제목: 기업부설 연구소 공용부분 안분에 대한 질의

<질의요지>

교육과학기술부 장관으로부터 건축물 전체를 기업부설 연구소로 인정받았으나，이 중 회의실，구내식당，지하주차장 등을 기업부설 연구소가 전용으로 사용하지 않고 건물 내의 본점 사무실과 공동으로 사용하는 경우，본점 사무실과 기업부설 연구소의 전용면적비율로 안분하여 취득세를 면제할 수 있는지 여부

<회신내용>

「지방세 특례제한법」제46조제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산（부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다）에 대하여는 취득세를，과세기준일 현재 기업부설 연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제함. 다만，연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제23조제1항에서 법 제46조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설 연구소”란토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조제1항제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부 장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있음.

위 규정 취득세 등의 면제 대상이 되는 기업부설 연구소의 범위는 교육과학기술부 장관에게 인정을 받은 것을 한도로 하되（행정안전부 지방세운영과-5828, 2011.12. 26. 참조），한도 내의 경우라고 하더라도 위 규정 본문 단서의 추징규정에 따라 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소로 사용하지 아니한 부분에 대하여는 이미 면제된 취득세가 추징대상이 된다고 할 것인바，귀문과 같이 기 업부설 연구소로 인정받았다고 하더라도 회의실，주차장，구내식당 등 공용사용 면적의 구분이 불분명한 경우에는 기업부설 연구소로 직접 사용하는 전용면적의 비율로 각각 안분하여 취득세를 면제함이 타당하다고 할 것（행정안전부 지방세정팀-3768, 2007. 9. 14. 참조）으로 판단됨. 다만，이에 해당 여부는 당해 과세권자가 관련 자료 및 사실 조사 등을 통하여 최종 결정할 사항임.

지방세운영과-4080,(2012.12.18.)