대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결 【부당이득금】
[공2009상,730]

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【판시사항】
[1] 법인의 주식을 취득하여 간주취득세를 납부한 과점주주가 영업양수도의 방식으로 법인의 자산 전부를 취득하고 취득세를 납부한 경우, 종전에 납부한 간주취득세 상당액 부분이 이중과세에 해당하는지 여부(적극)
[2] 신고납부방식의 조세인 취득세에 있어 납세의무자가 신고·납부한 세액이 부당이득에 해당하는 경우 및 그 판단 방법
[3] 법인의 주식을 취득하여 간주취득세를 납부한 과점주주가 영업양수도의 방식으로 법인의 자산 전부를 취득하고 취득세를 신고납부함으로써 간주취득세 상당액을 이중납부한 사안에서, 그 취득세 신고행위가 당연무효라 할 수 없어 이중납부된 세액이 부당이득에 해당하지 않는다고 한 사례

【판결요지】
[1] 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 그 후 그 과점주주가 영업양수도 방식으로 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다
[2] 취득세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다. 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 관하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다.
[3] 법인의 주식을 취득하여 간주취득세를 납부한 과점주주가 그 후 영업양수도의 방식으로 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 신고납부함으로써 간주취득세 상당액을 이중납부한 사안에서, 그 취득세의 신고행위는 법 해석상 논란이 있는 부분에 대하여 납세의무자가 납세의무가 있는 것으로 오인한 것에 불과할 뿐 하자가 객관적으로 명백하여 당연무효라고 할 수 없으므로, 이중납부된 세액이 부당이득에 해당하지 않는다고 한 사례.

【참조조문】
[1] 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항, 제111조 제4항, 제120조 제1항, 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항 / [2] 민법 제741조, 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항 / [3] 민법 제741조, 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항, 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항

【참조판례】
[1] 대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결(공1994하, 1858), 대법원 1994. 8. 12. 선고 94누6222 판결(공1994하, 2314), 대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두19501 판결(공2008하, 1615) / [2] 대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결(공1996상, 192), 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결(공2005상, 920), 대법원 2006. 6. 2. 선고 2006두644 판결(공2006하, 1276)

【전 문】
【원고, 피상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 윤형한)
【피고, 상고인】 충청남도 (소송대리인 변호사 조용무외 2인)
【원심판결】 대전고법 2006. 11. 1. 선고 2006나539 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원으로 환송한다.

【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제105조 제6항 본문, 제111조 제4항, 제120조 제1항은 “법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 보고, 그 부동산, 차량 등의 총가액을 그 법인의 주식총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 하여 이에 대한 취득세를 신고납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항은 “취득세 과세물건을 취득한 자는 취득 당시의 가액을 과세표준으로 하여 취득세를 신고납부하여야 한다”고 규정하고 있다.
원심은, 그 채용 증거를 종합하여 피고는 원고가 2000. 9. 18. 소외 주식회사의 총발행주식 중 56.79%를 취득함으로써 소외 주식회사의 자산을 취득한 것으로 보아 간주취득세 585,500,550원(가산세 포함)을 부과고지하였고, 원고는 2001. 7. 30. 이를 납부한 사실, 그 후 원고는 지분을 그대로 보유한 상태에서 2003. 9.경 소외 주식회사로부터 그 자산 전부를 영업양수도 방식으로 취득하고 2003. 11. 27. 피고에게 취득세 861,119,650원을 신고납부한 사실 등을 인정한 다음, 원고에 대한 간주취득세는 실제 소외 주식회사의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로 ( 대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조), 이후 원고가 영업양수도 방식으로 소외 주식회사의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 원고가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다 고 판단하였는바, 앞서 본 각 규정의 내용 및 구법 제105조 제6항 본문의 입법 취지 등에 비추어 볼 때 위와 같은 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 취득세에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
2. 상고이유 제2점에 대하여
취득세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다( 대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결, 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결 등 참조).
원심은, 앞서 인정한 사실관계에 비추어 원고가 동일 물건의 취득에 대하여 이중으로 취득세를 부담하는 것은 그 하자가 중대하고, 이와 같은 이중과세의 부당한 결과를 시정할 필요성이 크다고 보이는 반면 이를 시정하더라도 제3자에게 어떠한 영향을 미치거나 공공의 신뢰를 해한다고 보이지 않으므로, 원고의 이 사건 취득세 신고행위 중 이중과세에 해당하는 부분에는 조세채무의 확정력을 인정하기 어려운 중대하고 명백한 하자가 있다고 보아, 피고는 그 이중납부된 세액을 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 판단하였다.
그러나 원심이 확정한 사실에 의하더라도 원고가 이 사건 취득세를 신고납부하는 과정에서 과세관청이 관여하거나 개입한 적이 없고, 가산세 등의 제재를 피하기 위하여 불가피하게 신고납부하였다는 등의 사정이 없이 스스로 자진하여 신고납부하였다는 것이고, 나아가 이 사건 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액이 동일 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당하는지 여부는 법 해석상 논란의 여지가 있을 뿐 아니라 그 사실관계를 정확히 조사하여야 밝혀지는데다가 원고도 이의신청 등 불복청구를 하지 않고 있다가 제소기간을 1년 이상 경과한 후에야 비로소 그 신고납부행위가 당연무효라고 주장하고 있는 점 등까지 함께 고려하여 보면, 이 사건 취득세 자진 신고납부행위는 법 해석상 논란이 있는 부분에 대하여 원고가 납세의무가 있는 것으로 오인하여 납부한 것에 불과하여 그 하자가 객관적으로 명백하다고 볼 수는 없으므로 당연무효라고 할 수 없다.
그럼에도 불구하고, 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 취득세 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 판단하였으니, 원심판결에는 신고납부방식의 조세인 지방세에 있어서 그 신고행위의 당연무효에 관한 법리 등을 오해한 나머지 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
3. 결 론
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.