구시읍면지역이라고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2005.8.29. 청구외 ○○○○○○에서 시행하는 ○○첨단산업단지(당동) 사업에 편입된 이 사건 수용부동산의 수용에 따른 공탁금 25,124,516,270원을 ○○○○○○로부터 수령하고, 2006.8.8. 청구외 ○○○ 외 4인과 이 사건 대체부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 2006.8.21. 이 사건 대체부동산을 취득한 다음, 같은 날 취득세 등을 비과세 신청함에 따라 처분청에서 이 사건 대체부동산이 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세 대상에 해당한다고 보아 취득세 등을 일부 비과세하였으나, 2007.3월 서울특별시의 감사 결과 청구인은 지방세법 제109조제2항 및 같은 법 시행령 제783조의3 제2항의 부재 부동산 소유자에 해당한다는 지적에 따라 2007.5.10. 이 사건 취득세 등을 부과고지 하였음은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은, 지방세법의 규정에 의하여 부재 부동산 소유자에 대하여 취득세 등의 비과세 혜택을 부여하지 않는 것은 부재지주가 부동산의 실수요자라기 보다는 부동산 투기를 목적으로 보유하는 경우가 대부분인 경우라는 데서 연유한 것이고, 청구인이 경기도 파주시 ○○읍 ○○리 ○-○번지에 주소를 둔 대종손 ○○○를 통하여 위토와 종토를 관리하여 오고 있으므로 청구인이 부재 부동산 소유자라는 것은 잘못이고, 영리법인과는 달리 종중의 경우 분사무소 등록에 관하여 절차법규가 없을 뿐만 아니라 사업자등록을 할 수 없는 비영리단체임에도 청구인에게 분사무소등록 및 사업자등록이 없다는 이유로 종중의 위토를 부재 부동산의 토지로 보는 것은 부당하다 하겠으며, 또한, 지방세법 제109조제1항에서 대통령령이 정한 부재부동산의 소유자를 시행령에 포괄 위임한 것은 조세법률주의의 원칙을 규정한 헌법 제38조에 위배되는 위헌이라고 주장하고 있으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(같은 취지의 대법원 판결 2002두 9537, 2003.1.24)할 것이므로, 구 지방세법 제109조제1항에서 관계법령의 규정에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있으나, 그 제2항 및 같은 법 시행령 제79조의3 제2항에서 부재부동산 소유자라 함은 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 수용되는 부동산 등을 소유하는 자로서 수용된 부동산 등이 농지인 경우에는 그 소재지 구시군 및 그와 연접한 구시군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나, 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업자등록을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다고 규정하고 있으므로, 종중이 부동산(농지)을 소유하고 있던 중 구 지방세법 제109조제1항 규정에 의하여 수용된 경우 당해 사업인정고시일 현재 1년 전부터 종중 또는 종중의 사업자등록소재지가 수용된 농지소재지에 있으면서 종중 또는 종중원이 경작하고 있었다면 부재부동산 소유자에 해당되지 않는다 할 것이나, 청구인의 경우, 청구인 ○○○씨대종회 종약 제4조에서 이 종중의 사무소는 서울특별시에 둔다라고 규정하고 있고, 청구인의 주사무소가 이 사건 수용부동산의 소재지 및 그와 연접한 구시군에 소재하지 아니하고 이 사건 수용부동산의 소재지로부터 20킬로미터를 초과한 지역에 위치한 서울특별시 마포구 ○○동 ○-○번지에 소재하고 있으며, 청구인이 1997.7.14. 경기도 파주시장으로부터 수령한 등록번호(○○○○○○-○○○○○○○) 증명서는 단체의 실체를 증명하는 서류가 아니라 부동산등기 신청용으로만 사용할 수 있는 증명이기 때문에 이를 실질적인 청구인의 분사무소가 설치되어 있었다고는 볼 수 없으므로, 비록, 청구인의 대종손 겸 대종중상임유사 ○○○의 주소지가 경기도 파주시 ○○읍 ○○리 ○-4번지에 소재하고 있다고 하더라도 청구인을 부재부동산 소유자로 보아야 하므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2007. 7. 23.
행 정 자 치 부 장 관