1. 처분개요

  가. 청구법인은 인천광역시 서구에 본점을 두고 반도체 및 디스플레이용 전자재료 등 제조업을 영위하는 법인으로, 「법인세법」 제13조(과세표준)에 따라 계산한 금액에 세율을 곱한 금액(세액공제 미적용)을 2014사업연도 법인지방소득세로 신고‧납부하였다.

  나. 이후 청구법인은 2020.5.4. ① 중국에서 이자 및 사용료소득과 관련하여 납부한 외국납부세액 OOO, ② 이월된 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 세액공제액 합계 OOO법인지방소득세 상당액을 산출세액에서 공제하여 2014사업연도 법인지방소득세 OOO환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였다.

<표> 경정청구 및 심판청구의 내용

                                       (단위 : 원)

  다. 청구법인의 본점 관할인 OOO2020.6.25. 「지방세특례제한법」에서 세액공제를 별도로 규정하고 있지 아니하여 경정청구를 받아들일 수 없다는 취지의 경정청구 거부통지를 하였고, OOO위 경정청구에 대하여 별도의 통지를 하지 아니하였다.

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

  (1) (쟁점①) 「지방세법」상 공제규정이 있는지 여부와 관계 없이 한‧중 조세조약에 따라 법인지방소득세 납부세액을 계산할 때 외국납부세액공제를 적용하여야 한다.

   (가) 대한민국헌법 제6조 제1항에 따라 자기집행력을 가진 조세조약은 별도의 시행입법 등의 변형행위 없이 국내법적 효력을 가지므로 그 자기집행력에 따라 한‧중 조세조약을 직접 적용하여 외국납부세액공제를 하여야 한다.

   (나) 개인지방소득세에 대하여는 외국납부세액공제를 허용하고 있는데, 외국납부세액공제는 이중과세에 대한 조정에 불과하므로 개인과 법인을 달리 구분할 이유가 없고, 조세조약상으로도 두 실체를 차별할 수 없다.

   (다) 중국에 납부한 배당소득에 대한 외국납부소득공제와 관련하여 생산된 조세심판 결정(조심 2016지872, 2018.2.6.)에서도 법인지방소득세 산정시 외국납부세액공제를 적용할 수 있다고 판단하였다.

   (라) 처분청은 쟁점외국납부세액을 과세표준 계산상 손금산입하였으므로 이 건 청구가 본안심리대상이 아니라는 의견이다.

   그러나 청구법인은 손금산입이 아닌 세액공제를 우선적으로 적용하여야 한다고 심판청구한 것이어서 이 건 청구는 본안심리 대상이다.

  (2) (쟁점②) 2014.1.1. 「지방세법」 개정 이전에 발생한 조특법상 이월세액에 대하여 「지방세법」 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)의 규정 및 신뢰보호의 원칙을 감안하여 이월세액공제가 인정되어야 한다.

   (가) 법인지방소득세가 법인세의 부가세에서 독립세로 전환되면서 생긴 2014.1.1. 개정된 「지방세법」은 일반적 경과조치를 규정하였고, 이는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하기 위한 특별규정이므로 그 취지에 맞게 청구법인에게 이월세액공제가 적용되어야 한다.

   (나) 처분청은 2014.1.1. 개정 전 「지방세법」에서도 법인지방소득세를 산정함에 있어 세액공제에 대한 별도의 규정이 없어서 일반적 경과조치를 적용할 수 없다는 의견이다.

   그러나 과거의 지방소득세 법인세분은 법인세에 부가하는 형태였기 때문에 별도의 규정이 없더라도 법인세를 산출하는 과정에서 세액공제가 적용되고, 그 결과 지방소득세 산출에도 세액공제가 적용되는 구조였다.

   따라서 과거에도 조특법상의 세액공제 규정이 「지방세법」에 포함되어 있었다고 보아야 한다.

   (다) 법원 판례(서울행정법원 2019.11.19. 선고 2018구합87279 판결 참조)에서도 납세자의 신뢰보호를 위해 이월세액공제가 허용되는 것으로 판단하고 있다.

   (라) 일반적 경과조치를 적용함에 있어 종전 규정에서는 이미 미래의 한정된 기간(5년) 동안에 지방소득세 법인세분에서 공제받을 수 있다고 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있고, 그러한 신뢰에 기반한 행위는 보호받아야 마땅한 것이다.

  나. 처분청 의견

  (1) (쟁점①) 처분청OOO은 이 건 심판청구가 제기된 후에 행정안전부의 환급지침(지방소득소비세제과-2748, 2020.8.11.)에 따라 청구법인의 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준 계산상 손금으로 산입하였으므로 이 건 청구는 본안심리대상이 아니다.

  (2) (쟁점②) 2014.1.1. 개정된 「지방세법」에 따라 2014사업연도분 법인지방소득세를 산정할 때에는 조특법상 이월세액공제를 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

   (가) 조특법 제144조 제1항에서는 이월세액공제의 대상을 법인세로 규정하고 있는바, 위 규정을 종전 규정으로 보더라도 그 내용만으로는 법인지방소득세의 세액공제를 적용함에 있어 이월세액공제를 적용할 수 없다.

   (나) 2014.1.1. 개정된 「지방세법」 제2조(일반적 적용례)에서 개정 법률 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 해당 법률을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 2014사업연도분 법인지방소득세는 조특법이 아닌 위 개정된 「지방세법」에 따라 산정되어야 한다.

   (다) 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 참조).

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

  ① 세액공제방식에 따라 법인지방소득세 산출세액에서 외국납부세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

  ② 2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도에 「조세특례제한법」상 이월세액공제를 적용할 수 있는지 여부

  나. 관련 법령 : <별지> 기재

  다. 사실관계 및 판단

  (1) 쟁점①에 관한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

   (가) 법인세 신고서 등에 따르면, 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 외국납부세액을 세액공제방식으로 공제한 것으로 나타난다.

   (나) 법인지방소득세 신고서에 따르면, 청구법인은 2014사업연도분 법인지방소득세를 산정할 때 당초 외국납부세액공제를 적용하지 아니하였다가 경정청구시에 외국납부세액의 10%인 OOO산출세액에서 공제하여 납부세액을 산정한 것으로 나타난다.

   (다) 처분청이 제출한 경정내역서에 따르면, 처분청은 행정안전부의 외국납부세액 환급지침(지방소득소비세제과-2748, 2020.8.11.)에 따라 외국납부세액을 과세표준 계산상 손금산입하여 법인지방소득세를 환급한 것으로 나타난다.

  (2) 쟁점②에 관한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

   (가) 경정청구서에 따르면, 청구법인은 2014사업연도로 이월된 연구 및 인력개발비 세액공제 OOO2014사업연도 법인지방소득세 산정시 공제해 달라고 경정청구한 것으로 나타난다.

   (나) 2014.1.1. 개정된「지방세특례제한법」은 개인지방소득세에 대한 이월세액공제나 감면을 적용하는 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.

   (다) 개정 「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

   (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

    1) 청구법인은 「지방세법」상 공제규정이 있는지 여부와 관계 없이 한‧중 조세조약에 따라 법인지방소득세 납부세액을 계산할 때 외국납부세액공제를 적용하여야 한다고 주장한다.

    2) 그러나, 아래의 내용을 감안하면, 법인지방소득세의 납부세액을 계산할 때 외국납부세액을 세액공제 방식으로 적용할 수 없다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

     가) 한‧중 조세조약에서는 국내법령에 따라 외국납부세액공제를 허용하도록 정하고 있을 뿐 그 구체적인 방법을 마련하고 있는 것은 아니므로 위 조약만을 근거로 하여 외국납부세액공제를 적용하기는 어렵다.

     나) 법인지방소득세의 경우 외국납부세액공제를 적용할 수 있도록 「지방세특례제한법」 등 국내법에서 근거를 마련하고 있지 아니하므로, 조세조약 및 현행 법령으로는 법인지방소득세 산정시 외국납부세액 공제를 적용할 근거가 없다.

   (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

    1) 청구법인은 2014.1.1. 「지방세법」 개정 이전에 발생한 조특법상 이월세액에 대하여 일반적 경과조치의 규정 및 신뢰보호의 원칙에 따라 세액공제를 인정하여야 한다고 주장한다.

    2) 그러나, 아래의 내용을 감안하면, 2014사업연도 이후에는 조특법상 이월세액공제를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

     가) 「지방세법」이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정지방세법에서 정한 과세체계를 적용하여야 한다.

     나) 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 현행「지방세특례제한법」에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 두고 있지 아니하다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

  제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

  1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.(후문 생략)

  2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

  3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

  제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

  1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(괄호 생략)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(괄호 생략)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

  2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

(2) 대한민국과 중화인민공화국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서(2006.7.4.)

  제4조 협정의 한국어본 제23조 제1항과 중국어본 제23조 제2항은 삭제되고 다음에 의하여 대체된다.

  “1. 한국 거주자의 경우, 이중과세는 다음과 같이 회피된다.

      한국 외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 한국의 조세로부터 세액공제의 허용에 관한 한국세법의 규정(이 항의 일반적인 원칙에 영향을 미치지 아니한다)에 따를 것을 조건으로,

     가. 중국 내에서의 원천소득에 관하여, 직접적이든 공제에 의하여서든 중국의 법과 협정에 따라 납부하는 중국조세(괄호 생략)는 동 소득에 관하여 납부하는 한국조세로부터 세액공제를 허용한다. 그러나 그 공제세액은 중국 내에서의 원천소득이 한국의 조세납부 대상이 되는 전체소득에서 차지하는 비율에 해당하는 한국의 조세액의 부분을 초과하지 아니한다.

(3) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

  제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다.

(4) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

  제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

  제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다.(후문 생략)

  부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(5) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

  제153조(외국인투자에 대한 개인지방소득세 등의 감면) [본조신설 2014.1.1] ① 「조세특례제한법」제121조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 개인지방소득세를 각각 감면한다.

  제174조(세액공제액의 이월공제) ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[괄호 생략]에서 공제한다.

  제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(6) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

  제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

  1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자 촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업(각 목 이하 생략)

  제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[괄호 생략] 또는 법인세에서 공제한다.