1. 처분개요

  가. 청구법인은 1997.1.7. 목적사업을 서적출판업, 유아교재 연구개발·수입·제작 및 판매업 등으로 하고 본점소재지를 서울특별시 강남구 역삼동으로 하여 설립되었고, 2010.1.1. 본점 등을 OOO이전하였으며, 이에 따라 「조세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 적용하여 2010～2016사업연도 법인세(이하 “이 건 법인세”라 한다)를 신고·납부하였다.

  나. 청구법인은 위의 법인세 과세표준OOO과 동일한 금액을 과세표준으로 하고, 쟁점세액감면을 적용하지 아니하는 방법으로 산출한 법인지방소득세 2014사업연도분 OOO처분청에 신고·납부하였다.

  다. 청구법인은 2013사업연도까지는 법인지방소득세의 과세표준이 법인세액이었음에 따라 쟁점감면세액이 반영된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 신고․납부하였으나, 2014사업연도부터는 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 후 「지방세법」”이라 한다)이 개정되어 법인지방소득세의 과세표준이 법인세 과세표준과 동일한 금액으로 변경되었고 개정 후 「지방세법」상에 쟁점세액감면 규정이 없음에 따라 법인지방소득세 신고시 쟁점감면세액에 상당하는 금액을 감면받지 못하였는바, 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전 「지방세법」“이라 한다) 제89조 제1항 등(이하 “이 건 종전규정”이라 한다)의 적용을 전제로 하여 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정시에도 쟁점세액감면을 적용하여야 한다는 이유로 2020.4.29. 처분청에 법인지방소득세 2014사업연도분 OOO의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.22. 이를 거부하였다.

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

일반적 경과조치 규정은 종전규정에 의하여 청구법인에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고, 청구법인은 쟁점세액감면을 적용함에 있어 법인세법령에 따른 세액감면 외에도 그에 부가되는 지방소득세에 대해서도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다.

  이와 관련하여 다수의 법원 판례에서도 납세의무자의 정당한 신뢰는 보호되어야 하고 단순한 기대이익에 불과하다고 볼 수 없으며, 개정 전 「지방세법」, 「조세특례제한법」을 종전의 규정으로 판단한 바 있다(서울고등법원 2020.9.11. 선고 2019누67823 판결 등).

  비록, 종전 부가세 방식이었던 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환된 취지가 세액감면·공제 규정을 배제하기 위한 것이라 하더라도, 이는 종전의 세액감면·공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없고, 일반적 경과조치의 적용대상에는 종전규정도 포함되어야 하므로 처분청 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

  나. 처분청 의견

  개정 전 「지방세법」에서 법인세분 지방소득세의 과세표준을 법인세액으로 규정하고 있었으나, 지방세법령이 개정됨에 따라 법인지방소득세의 과세표준을 법인세 과세표준으로 한다고 규정하였고, 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조 일반적 경과조치 규정에서 개정 법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는바, 위 법률 개정 이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 산정하기 위해서는 위 일반적 경과조치 규정의 적용이 가능한 경우라야 할 것이다.

  그런데, 대법원은 종전의 규정이 장래에 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전의 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 등 다수).

  청구법인이 「조세특례제한법」에 의해 법인세의 세액 감면을 받은 결과 그 이후의 법인세 결정세액을 과세표준으로 하여 법인세분 지방소득세를 산정할 수 있었다고 하더라도, 이 건 종전규정의 경우 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 규정하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도, 그 외 이 건 종전규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용을 정함은 없었으므로 위 법률 개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다.

  따라서, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분한 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

  법인지방소득세 산정시 개정 후 「지방세법」 부칙 일반적 경과조치 규정을 근거로 「조세특례제한법」상 세액감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

  나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

   (가) 청구법인은 법인세 과세표준OOO과 동일한 금액을 과세표준으로 하고, 쟁점세액감면을 적용하지 아니하는 방법으로 산출한 법인지방소득세 2014사업연도분 OOO처분청에 신고·납부하였다.

   (나) 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정시에도 쟁점세액감면을 적용하여야 한다는 이유로 2020.4.29. 처분청에 법인지방소득세 2014사업연도분 OOO의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.22. 이를 거부하였다.

   (다) 개정 후 「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

   (라) 개정 후 「지방세법」이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 「지방세법」하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 「지방세특례제한법」 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.

   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정시에도 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조의 일반적 경과조치 규정에 따라 쟁점세액감면 규정을 적용해야 한다고 주장하나, 개정 전 「지방세법」이 시행될 당시 동 법률에 법인세분 지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하여 계산하도록 규정하고 있었을 뿐 동 세액 산정시 쟁점세액감면규정을 적용하도록 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점, 법인지방소득세 산정시 감면액 산정에 관한 법령상 기준이 없어 감면액을 산정할 수도 없는 점 등에 비추어, 「조세특례제한법」 제63조 제1항에 따른 쟁점세액감면 규정은 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조에 규정된 종전의 규정이라고 보기 어렵고, 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정시 쟁점세액감면규정을 적용할 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

  제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.

   ② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

  제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월, 「법인세법」 또는 「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는 「지방세기본법」 제77조를 적용하지 아니한다.

  제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 「소득세법」과 「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

  제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

  제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

  ② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

부 칙

  제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

  제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.