법령해석 사례
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대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 【취득세등부과처분취소】
[공2009상,488]
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【판시사항】
[1] 구 지방세법 제290조 제1항에 의해 면제된 취득세와 등록세를 추징하기 위한 과세기준일
[2] 1997. 10. 1.자 개정 후 구 지방세법 시행령 아래에서 공공법인이 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우, 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는지 여부(소극) 및 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 토지의 범위
【판결요지】
[1] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함되므로, 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니다.
[2] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항에서 공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세의 추징규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점, 1997. 10. 1. 개정 전·후의 구 지방세법 시행령 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15849호로 개정되기 전의 것) 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 구 지방세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것) 아래에서는, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접 사용되는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분으로 제한된다.
【참조조문】
[1] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항(현행 제287조 제1항 참조) / [2] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항(현행 제287조 제1항 참조), 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 제1호, 제2항, 제230조, 구 지방세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것) 제230조
【참조판례】
[1] 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결(공1991, 1116), 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결(공1997하, 2543), 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결(공1997하, 3524) / [2] 대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결(공1994상, 1363), 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결(공2000상, 82), 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결
【전 문】
【원고, 피상고인】 원고(소송대리인 법무법인 서광 담당변호사 양소영외 2인)
【피고, 상고인】 성남시 분당구청장
【원심판결】 서울고법 2006. 6. 16. 선고 2005누18145 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 지나서 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 함께 판단한다.
1. 추징의 과세요건 충족 여부에 대하여
가. 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고( 대법원 1993. 5. 11. 선고 92누18399 판결 등 참조), 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다( 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항은 “공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정하고 있는바, 그 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함된다고 할 것이므로( 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 등 참조), 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조). 따라서 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득한 것이 취득세와 등록세 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률인 개정 전 지방세법 제290조 제1항 및 그 시행령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이지만, 원고가 이 사건 대지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 취득세와 등록세를 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 위 1년의 유예기간이 경과된 1998. 12. 1. 당시의 관련 지방세 법령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이다.
나. 그런데 원고가 이 사건 대지를 취득하기 전에 시행되던 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제84조의4 제1항 제1호는 “법인이 토지를 취득한 날부터 일정한 유예기간(원칙적으로 1년) 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 비업무용토지로 규정하면서 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있는 한편, 제230조에서 “지방세법 제5장의 규정에서 ‘고유업무’라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다”고 규정하고 있었으나, 1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정된 구 지방세법 시행령(이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제230조는 “지방세법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다”고 규정하게 되었고, 위 개정조문과 관련하여 그 부칙에서는 별도의 경과규정을 두지 않았다.
이와 같이 개정 전 지방세법 제290조 제1항에서 원고를 비롯한 공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세의 추징규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 ( 대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결, 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결 등 참조), 위 개정 전·후의 구 지방세법 시행령 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 시행령 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 시행령 아래에서는, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고 ( 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 참조), 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접 사용되는 건물부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지부분으로 제한된다고 할 것이다.
다. 기록에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전인 1996. 10. 8. 이 사건 부지 위에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설인 이 사건 병원의 건축허가를 받고 그 무렵 착공하여 2003. 4. 무렵까지 공사를 계속한 사실, 원고는 2003. 4. 4.경 이 사건 병원의 신축을 완료하여 피고로부터 임시사용허가를 받고 근린생활시설인 이 사건 건물을 제3자에게 임대한 사실, 한편 원고는 2003. 3.경 이 사건 토지 위에 이 사건 병원의 장례식장 건물(연면적 5,804.28㎡)의 신축공사를 진행하여 2004. 11.경 이를 완공한 후, 그 무렵부터 위 건물 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장 용도로 사용한 사실을 알 수 있다.
이에 의하면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년의 유예기간 경과일인 1998. 12. 1. 현재 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이므로 이 부분은 면제된 등록세, 취득세의 추징 대상이 된다고 할 것이나, 이를 제외한 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설을 제외한 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 할 것이므로 이에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 없고, 이와 같이 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세 등이 면제된 것으로 확정된 이상, 나중에 원고가 이 사건 토지 중 일부에 이 사건 장례식장 건물을 신축하여 장례식장 용도로 사용하더라도 그 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징할 수는 없다고 할 것이다.
그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원 건물의 건축공사를 진행함으로써 이 사건 토지를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이라고 할 것이나, 원심이 이 사건 장례식장 부속토지 부분에 대한 과세처분을 위법하다고 본 것은 결과적으로 정당하여 원심의 위 잘못은 판결 결과에 영향이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
2. ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’에 대한 과세처분의 적법 여부에 대하여
가. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 규정하고 있고(다만, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간)으로 규정하고 있고, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정된 후 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 지방세법’이라 한다) 제30조의4 제1호에서는 “지방세를 부과할 수 있는 날로서 대통령령으로 정하는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다”고 규정하고 있으며, 그 시행령 제14조 제2항 제3호에서 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고·납부기한의 다음날이 지방세를 부과할 수 있는 날’이라고 규정하고 있다. 그리고 개정 후 지방세법 제120조 제3항 및 제150조의2 제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세·등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세·등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고, 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조 및 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제7조, 구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제9조는 “당해 본세를 신고·납부하는 경우에는 그에 대한 농어촌특별세 내지 교육세를 신고·납부하여야 한다”고 규정하고 있다. 한편, 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자가 과세표준과 세액을 과세관청에 제출하는 납세신고에 의하여 조세채무가 확정되고, 이때 조세채무를 확정시키기 위해서는 기한 내에 신고가 있어야 할 것이나, 신고납세방식의 조세라 하더라도 납세의무자가 법정신고 기한 내에 신고하지 아니하여 그 기한이 경과된 경우에는 부과납세방식의 조세로 변경된다고 보아야 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조).
나. 따라서 이 사건에서 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지가 취득세·등록세 등의 추징대상이 된다고 하여도, 원고가 위 부속토지 부분에 대하여 이 사건 추징사유 발생일인 1998. 12. 1.부터 30일(1998. 12. 31.) 이내에 추징세액을 신고·납부하지 아니하였으므로, 피고는 위 신고·납부기한 다음날인 1999. 1. 1.부터 5년간 원고에게 취득세, 등록세 등의 추징세액을 부과·징수할 수 있다고 할 것인데(한편, 원고가 1997. 12.경 피고에게 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등 감면신청서를 제출한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이러한 감면신청서의 제출은 납세자인 원고가 ‘법정신고기간 내에 과세표준 신고서를 제출한 경우’와 동일하게 보아야 할 것이므로, 농어촌특별세에 대한 부과제척기간도 5년이라고 할 것이다), 피고가 그 제척기간 만료일(2004. 1. 1.)이 경과한 2004. 8. 10.에 이르러서야 비로소 이 사건 건물 중 근린생활시설 부분에 해당하는 토지에 대하여 취득세, 등록세 등을 추징 과세한 것은 위법하다고 할 것이다.
그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원을 건축함으로써 이 사건 토지 전부를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이나, 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지 부분에 대한 과세처분이 위법하다고 본 결론에 있어서는 정당하다. 이 부분 상고이유의 주장은 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.
3. 결 론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
[공2009상,488]
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【판시사항】
[1] 구 지방세법 제290조 제1항에 의해 면제된 취득세와 등록세를 추징하기 위한 과세기준일
[2] 1997. 10. 1.자 개정 후 구 지방세법 시행령 아래에서 공공법인이 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우, 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는지 여부(소극) 및 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 토지의 범위
【판결요지】
[1] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함되므로, 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니다.
[2] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항에서 공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세의 추징규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점, 1997. 10. 1. 개정 전·후의 구 지방세법 시행령 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15849호로 개정되기 전의 것) 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 구 지방세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것) 아래에서는, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접 사용되는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분으로 제한된다.
【참조조문】
[1] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항(현행 제287조 제1항 참조) / [2] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항(현행 제287조 제1항 참조), 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 제1호, 제2항, 제230조, 구 지방세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것) 제230조
【참조판례】
[1] 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결(공1991, 1116), 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결(공1997하, 2543), 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결(공1997하, 3524) / [2] 대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결(공1994상, 1363), 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결(공2000상, 82), 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결
【전 문】
【원고, 피상고인】 원고(소송대리인 법무법인 서광 담당변호사 양소영외 2인)
【피고, 상고인】 성남시 분당구청장
【원심판결】 서울고법 2006. 6. 16. 선고 2005누18145 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 지나서 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 함께 판단한다.
1. 추징의 과세요건 충족 여부에 대하여
가. 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고( 대법원 1993. 5. 11. 선고 92누18399 판결 등 참조), 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다( 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항은 “공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정하고 있는바, 그 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함된다고 할 것이므로( 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 등 참조), 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조). 따라서 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득한 것이 취득세와 등록세 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률인 개정 전 지방세법 제290조 제1항 및 그 시행령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이지만, 원고가 이 사건 대지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 취득세와 등록세를 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 위 1년의 유예기간이 경과된 1998. 12. 1. 당시의 관련 지방세 법령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이다.
나. 그런데 원고가 이 사건 대지를 취득하기 전에 시행되던 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제84조의4 제1항 제1호는 “법인이 토지를 취득한 날부터 일정한 유예기간(원칙적으로 1년) 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 비업무용토지로 규정하면서 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있는 한편, 제230조에서 “지방세법 제5장의 규정에서 ‘고유업무’라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다”고 규정하고 있었으나, 1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정된 구 지방세법 시행령(이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제230조는 “지방세법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다”고 규정하게 되었고, 위 개정조문과 관련하여 그 부칙에서는 별도의 경과규정을 두지 않았다.
이와 같이 개정 전 지방세법 제290조 제1항에서 원고를 비롯한 공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세의 추징규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 ( 대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결, 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결 등 참조), 위 개정 전·후의 구 지방세법 시행령 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 시행령 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 시행령 아래에서는, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고 ( 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 참조), 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접 사용되는 건물부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지부분으로 제한된다고 할 것이다.
다. 기록에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전인 1996. 10. 8. 이 사건 부지 위에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설인 이 사건 병원의 건축허가를 받고 그 무렵 착공하여 2003. 4. 무렵까지 공사를 계속한 사실, 원고는 2003. 4. 4.경 이 사건 병원의 신축을 완료하여 피고로부터 임시사용허가를 받고 근린생활시설인 이 사건 건물을 제3자에게 임대한 사실, 한편 원고는 2003. 3.경 이 사건 토지 위에 이 사건 병원의 장례식장 건물(연면적 5,804.28㎡)의 신축공사를 진행하여 2004. 11.경 이를 완공한 후, 그 무렵부터 위 건물 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장 용도로 사용한 사실을 알 수 있다.
이에 의하면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년의 유예기간 경과일인 1998. 12. 1. 현재 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이므로 이 부분은 면제된 등록세, 취득세의 추징 대상이 된다고 할 것이나, 이를 제외한 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설을 제외한 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 할 것이므로 이에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 없고, 이와 같이 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세 등이 면제된 것으로 확정된 이상, 나중에 원고가 이 사건 토지 중 일부에 이 사건 장례식장 건물을 신축하여 장례식장 용도로 사용하더라도 그 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징할 수는 없다고 할 것이다.
그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원 건물의 건축공사를 진행함으로써 이 사건 토지를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이라고 할 것이나, 원심이 이 사건 장례식장 부속토지 부분에 대한 과세처분을 위법하다고 본 것은 결과적으로 정당하여 원심의 위 잘못은 판결 결과에 영향이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
2. ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’에 대한 과세처분의 적법 여부에 대하여
가. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 규정하고 있고(다만, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간)으로 규정하고 있고, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정된 후 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 지방세법’이라 한다) 제30조의4 제1호에서는 “지방세를 부과할 수 있는 날로서 대통령령으로 정하는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다”고 규정하고 있으며, 그 시행령 제14조 제2항 제3호에서 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고·납부기한의 다음날이 지방세를 부과할 수 있는 날’이라고 규정하고 있다. 그리고 개정 후 지방세법 제120조 제3항 및 제150조의2 제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세·등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세·등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고, 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조 및 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제7조, 구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제9조는 “당해 본세를 신고·납부하는 경우에는 그에 대한 농어촌특별세 내지 교육세를 신고·납부하여야 한다”고 규정하고 있다. 한편, 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자가 과세표준과 세액을 과세관청에 제출하는 납세신고에 의하여 조세채무가 확정되고, 이때 조세채무를 확정시키기 위해서는 기한 내에 신고가 있어야 할 것이나, 신고납세방식의 조세라 하더라도 납세의무자가 법정신고 기한 내에 신고하지 아니하여 그 기한이 경과된 경우에는 부과납세방식의 조세로 변경된다고 보아야 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조).
나. 따라서 이 사건에서 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지가 취득세·등록세 등의 추징대상이 된다고 하여도, 원고가 위 부속토지 부분에 대하여 이 사건 추징사유 발생일인 1998. 12. 1.부터 30일(1998. 12. 31.) 이내에 추징세액을 신고·납부하지 아니하였으므로, 피고는 위 신고·납부기한 다음날인 1999. 1. 1.부터 5년간 원고에게 취득세, 등록세 등의 추징세액을 부과·징수할 수 있다고 할 것인데(한편, 원고가 1997. 12.경 피고에게 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등 감면신청서를 제출한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이러한 감면신청서의 제출은 납세자인 원고가 ‘법정신고기간 내에 과세표준 신고서를 제출한 경우’와 동일하게 보아야 할 것이므로, 농어촌특별세에 대한 부과제척기간도 5년이라고 할 것이다), 피고가 그 제척기간 만료일(2004. 1. 1.)이 경과한 2004. 8. 10.에 이르러서야 비로소 이 사건 건물 중 근린생활시설 부분에 해당하는 토지에 대하여 취득세, 등록세 등을 추징 과세한 것은 위법하다고 할 것이다.
그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원을 건축함으로써 이 사건 토지 전부를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이나, 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지 부분에 대한 과세처분이 위법하다고 본 결론에 있어서는 정당하다. 이 부분 상고이유의 주장은 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.
3. 결 론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.