이전 공공기관의 증자관련 등록면허세 감면여부 회신

질의요지

•이전공공기관이 지방이전 이전에 출자한 자본금 증가에 따른 법인등기를 지방이전 이후에 등기한 경우 감면대상에 해당하는지 여부

회신내용

•「지방세특례제한법」제81조제1항에서 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 “이전공공기관”이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전 계획을 승인받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산의 경우 취득세를 감면한다고 규정하면서, 같은 조 제2항에서는 이전공공기관의 법인등기에 대해서는 등록면허세를 감면하도록 규정하고 있습니다.

•살피건대, 「지방세특례제한법」제81조가 최초로 시행(2011.1.1.)되기 이전 규정인 구「지방세법」제274조의2의 입법취지가 국토의 균형발전을 위하여 본점 또는 주사무소를 수도권에서 지방으로 이전하는 공공기관이 본점용 부동산 등을 취득하는 경우와 지방이전에 따라 주사무소 등이 변경등기를 하는 경우 지방세 감면혜택을 부여하고자 제정되었고, 현행 「지방세특례제한법」제81조에 관한 감면규정의 제목에서도 ‘이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면’이라고 규정하여 그 감면대상의 범위가 ‘지방이전’과 관련한 감면임을 충분히 추정할 수 있습니다. 

•또한, 「지방세특례제한법」제81조 제1항에서 이전공공기관이 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있는 것으로 보아 동법 동조 제2항에서 등록면허세가 면제되는 법인등기도 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기로 보는 것이 합리적이라 할 것이며, 나아가 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 법인등기로 한정하여 등록면허세를 감면하고 있다는 점 등을 고려하여야 할 것입니다.

【지방세특례제도과-2747, 2016.9.28.】