1. 처분의 경위

  가. 원고는 2009. 4. 1. 연구개발사업, 기술시험, 검사 및 분석업 등을 목적으로 하여 설립되어 2009. 5. 7. 외국인투자 촉진법에 따라 외국인투자기업으로 등록된 법인이다.

  나. 원고는 인천경제자유구역청장과 사이에, 2009. 11.경 ‘Bio Research Complex 조성사업 기본협약’을 체결하고, 2009. 11. 26.경 1단계 토지매매계약(이하 ‘이 사건 1단계 토지매매계약’이라 한다)을 체결하였는바, 이는 해당 토지에 관한 지구단위계획이 확정되는 시기에 확정측량절차를 거쳐 목적 토지를 매수하기로 하고, 그에 앞서 대략적으로 매각 대상 토지의 면적을 23,365.2㎡로 특정하면서 이를 매수하되, 원고는 본 계약체결일로부터 1년 이내에 건축물 등을 착공하고, 착공일로부터 2년 이내에 준공하기로 하며(제12조 가항), 이러한 조건이 이행되지 아니할 경우 매매계약이 자동적으로 해제되는 내용(제13-1조 가항)을 포함하고 있다.

  다. 원고는 인천경제자유구역청장과 사이에 2단계 토지매매계약(이하 ‘이 사건 2단계 토지매매계약’이라 한다)으로서, 2010. 7. 6. 인천 ◯◯구 ◯◯동 206 대 37,052.9㎡(이하 ‘이 사건 206 토지’라 한다) 및 같은 동 214 대 68,250.1㎡에 관하여, 2011. 3. 2.경 인천 ◯◯구 ◯◯동 203-1 대 17,251.8㎡, 같은 동 203-5 12,546.4㎡, 같은 동 204 대 28,722.4㎡(이하 ‘이 사건 204 토지’라 한다) 및 같은 동 205 대 18,604.5㎡(이하 ‘이 사건 205 토지’라 하고, 같은 동 204 내지 206 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 각 매매계약을 체결한 후 2012. 4. 16. 이 사건 206 토지에 관하여, 2013. 5. 15. 이 사건 204, 205 각 토지에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.

  라. 이 사건 2단계 토지매매계약에는 이 사건 1단계 토지매매계약 제13조에 따른 계약해제사유 발생시 이 사건 각 토지에 환매사유가 발생한 것으로 간주하여 인천경제자유구역청장이 해당 토지를 환매할 수 있다는 특약이 포함되어 있었고, 이에 따라 이 사건 각 토지에 관하여 환매특약의 부기등기가 마쳐졌다.

  마. 원고는, 이 사건 각 토지를 취득함에 있어 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조1)에 따라 피고에게 취득세 감면신청을 하여 전액 감면받았다.

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1) 이 사건 206 토지의 경우 원고가 이를 2012. 4. 16. 취득함에 따라 취득세 감면근거규정이 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항이나, 위 양규정의 실질적인 내용이 동일하고 면제기한만 2012. 12. 31.에서 2014. 12. 31.로 연기된 것이므로, 이하에서는 별도로 구별하지 아니한다.

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  사. 원고는 그에 따라 이 사건 206 토지에 관하여 구 지방세특례제한법 제46조 단서에서 규정한 취득세 추징사유에 해당한다고 판단하여 2014. 5.경 피고에게 감면된 취득세를 신고하면서 원고가 외국인투자기업임을 이유로 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의2 제1항 제1호, 제4항 등을 근거로 이 사건 206 토지 중 외국인 투자비율(4.68%)에 해당하는 면적에 대한 취득세 등 감면신청을 하여 취득세 34,406,160원, 농어촌특별세 1,720,300원, 지방교육세 3,440,610원 합계 39,567,070원을 감면받고, 이를 제외한 나머지 취득세 700,768,250원, 농어촌특별세 35,038,410원, 지방교육세 70,076,820원 합계 805,883,480원을 신고․납부하였다.

  아. 피고는 원고가 이 사건 1단계 토지매매계약에서 정한 바와 같이 ‘본 계약체결일로부터 1년 이내에 건축물 등을 착공하고, 착공일로부터 2년 이내에 준공’이라는 조건을 이행하지 않았음을 이유로 이 사건 204, 205 각 토지에 관하여도 환매권을 행사하여 2015. 11. 17. 인천광역시 앞으로 위 각 토지에 관한 소유권이전등기가 경료되었다.

  자. 원고는 그에 따라 이 사건 204, 205 각 토지에 관하여도 동일한 취득세 추징사유에 해당한다고 판단하여 2015. 12.경 피고에게 감면된 취득세 등으로서, 이 사건 204 토지에 관하여는 취득세 574,069,620원, 농어촌특별세 28,703,480원, 지방교육세 57,406,960원 합계 660,180,060원을, 이 사건 205 토지에 관하여는 취득세 371,962,060원, 농어촌특별세 18,598,100원, 지방교육세 37,196,200원 합계 427,756,360원을 각 신고․납부하였다.

  차. 피고는 원고가 이 사건 206 토지를 취득한 후 기획재정부장관에게 신고한 외국인투자기업 감면대상 사업인 ‘Bio분야 연구개발’과 관련한 시설을 설치하거나 영위하지 않고 이를 매각함으로써 이 사건 206 토지가 외국인투자기업이 기획재정부장관에게 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 해당하지 않는다는 이유로 2018. 1. 11. 위 토지에 관하여 원고의 재감면신청에 따라 감면된 취득세 등에 대하여 감면을 배제하고 원고에게 취득세 49,090,700원, 농어촌특별세 2,110,460원, 지방교육세 4,220,940원 합계 55,422,100원(무신고가산세 및 납부불성실가산세 포함)을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 취득세 등 부과처분’이라 한다).

  카. 한편, 피고는 재산세에 관하여, 2013년도의 경우 과세기준일(6. 1.)을 기준으로 이 사건 각 토지 중 외국인투자비율(4.68%)에 해당하는 면적에 대하여는 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호, 제4항 등에 따라 재산세 등을 감면하고, 나머지 면적에 대하여는 나대지로 보아 종합합산과세대상으로 구분하여 부과하였고, 2014년, 2015년도의 경우 각 과세기준일(6. 1.)을 기준으로 이 사건 204, 205 각 토지 중 외국인투자비율(4.68%)에 해당하는 면적에 대하여는 동일한 사유로 재산세 등을 감면하고, 나머지 면적 중 이 사건 204 토지는 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 구분하고, 이 사건 205 토지는 나대지로 보아 종합합산과세대상으로 구분하여 부과하였는데, 이후 원고가 위 감면규정에서 정한 ‘고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 사업장을 새로이 설치 또는 운영하는 경우로서, 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산’으로 사용하지 않고 나대지로 방치한 상태에서 인천경제자유구역청장에게 환매하였다는 이유로 2018. 2. 12. 이 사건 각 토지에 관하여 위와 같은 재산세 감면 부분을 배제하고, 이 사건 각 토지를 모두 종합합산과세대상으로 구분하여, 2013년도 재산세 32,741,270원, 지방교육세 6,548,250원 합계 39,289,520원(이하 ‘이 사건 2013년 재산세 등 부과처분’이라 한다), 2014년도 재산세 61,491,950원, 지방교육세 12,298,390원 합계 73,790,340원(이하 ‘이 사건 2014년 재산세 등 부과처분’이라 한다), 2015년도 재산세 61,640,250원, 지방교육세 12,328,050원 합계 73,968,300원(이하 ‘이 사건 2015년 재산세 등 부과처분’이라 하고, 위 각 재산세 등 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’이라 한다)을 각 부과․고지하였다.

  타. 원고는 인천광역시장에게, 2018. 4. 9. 취득세 부분에 관하여 이의신청을 하였으나 2018. 6. 22. 기각되었고, 2018. 4. 19. 재산세 부분에 관하여 이의신청을 하였으나 기각되었다.

  파. 원고는 2018. 6. 13. 이 사건 각 토지를 기업부설연구소용으로 사용하기 위해 단계적으로 건축을 진행하던 중 외부적 요인으로 환매된 것이므로 기업부설연구소용으로 직접 사용하지 못한데 있어 정당한 사유가 있음을 이유로 이미 신고․납부한 취득세 등 합계 1,893,819,920원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 7. 23. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 취득세 등 부과처분, 이 사건 각 재산세 등 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  하. 원고는 2018. 10. 8. 조세심판원에 재산세 부분에 관하여 심판청구를 하였으나 2019. 2. 12. 기각되었다.

  거. 원고는 2018. 10. 19. 조세심판원에 취득세 부분에 관하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 2. 11. 환매 관련 특례세율을 적용하여 세액을 경정하는 외에는 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 4, 5, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

  (1) 이 사건 거부처분에 관하여

  (가) 원고가 기업부설연구소에 직접 사용할 의사를 가지고 이 사건 각 토지를 취득한 이상 이로써 구 지방세특례제한법 제46조에 따라 취득세 등이 면제되어야 하고, 그 이후의 사정은 면제 여부에 아무런 영향을 미치지 못한다. 그럼에도 원고가 이 사건 토지 취득 이후 기업부설연구소를 설치하거나 기획재정부장관에게 신고한 감면대상 사업용으로 사용하지 않았다는 사후적 사정을 이유로 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다(①주장).

  (나) 설령 그와 같은 사후적 사정이 고려될 수 있다고 하더라도, 원고가 사업을 진행하던 중 글로벌 경기침체와 경기불황, 길재단의 투자지연, 인천도시공사의 출자지분에 대한 매수요청 등 외부적 요인으로 인하여 사업진행이 지연되었고, 그럼에도 개발사업을 중단하거나 포기하지 않았으나 인천경제자유구역청장이 원고가 개발사업을 진행하지 못할 것으로 판단하여 이 사건 각 토지를 매각대금보다 낮은 가격으로 환매하였는바, 이러한 사정을 고려하면 원고는 구 지방세특례제한법 제46조 단서에서 정한 ‘정당한 사유’에 해당한다. 그럼에도 이러한 고려 없이 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다(②주장).

  (2) 이 사건 취득세 등 부과처분에 관하여

  원고는 기획재정부장관에게 신고한 의학 및 약학 연구개발업 등을 영위하기 위하여 이 사건 각 토지를 취득하였으므로 이로써 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 등 감면대상에 해당할 뿐만 아니라, 현재까지 4.68%의 외국인투자비율을 유지하면서 사업을 영위하고 있어 같은 법 제121조의5 제3항에서 열거한 추징사유에도 해당하지 아니하므로, 이 사건 취득세 등 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(③주장).

  (3) 이 사건 각 재산세 등 부과처분

  (가) 원고는 기획재정부장관에게 신고한 의학 및 약학 연구개발업 등을 영위하기 위하여 이 사건 각 토지를 취득하였으므로 이로써 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 재산세 등 감면대상에 해당할 뿐만 아니라, 현재까지 4.68%의 외국인투자비율을 유지하면서 사업을 영위하고 있어 같은 법 제121조의5 제3항에서 열거한 추징사유에 해당하지 아니하므로, 이 사건 재산세 등 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(④주장).

  (나) 원고는 이 사건 204 토지에 관하여 2014. 5. 21. 착공신고필증을 교부받고 2014. 5.경 주식회사 영동건설과 BRC 연구소 제4동을 건설하기 위한 도급계약을 체결하였으며, 2014. 5. 30. 규준틀을 설치하고, 2014. 6. 16. 터파기 공사를 시작하여 2014. 8. 18. 터파기 공사를 완료한 후 2014. 9. 6. 토공사가 최종 완료되었다. 이후 2015. 5. 12.부터 2015. 5. 29.까지 추가 터파기 공사를 실시하였고, 2015. 5. 19.부터 2015. 6. 12.까지 SCW 차수공사를 완료하였다. 따라서 2014년도 및 2015년도 재산세 과세기준일 당시 이 사건 204 토지는 건축 중인 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당함에도 종합합산과세대상으로 구분하여 이루어진 이 사건 2014년, 2015년 각 재산세 등 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(⑤주장).

  나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

  다. 판단

  (1) 이 사건 거부처분에 대한 판단

  (가) 구 지방세특례제한법 제46조에서는 ‘대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2014. 12. 31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항에서는 ‘법 제46조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.’고 규정하고 있다.

  ①주장에 관하여 보건대, 위 각 규정의 문언 내용과 체계, 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하려는 이 사건 법률조항의 입법 취지를 실현하기 위해서는 기업부설연구소의 설치가 필수적인 점 등에 비추어 보면, 위 구 지방세특례제한법 시행령 조항은 위 법률조항 본문에 따라 취득세 등이 면제되기 위한 사후적 요건으로서 기업부설연구소 설치와 그 인적·물적 시설 기준 등을 정한 것으로 봄이 타당하므로, 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였더라도 위 시행령 조항에서 정한 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 처음부터 위 법률조항 본문에 따른 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세되는 것이라고 봄이 상당하고(대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결 참조), 원고가 기업부설연구소를 설치하지 아니한 채 이 사건 각 토지를 환매당한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이로써 원고는 위 법률조항에서 정한 취득세 면제대상에서 제외되었다고 할 것이니, 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.

  (나) ②주장에 관하여 보건대, 구 지방세특례제한법 제46조 단서에서는 기업부설연구소가 설치됨을 전제로 그로부터 4년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세를 추징하되, 연구소 폐쇄 또는 다른 용도로의 사용에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 추징대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 따라서 위 조항에 따라 추징대상에서 제외되기 위하여는 기업부설연구소가 설치됨이 전제되어야 하나, 원고는 기업부설연구소를 설치한 바 없으므로, 그 정당한 이유를 묻지 아니하고 추징대상에 해당한다고 할 것이다.

  설령 추징대상 제외에 있어 기업부설연구소를 설치하지 아니함에 정당한 사유가 있는지 여부를 고려할 수 있다고 보더라도, 지방세 감면 이후 추징이 배제되는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것인데(대법원 1995. 11. 10. 선고 95누7482 판결 참조), 원고가 주장하는 바와 같은 사정은 원고의 내부적 사정에 불과하여 위 법리에 따른 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 그와 같은 정당한 사유를 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 자료가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

  (2) 이 사건 취득세 등 부과처분에 대한 판단

  경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업을 하기 위한 외국인투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 취득세, 재산세 등을 감면하고(구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2호의2), 그와 같은 외국인투자는 경제자유구역안에서 같은 법 제121조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 따른 사업을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로 설치하거나 증설하는 경우에 해당되어야 한다{구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 제5항 제5호}.

  위 각 규정의 문언 내용과 체계, 위 조항의 입법 취지를 실현하기 위해서는 연구시설의 설치 또는 증설이 필수적인 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 조항은 위 법률조항에 따라 취득세 등이 면제되기 위한 사후적 요건으로서 연구시설의 설치 또는 증설과 그 인적·물적 시설 기준 등을 정한 것으로 봄이 타당하므로, 연구시설에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였더라도 위 시행령 조항에서 정한 연구시설을 설치 또는 증설하지 못한 경우에는 처음부터 위 법률조항에 따른 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세되는 것이라고 봄이 상당하고(따라서 구 조세특례제한법 제121조의5 제3항에 따른 추징사유에 해당하지 아니하다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다), 원고가 연구시설을 새로 설치 또는 증설하지 아니한 채 이 사건 206 토지를 환매당한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이로써 원고는 위 법률조항에서 정한 취득세 면제대상에서 제외되었다고 할 것이니, 원고의 ③주장은 이를 받아들일 수 없다.

  (3) 이 사건 재산세 등 부과처분에 대한 판단

  (가) ④주장에 대하여는, 위 ③주장에 대한 판단과 동일한 이유로 원고의 위 주장을 받아들일 수 없다.

  (나) ⑤주장에 대하여 보건대, 구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제2호 가목에서는 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하면서, 그 중 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있다. 그리고 위 건축물의 부속토지에 완공된 건축물뿐만 아니라 건축 중인 건축물의 부속토지도 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 건축물은 제외된다{구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것) 제103조 제1항 제3호}. 여기에서 건축 중인 건축물이라 함은 과세기준일 현재 건축공사에 착수하여 건축을 하고 있는 건축물을 말한다. 착공에 필요한 단순한 준비작업을 하고 있는 데 지나지 않은 경우는 건축 중이라고 할 수 없지만, 터파기나 구조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론 그보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 그 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두58406 판결 참조).

  이 사건에 관하여 보건대, 갑 제13 내지 17호증의 각 기재에 의하면 원고가 비록 그 주장과 같은 일부 공사를 진행한 사실은 인정되나, 한편, 을 제13, 14호증의 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 인천경제자유구역청장은 원고가 2014. 5. 21. 이 사건 204 토지에 착공신고를 하였으나 이후 실질적인 공사가 이루어지지 않아 공사의 완료가 불가능하다고 판단하여 2016. 5. 24. 원고에 대한 건축허가를 취소한 점, 원고는 건축물을 건축하거나 지하공사 또는 골조공사 등을 전혀 진행함이 없이 일부 흙막이공사 또는 터파기공사 등 단순 부지 조성을 목적으로 하는 일부 공사만을 진행한 점, 원고가 진행한 위 공사마저도 2014. 9.경부터 2015. 5.경까지 중단되었던 점 등 그 공사의 구체적 내용과 진행 경과에 비추어 보면, 이는 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우로서 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 경우에 해당한다고 보기 어려워 건축 중인 건축물의 부속토지로 별도합산과세대상에 해당하지 아니한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다.

3. 결론

  그렇다면 이 사건 각 처분은 적법하므로 원고의 각 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

■ 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 12. 31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것)

제23조(기업부설연구소)

① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

■ 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

  1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자 촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

    가. 산업지원서비스업: 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업

    나. 고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

  2의 2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세특례제한법」 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.

  1. 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

  2. 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산의 과세표준에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "공제대상금액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 각각 공제한다.

제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등)

③ 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의2 제4항·제5항 및 제12항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 이 경우 제1호에 해당하는 경우에는 그 미달된 비율에 상응하는 금액에 해당하는 세액을 추징한다.

  1. 제121조의2 제5항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가의 주식등의 비율이 감면 당시의 주식등의 비율에 미달하게 된 경우

  2. 제121조의2 제4항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우

  3. 「외국인투자 촉진법」에 따라 등록이 말소된 경우

  4. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우

  5. 제121조의2 제1항 제1호 외의 사업을 하는 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년(고용 관련 조세감면기준은 3년)이내에 출자목적물의 납입 및 「외국인투자 촉진법」 제2조 제1항 제4호 나목에 따른 장기차관의 도입 또는 고용인원이 제121조의2 제1항에 따른 조세감면기준에 미달하는 경우

■ 구 조세제한특례법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

제116조의2(조세감면의 기준등)

⑤ 법 제121조의2 제1항 제2호의2의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조 제1호의 규정에 의한 경제자유구역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  5. 법 제121조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 따른 사업(이하 이 호에서 "사업"이라 한다)을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로 설치하거나 증설하는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우

    가. 외국인투자금액이 미합중국 화폐 1백만불 이상일 것

    나. 사업과 관련된 분야의 석사 이상의 학위가 있는 자로서 3년 이상 연구경력이 있는 자를 상시 10인 이상 고용할 것

■ 구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

  2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

    가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

■ 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것)

제103조(건축물의 범위 등)

① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

  3. 건축 중인 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다. 끝.