대법원 2016두59713(2017.04.13) 취득세 
(처분청패소)
【원 심 판 결】
서울고등법원 2016. 10. 14. 선고 2016누37272 판결
 
 제목
기존 지주회사의 신규 자회사편입으로 인한 과점주주 간주취득세 면제 여부
[판결요지]
지주회사에 대한 세제혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도, 이 사건 감면조항에서 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제105조 제6항은 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2010.12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 구 「지방세법」제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다‘고 규정하고 있다.
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 감면조항의 입법취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다(대법원 2014. 1. 23. 선고2011두2781 판결 등 참조). 그렇다면 이미 공정거래법에 따른 지주회사로 설립 내지는 전환되었더라도 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하여 그 국내 회사에 대한 지주회사가 되는 기업구조조정이 있는 경우에는 새로 지주회사를 설립하는 경우와 마찬가지로 여전히 이 사건 감면조항에 따른 세제혜택을 부여할 필요가 있다. 그리고 일반지주회사가 사업내용을 지배할 목적으로 일정한 요건을 갖추어 계열회사가 아닌 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하기 위하여 해당 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 지주회사 및 과점주주가 되는 것은 공정거래법상 원칙적으로 허용된다.
이와 같은 이 사건 감면조항의 문언과 아울러 지주회사에 대한 세재혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도 이 사건 감면조항에서 , 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택한 증거들에 의하면, 원고는 2009. 9. 30. 공정거래법에 따른 지주회사로 전환된 상태에서 2010. 10. 14. 이 사건 부동산을 소유하고 있는 아프라나서울 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 발행주식 51%를 취득하여 공정거래법에서 정한 자회사로 편입한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 공정거래법의 지주회사로서 소외 회사의 주식을 취득함으로써 소외 회사를 자회사로 새로 편입하였더라도 이 사건 감면조항이 적용된다고 할 것이다.
다. 그럼에도 원심은 이에 어긋나는 판시와 같은 이유만으로 이와 달리 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 감면조항의 적용범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
2. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하며, 사건을 다시 심리⋅판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.