행심 제2004-186호(2004. 7. 26)

주문
청구인의 심사청구를 취소한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 비영리의료법인인 청구인이 2003.12.17. ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○○-○번지 대172.0㎡ 및 지상건축물 162.88㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다.)를 청구외 김○○으로부터 유상승계 취득한 후, 2004.1.9.과 같은 해 1.15. 이 사건 부동산의 취득가액(278,000,000원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 등록세 8,340,000원, 지방교육세 1,668,000원, 취득세 5,560,000원, 농어촌특별세 556,000원, 합계 16,124,000원을 신고납부 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 영유아보육시설로 사용하기 위하여 이건 부동산을 취득한 후, 지방세법 제107조 본문 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호, 같은법시행령 제79조 제1항의 규정에 의거 취득세 등을 처분청이 비과세하여 주지 않자 이를 신고납부하고, 영유아보육시설용으로 부동산을 취득하여 취득일부터 3년 이내에 영유아보육시설로 사용하는 경우 비과세대상으로 한다는 행정자치부의 유권해석(세정 제13407-827호, 1999. 7. 8과 세정13407-875호, 1999.7.15. 참조)을 인용하면서 이 사건 부동산은 취득세 등의 비과세 대상이라고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 영유아보육시설을 운영하려는 자가 부동산을 취득한 경우 비과세 대상인지 여부에 있다 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하고, 다만 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하며, 같은법시행령 제79조 제1항 제6호에서 법 제107조 제1호에서“대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자라고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1992.9.30. 의료기관의 설치운영 등을 목적사업으로 설립한 의료법인으로서 2003.11.18. 동 법인 이사회에서 직장보육시설 설치를 결의한 다음 2003.12.17. 이 사건 부동산에 대하여 잔금을 지급하고, 2004.1.9. 취득신고 및 등록세를 신고납부하였으며, 2004.1.10. 소유권이전등기를 경료하였고, 2004.1.15. 취득세를 신고납부하였으며, 2004.2.18. 교육연구?복지시설 및 단독주택으로 증축(22.81㎡)과 동시 용도변경 허가를 받았고, 2004.3.23. 영유아보육시설 신고필증을 교부받은 사실이 제출된 관계 증빙자료에 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 영유아보육시설을 운영하려는 자가 부동산을 취득한 경우도 비과세 대상으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 지방세법 제107조 본문 제1호와 같은 법 제127조 제1항 제1호 및 같은 법시행령 제79조 제1항 제6호에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여는 취득?등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 상시 여성근로자 300인 이상을 고용하고 있는 사업장(2004. 6월 종업원할 사업소세 자료상 431명임)을 운영하는 청구인의 경우, 영유아보육법 제7조 제3항 및 같은 법시행령 제14조 제1항에 의거 직장보육시설을 의무적으로 설치하여야 하므로 2003.11.18. 이사회의 결의에 따라 이 사건 부동산을 취득한 후 교육연구 및 복지시설 등으로 용도변경을 하고, 2004.3.23. 처분청으로부터 보육시설신고필증을 교부받아 현재까지 직원자녀를 대상으로 보육시설 운영하고 있으므로 취득세 등이 비과세 대상에 해당된다고 봄이 타당하다고 하겠으나, 처분청에서는 이 사건 부동산 취득일 현재 보육시설신고필증을 교부받지 않았다는 이유로 법문 상 영유아보육시설을 운영하는 자가 될 수 없다고 보고 과세대상으로 판단한 것은 영유아보육시설에 대하여 세제혜택을 주어 장려하는 입법취지는 물론 영유아의 건전한 육성이나 여성의 사회진출기회 확대, 출산장려 등 사회복지제도가 점차 확대되는 추세에 비추어 바람직한 해석이라 할 수 없고, 현실적으로도 보육시설의 설치신고를 하려면 건축물관리대장등본과 시설 및 설비목록을 제출하도록 되어 있어서 당해 부동산을 임차하거나 취득하여 시설을 설치한 후 신고하여야 하므로 보육시설설치 신고에 앞서서 부동산 취득 등이 이루어져야 하는 점과 상당수의 지방자치단체에서 이러한 경우 취득세 등을 비과세 대상으로 운영하여온 점 등을 종합하여 보면, 단순히 법문의 해석에만 치우쳐 취득일 현재 보육시설 설치신고가 완료되지 않았다고 하여 취득세 등의 과세대상으로 판단한 것은 잘못이라 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.