【제      목】 연부취득과정에서 입주승인을 받고 3년 이상 공장용에 직접 사용한 경우는 3년 이상 목적사업에 사용하라는 감면요건을 충족하였다고 봄이 타당함

【사건번호】 행심2005-36, 2005.02.03  

【주문】
  처분청이 2004.8.3. 청구인에게 부과고지한 취득세 4,754,920원, 농어촌특별세 566,560원, 등록세 7,209,870원, 지방교육세 1,441,970원, 합계 13,973,320원(가산세 포함)을 취소한다.
  
【이유】
  1. 원처분의 요지
  처분청은 청구인이 1999.3.11. 청구외 정○진으로부터 공장용건축물을 취득한 후 1999.4.30. 공장용건축물의 부속토지인 전라남도 무안군 ○○면 ○○리 560-12번지 공장용지 6,942.2㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하기 위하여 처분청과 분양가액은 268,947,770원으로 하고, 계약금 및 선수금 53,789,550원 중 가계약당시 납부한 40,000,000원을 제외한 13,789,550원은 1999.5.31.까지 납부하며, 분양가액 중 잔액은 1년 거치 4년 균등상환하는 조건으로 분양계약을 체결한 후 2004.6.8. 잔금을 지급한 다음 2004.7.11. 연부금액(연부이자 포함)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고하자, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 같은법 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 취득ㆍ등기하는 사업용재산으로 보아 1999년도부터 2000년까지 납부한 연부금에 대하여는 취득세와 등록세 등을 면제하였으나, 2001년도 이후 지급한 연부금(200,329,270원)에 대하여는 취득세 4,754,920원, 농어촌특별세 566,560원, 등록세 7,209,870원, 지방교육세 1,441,970원, 합계 13,973,320원(가산세 포함)을 2004.8.3. 부과고지하였다.
  
  2. 청구의 취지 및 이유
  청구인은 1999.3.11. 휴ㆍ폐업상태에 있는 공장용건축물을 취득하여 대체입주하였으므로, 공장용건축물의 부속토지인 이 사건 토지도 구전라남도세감면조례 제20조의 2의 규정에 의한 취득세와 등록세 등의 면제대상이라 할 것임에도, 공장용건축물과 일체를 이루고 있는 이 사건 토지를 대체입주 이후 별도로 취득하였다 하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다 하겠고, 처분청에서는 구전라남도세감면조례를 적용하지 아니하고 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 같은법 제120조 제3항의 규정을 적용하면서 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여만 취득세와 등록세 등을 면제하도록 규정되어 있다고 하여 사업자등록일(1999.5.24.)을 기준으로 2년 이후인 2001.12.26.부터 지급한 연부금에 대하여 취득세 등을 부과고지하였으나, 연부취득이라 함은 매매계약서상 연부형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말한다 하겠고, 이러한 연부취득의 취지가 매수자의 자금부담을 완화시켜 주는 데 있다 하겠으므로, 1999.4.30. 이 사건 토지를 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 1년 거치 4년 분할상환의 약정내용에 따라 1차중도금을 2000.12.26.에 지불한 후 2004.6.8. 마지막 연부금을 지급함으로써 연부금 전액을 상환한 이상, 계약금 이외의 중도금을 최초로 지급한 2000.12.26.을 취득일로 보아 창업일부터 2년 이내에 취득한 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있다.
  
  3. 우리부의 판단
  이 사건 심사청구의 다툼은 농공단지 내의 휴ㆍ폐업된 공장에 대체입주하는 자가 입주 이후 그 부속토지인 공장용지를 연부취득한 경우 취득세 등의 감면대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다.
  먼저 관계법령의 규정을 보면, 구전라남도세감면조례(2000.3.4. 조례 제2726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조의 2에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지 중 시ㆍ군세감면조례에서 정한 농공단지에 대체입주하는 자(휴ㆍ폐업된 공장에 대체입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 농공단지관리기관 또는 당해 농공단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)와 3년 이상 공장용에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제5항에서 연부로 취득하는 것으로서 그 취득가액의 총액이 법 제113조의 적용을 받지 아니하는 것에 있어서는 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 보아 그 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다)을 과세표준으로 하여 부과한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 같은법 제120조 제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득ㆍ등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.
  다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.3.11. 청구외 정○진으로부터 이 사건 토지상의 공장용건축물을 취득한 후 1999.4.30. 이 사건 토지를 취득하기 위하여 처분청과 분양가액은 268,947,770원으로 하고, 계약금 및 선수금 53,789,550원 중 가계약당시 납부한 40,000,000원을 제외한 13,789,550원은 1999.5.31.까지 납부하며, 분양가액 중 잔액은 1년 거치 4년간 균등상환하되, 1999.12.25.과 2000.6.25.에는 이자만 지급하고 2000.12.25.부터 2004.6.25.까지 매6개월마다 원금과 이자를 함께 납부하기로 하는 농공단지 공장부지 분양계약을 체결한 다음 같은날 처분청으로부터 농공단지 입주승인을 받아 1999.5.11.과 1999.5.24.에 각각 공장등록과 사업자등록(업체명: ○○○식품)을 하였고, 그 후 2002.9. 청구인이 대표이사로 있는 청구외 (주)○○○와 사업양도양수계약을 체결하면서 양도물을 2002.10.1.까지 양도하기로 한 사실과 청구인은 2004.6.8. 이 사건 토지의 연부취득에 따른 최종잔금을 지급한 후 2004.10.14. 청구인명의로 소유권이전등기를 경료한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다.
  이에 대하여 청구인은 휴ㆍ폐업상태에 있는 공장에 대체입주하였으므로, 이 사건 토지도 구전라남도세감면조례 제20조의 2의 규정에 의한 취득세와 등록세 등의 면제대상이라 하겠고, 설사 동 감면조례에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한다 하더라도 연부취득의 경우 취득일은 계약금 이외의 최초 중도금 지급일(2000.12.26.)이라 하겠으므로 창업일부터 2년 이내에 취득한 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구전라남도세감면조례 제20조의 2에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지 중 시ㆍ군세감면조례에서 정한 농공단지에 대체입주하는 자(휴ㆍ폐업된 공장에 대체입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접사용하지 아니하거나 매각하는 경우와 3년 이상 공장용에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구인은 1999.3.11. 청구외 정○진으로부터 이 사건 토지상의 공장용건축물을 취득한 후 1999.4.30. 이 사건 토지를 취득하기 위하여 처분청과 연부계약을 체결하고 같은날 처분청으로부터 농공단지 입주승인을 받았고, 그 후 1999.5.11. 공장등록을 한 다음 1999.5.24. 사업자등록을 한 사실과 공장용건축물의 매도자인 청구외 정○진은 1997.12.17. 폐업한 청구외 (주)○○으로부터 1998.11.7. 공장용건축물을 취득하였음에도 자기명의로 공장등록을 한 사실이 없을 뿐만 아니라, ○○세무서장이 청구외 정○진은 공장용건축물소재지에서 사업자등록을 한 사실이 없고, 단지 전라남도 목포시 ○○동 1390-13번지에서 "○○기계"라는 상호로 사업을 영위하다가 2004.11.22. 폐업하였다고 처분청에 통보(세원관리과-4614, 2004.12.30.)한 사실로 미루어 볼 때, 청구인은 사실상 휴ㆍ폐업상태에 있던 공장에 대체입주한 자에 해당된다고 보아야 하겠고, 또한, 구전라남도세감면조례 제20조의 2 단서에서 취득일부터 3년 이상 공장용에 직접사용하지 아니하고 매각한 경우에는 면제한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으나, 이 경우 매각 이전에 3년 이상 공장용에 사용하였는지 여부를 판단함에 있어서는 그 매각시점에서 그 이전에 3년 이상 사용하지 아니한 경우를 의미한다 할 것으로, 반드시 취득일 이후의 사용기간에 따라 판단하여야 하는 것은 아니라 하겠는바(같은취지의 대법원판결 89누5331, 1989.10.24.), 청구인은 1995.4.30. 처분청으로부터 농공단지 입주승인을 받은 후 1999.5.11. 공장등록을 한 다음 1999.5.24. 사업자등록을 하고 3년 이상 해조류가공처리제조업 등을 영위하다가 2004.6.8. 연부취득에 따른 최종잔금을 지급한 후 2004.10.14. 청구인명의로 소유권이전등기를 하여 이 사건 심사청구일(2004.12.10.) 현재까지 청구인명의로 등재되어 있는 사실이 농공단지입주승인서와 공장등록증 및 토지등기부등본 등에서 확인되고 있고, 2002.9. 청구인이 대표이사로 있는 청구외 (주)○○○와 사업양도양수계약을 체결하였다고는 하나 청구외 (주)○○○의 2002년도 및 2003년도 결산서상 이 사건 토지를 취득하였다는 사실을 확인할 수 없는 점 등으로 미루어 보면, 이 사건 토지는 연부취득과정에서 입주승인을 받고 3년 이상 공장용에 청구인이 직접사용한 것으로 보아야 하겠으므로, 처분청이 동 감면조례 제20조의 2의 규정을 간과한 채 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 같은법 제120조 제3항의 규정을 적용하여 사업자등록일(1999.5.24.)부터 2년 후에 지급한 연부금에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다.
  따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.