1. 처분개요

  가. 청구법인은 2015.12.23. OOO 토지 825.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO(OOO 전 대표자, 청구법인 대표이사, OOO을 이하 “종전사업장”이라 한다)과 OOO(종전사업장 공동사업자, OOO과 합쳐서 “OOO 외 1인”이라 한다)으로부터 사업 양도․양수에 따라 취득하고, 2015.12.29. 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조의2 제4항의 사업 양도·양수에 따라 취득하는 사업용 재산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다.

  나. 처분청은 이후 쟁점토지가 사업양도․양수일 현재의 사업목적에 직접 사용되지 않은 것을 확인하고, 사업 양도․양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 해당하지 않는 것으로 보아 기 면제된 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(가산세 포함, 이하 “취득세 등”이라 한다)을 2019.12.9. 청구법인에게 부과․고지하였다.

  다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

   처분청은 취득세 감면대상인 「조세특례제한법」 제32조에 따른 사업용 재산에 해당되기 위해서는 지속적으로 사업에 공여된 재산으로서 사업을 양도한 개인사업자가 해당 자산을 그 사업에 직접 사용하였어야 한다고 주장하나, 이는 「조세특례제한법」 제32조에서 정하는 양도소득세 이월과세 적용요건이므로 처분청은 결국 법인전환에 따른 취득세 감면대상을 양도소득세의 이월과세를 적용받는 대상만을 의미하는 것으로 한정하여 해석하고 있다.

   그러나, 취득세는 부동산 등을 취득한 자의 재산 등을 취득할 당시의 현황에 따라 판단하여야 하는 것이므로(「지방세법 시행령」 제13조), 이 건 취득세 등의 감면여부는 사업을 양도한 개인사업자가 해당 자산을 그 사업에 직접 사용하였는지와는 관계없이 쟁점토지를 취득한 청구법인의 취득 당시의 현황에 따라 판단하여야 한다.

   개인의 법인전환시 양도소득세 이월과세의 적용대상이 아닌 자산에 대하여 취득세 감면을 적용할 수 있는지가 쟁점이 된 사례에서, 대법원은 “그 사업용 재산의 취득이 법 제32조의 규정에 의한 현물출자에 의하여 이루어질 것을 요구하고 있을 뿐 (중략) 현물출자에 의한 법인전환시 양도소득세의 이월과세를 적용받는 대상에 맞추어 사업용 고정자산인 사업용 재산만을 의미한다고 한정하여 해석할 것은 아니다”(대법원 2003.3.14. 선고 2002두12182 판결, 같은 뜻임)라고 판시한바 있다.

   따라서, 법인전환을 통해 쟁점토지를 취득한 청구법인이 유예기간 내에 업무용으로 사용하기 위하여 착공한 경우는 양수법인의 업무에 직접 사용한 것에 해당하므로 취득세 감면대상인 ‘사업용 재산’에 해당한다. OOO 외 1인이 부동산임대업을 영위하기 위하여 경기도시공사로부터 쟁점토지를 취득하였다. OOO 외 1인은 2015.9.14. 건축물 설계표준계약 및 감리계약을 체결하였으므로 쟁점토지의 취득일(2015.12.23.) 당시 착공은 예정되어 있었고, 법인전환으로 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 2016.3.8. 건축허가서를 발급받아 2016.8.23. 착공하고 2018.6.27. 준공하여 현재까지 부동산임대업에 사용하고 있다.

   결국, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 유예기간(5년) 내에 해당 토지를 업무용으로 사용하기 위하여 건물을 착공하였고, 유예기간 내에 준공하여 업무용으로 직접 사용하고 있어 관련 규정에 따라 쟁점토지는 취득세가 감면되는 청구법인의 ‘사업용 재산’에 해당하므로 OOO 외 1인은 원활한 사업의 운영을 위해 단지 사업의 운영형태만 법인으로 전환한 것이므로 이는 지방세법령에 따른 취득세 감면취지에 부합하므로 감면을 배제하고 취득세를 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

  나. 처분청 의견

  「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에서 「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도․양수에 따라 2015년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서 그 단서규정에서 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

   「조세특례제한법」제32조 제1항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있다.

   「조세특례제한법 시행령」제28조 제2항에서 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용 고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제15조 제3항에서 영 제28조 제2항에서 “기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산”이라 함은 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산을 말한다고 규정하고 있다.

   사업양수도일(2015.12.23.) 기준으로 부동산이 실질적으로 임대사업에 공여된 사업용 고정자산으로 보기 어렵고, 종전사업장의 OOO 외 1인은 건축물이 없는 대지인 쟁점토지를 취득하고 2014.12.19.부터 2015.6.18.까지 임차인에게 임대한 사실은 있으나 「법인세법 시행규칙」제26조 제4항에서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점토지를 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항의 사업양도․양수에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 해당하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

  쟁점토지가 ‘사업용 재산’으로서 ‘기업합병․분할 등에 대한 감면대상’에 해당하는지 여부

  나. 관련 법령 : <별지> 기재

  다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인이 쟁점토지를 취득(2015.12.23.)할 당시 건물착공은 계획되어 있었고, 해당 토지에 건축물은 2018.6.27. 준공되어 현재 부동산임대업에 사용되고 있는 것에 대하여는 다툼이 없다.

  (2) 청구법인이 제출한 증빙과 처분청의 심리자료는 다음과 같다.

   (가) 폐업사실증명서에 따르면 OOO이 대표자OOO로 운영하던 종전사업장의 개업일은 2014.8.13., 사업장 소재지는 OOO, 업태는 부동산․부동산업 및 임대업, 종목은 임대업․분양, 폐업일은 2015.12.22.(폐업신고일 2015.12.28.)로 나타난다.

   (나) 청구법인은 2015.12.18. 부동산 임대업, 부동산 관리 및 용역업 등을 목적으로 설립되어, 2016.11.15. 본점 소재지를 OOO에서 OOO으로 이전하였다.

   (다) OOO 외 1인은 2014.12.18. OOO과 쟁점토지에 대하여 임대차계약OOO을 체결하였는바, 해당 임대차계약의 특약사항은 다음과 같다.

   (라) OOO세무서장이 2019.8.12. 발급한 납부내역증명(증명발급대상 수납기간 : 2014년 8월부터 2015년 12월까지)에 따르면, OOO 외 1인은 2015년 발생한 임대수입금과 관련하여 2015.7.27. OOO의 부가가치세를 납부하였다.

   (마) OOO 외 1인은 2015.9.14. OOO과 쟁점토지내 건축물의 설계표준계약 및 감리계약을 체결(2016.4.20. 변경 계약)한 것으로 나타난다.

   (바) 청구법인은 2015.12.23. OOO 외 1인과 사업포괄양수도계약서를 작성하였고, 그 내용은 다음과 같다.

   (사) 처분청 건축과는 2016.3.8. 청구법인이 신청한 쟁점토지내 건축허가(신축)신청서를 아래와 같이 처리하고 건축허가필증을 교부하였고, 청구법인은 2016.8.23. 건축물을 착공하여 2018.6.27. 준공하였다.

   (아) 2016년 시행된 개정 「지방세특례제한법」제57조의2(기업합병․분할 등에 대한 감면)에 대한 해설내용은 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

   (가) 「지방세특례제한법」 제57조의2 제4항에서 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2015년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 「조세특례제한법」 제32조 제1항에서 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 규정하는 한편, 같은 법 시행령 제28조 제2항에서 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용 고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 말한다고 규정하고 있다.

   (나) OOO 외 1인은 2014.12.18. OOO 등 임차인들과 쟁점토지에 대한 임대차계약(임대차기간 : 2014.12.19.부터2015.6.18.까지)을 체결하였고, 이에 따라 2015년 발생한 임대수입금에 대하여 OOO의 부가가치세를 납부하는 등 2015년에 쟁점토지를 임대사업에 실제 사용하였다는 청구주장에 수긍이 가는 점,

   비록 쟁점토지가 이 건 사업양수도일(2015.12.23.) 당시 임대사업에 공하지는 않았으나, OOO 외 1인은 쟁점토지를 취득한 후 임대사업에 사용하다가 건축물의 착공(2016.8.23.)을 이유로 건축물 설계계약을 체결하는 등 착공을 위한 준비를 계속하였고, 건축사업의 원활한 진행을 위해 착공하기 전에 임대를 중단하고 임차인들로부터 해당 토지를 명도받은 상황은 납득이 가능하며, 청구법인은 쟁점토지에 건물을 준공하여 임대사업에 사용한 것으로 보이는 점,

   법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 재산의 범위를 사업용 고정자산으로 한정하고 있다고 하더라도, 「지방세특례제한법」 제57조의2의 적용대상이 되는 재산의 범위는 ‘사업용 고정자산’으로 한정하지 아니하고 있는 점,

   현물출자되는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지는 실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 등록세, 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있는 측면(대법원 2003.3.14. 선고 2002두12182 판결, 같은 뜻임),

   2016년 시행된 「지방세특례제한법」 제57조의2의 개정취지를 살펴보면 그 감면대상을 인용규정인 「조세특례제한법」상의 “사업용 고정자산”으로 규정하여 그 감면의 범위를 일치시키는데 개정목적이 있는 것으로 보이는바, 같은 조 개정 전에 이루어진 쟁점토지의 취득에 대하여 이를 바로 적용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지가 ‘사업용 재산’으로서 「지방세특례제한법」 제57조의2에 따른 기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면대상에 해당한다는 청구주장은 타당하다고 판단된다.

   따라서, 기 면제한 취득세 등을 부과한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정되기 전의 것)

제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2015년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부 개정되기 전의 것)

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정되기 전의 것)

제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ② 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용 고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용 고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

(4) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부 개정되기 전의 것)

제15조(이월과세 적용대상자산의 취득가액) ③ 영 제28조 제2항에서 “기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산”이라 함은 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산(이하 이 항에서 "업무무관부동산"이라 한다)을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다.

(5) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

(6) 지방세법 시행령(2016.1.1. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것)

제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과) 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부(公簿)상의 등재 현황에 따라 부과한다.

(7) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것)

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

(8) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것)

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

  나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(9) 법인세법 시행규칙(2016.3.7. 기획재정부령 제544호로 일부 개정되기 전의 것)

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “법인의 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.(중략)

④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.